南京下令約翰案要以蔣維民伙同趙冰冰殺害約翰結案，鄭翊卻認為這并不能令美國方信服，因為張凱已經露出了足夠多的馬腳，而吳昆才在面對鄭翊時，也承認約翰案是張凱所為，此事目的是為栽贓給共產黨，好讓美國加入內戰，幫國民黨打共產黨。同時，吳昆才也透露，約翰案便是“比基尼”計劃的一部分。但鄭翊卻認定張凱便是共產黨，并拿出在趙冰冰搜出的那卷膠帶作為證明，但在吳昆才對張凱的擔保下，對此事又有了新的疑慮。
在如此混亂的局勢下，俞北平心里因握有張凱的自白而安定不少。隨后，俞北平準備出門，參加會議時，發現徐丹妮身體不適，忙扶她回房間休息。在俞北平照顧她的時候，徐丹妮突然對俞北平道歉，她為自己給他惹了麻煩而愧疚不已，而俞北平在之后的交談中得知，徐丹妮已經告訴林莎張凱和趙冰冰并非共產黨。
俞北平同鄭翊在會議室商談約翰案的結案問題，由于俞北平被任命為特調局代理主任，此事將主要由他來負責。為了讓美方接受結果，俞北平提出要將蔣維民、張凱、趙冰冰三人的身份作成共黨，鄭翊對此也表示贊同。
林莎在同鄭翊、俞北平一同查案時，深知許多疑點，明白約翰案并非像表面看上去那么簡單。為了能進一步接近約翰案真相，林莎約曾經的戀人、特調局情報處處長程忠義到咖啡館見面，向他了解約翰案的詳細情況，而程忠義則勸她不要深究。
與此同時，共黨方面，為能在戰局中占領上風，組織上派出地下秘密黨員謝楠與俞北平重新建立聯系，以獲得國民黨的情報。謝楠通過偽裝成醫生，成功和俞北平會面，俞北平見能重新同組織取得聯系喜不自禁。在兩人的交談中，俞北平告知謝楠國民黨方正在策劃代號為“比基尼”的陰謀來陷害共黨，同時，俞北平也道出自己如今唯一的機會便是張凱，并提出要共黨小心美方聯絡官，林莎。
吳昆才經過此事后，在特調局的地位一落千丈，被特調局高層們紛紛排擠欺壓，一時間凄涼無比。
國民黨方雖給出了結案報告，但美方仍舊對此案持有疑慮，決定不在報告上簽字。
吳昆才一向心高氣傲，怎能忍受同事如今的奚落嘲諷。在一段時間的隱忍后，吳昆才終于爆發，潛逃而出。他經過考慮后，決定轉而投靠美方，以求得自己的一席之地。
鄭翊得知吳昆才逃出后，怒不可遏，忙派人搜尋。隨后，鄭翊在同俞北平商議結案事件時，行政處處長宋強趕來向她報告吳昆才正要同安德森見面，鄭翊嚴命宋強將吳昆才捉拿回來。而一旁的俞北平見狀，詢問此事，鄭翊便將南京下的密令皆告知于他。俞北平雖猜到約翰案同“比基尼”計劃脫不了關系，但從鄭翊處確認此事后，還是震驚非常。
吳昆才搶先一步，順利見到了安德森，鄭翊和俞北平見此，只能聽天由命。吳昆才要求安德烈給自己安排美國人身份，但卻被安德森拒絕。見此，吳昆才便告知美方自己能弄到南京同蘇聯簽訂的秘密協議，想以此作為交換，美方欣然同意。
吳昆才在美方的保護下，重回調查局。鄭翊和俞北平聯手審問他，吳昆才極力辯解，并道出自己打消了美方對國民黨方早就監控蔣維民一事的疑慮，但鄭翊和俞北平對他還有很深的懷疑。
與此同時，安德森為保吳昆才，決定于明日發布公告，將吳昆才上調到《攻防部署》修改小組。
俞北平審問完吳昆才回家后，正好看到徐丹妮在沙發熟睡。在給她蓋毯子的時候，俞北平無意間看見了徐丹妮的老師遲又一給她的那封情書，在深思后，俞北平決定對此事裝作一無所知。
鄭翊第二日得知美方對吳昆才的調令后，找到吳昆才同他談論此事。原來吳昆才投靠美方是她一手策劃。鄭翊從未放松過對俞北平共黨身份的懷疑，為確認俞北平的共黨身份，她精心策劃攻防部署一事，想引得俞北平上鉤。如今計劃順利進行，她很是得意。而俞北平從鄭翊處得知吳昆才再次受到重用后，表面上對吳昆才刮目相看，但實際心里也是另有想法。
程忠義約林莎在咖啡館見面，告訴林莎他通過竊聽器監聽到，張凱被認共黨是受到俞北平脅迫，并且趙冰冰那首飾盒除了張凱和林莎外，俞北平也接觸過。林莎因此對俞北平起了懷疑。
俞北平約吳昆才見面，想尋找機會獲得他身上的攻防部署，而吳昆才也按鄭翊所安排的那樣，故意攜帶了放置假攻防部署的公文包，想以此來引俞北平上鉤。在兩人的交鋒中，俞北平技高一籌，他趁吳昆才放松警惕之際讓謝楠替換了他所攜帶的公文包，并在用相機照下了里面的攻防部署后，將公文包又神不知鬼不覺地調換了回去。
俞北平回住所后，同謝楠分析獲得的攻防部署，并未對其真實性生疑。同時，為攪亂局勢，俞北平交代謝楠務必要將張凱自白書于明日見報。
謝楠將獲得的攻防部署帶回共軍組織，共軍高層雖覺這份攻防部署同前面獲得的那份有所不同，但還是選擇相信了俞北平。
鄭翊通過分析前線的戰報，得知假攻防部署已被共軍拿到手，俞北平共黨的身份幾乎是板上釘釘的事實。鄭翊正當志得意滿之時，卻被突然闖入辦公的孫德利室告知報紙頭版刊登了張凱自白書……
張凱自白書里揭露了約翰案的內幕，引起了軒然大波，情勢對國民黨很是不利。俞北平匆忙召開會議，商談張凱自白書見報之事，下令讓下屬們趕緊抓到發布消息之人。
而美方看到自白書后，雖覺這份自白書很好地解釋了約翰案的疑點，但為避免誤會，還需進一步確認這份自白書的真實性。
俞北平在辦公室里裝作對此事極為憤怒的模樣，向吳昆才大發雷霆，而吳昆才百口莫辯。一旁的鄭翊雖知此事同俞北平脫不了干系，但眼前的狀況，只能優先處理張凱自白書事件。兩人商議后，決定要始終咬定此事是共黨造謠。
隨后，俞北平召開發布會，在發布會上他向大眾詳細闡述了約翰案發生經過，但鄭翊卻從中聽出了其情節闡述中的矛盾。
發布會結束后，鄭翊向俞北平質問以他的謹慎敏銳，為何會在約翰案案件闡述中出現重大紕漏，俞北平避而不答，而鄭翊見此，心中也已是了然。俞北平在隨后的談話中，提出吳昆才在此事中難辭其咎，要對其進行處罰。鄭翊知道俞北平想通過把俞北平拉下馬，從而參加周六晚上關于攻防部署的總結會，拿到攻防部署的詳細資料，自然不能讓他得逞。之后，鄭翊為阻止俞北平的謀劃，向南京發電報，要求立刻逮捕俞北平。
國民黨南京保密局知道比基尼計劃后，派人向徐文正施壓，要求保密局介入此案，并向徐文正提出將俞北平、鄭翊帶回南京調查。徐文正雖深知這是保密局對特調局的借機打壓，但也無奈比基尼計劃泄密一案太過重大，只能同意讓保密局押鄭翊和俞北平回南京。
林莎找到程忠義，向他詢問張凱自白書事件，而程忠義則表示只能確認張凱自白書確為其本人所寫，其他事并不清楚。
俞北平為解決張凱自白書事件，再次召開會議。會議上有人提出要處罰吳昆才，鄭翊決定對吳昆才實行一級監控。
孫德利一直聽從鄭翊吩咐監控謝楠，謝楠雖察覺異樣，但仍沒注意到自己已被清城特調局監控。
林莎獨自前來找吳昆才，吳昆才告訴林莎此自白書很有可能是張凱落入共軍之手后，受脅迫后寫成。為讓林莎能進一步相信自己，吳昆才告知林莎關于約翰案結案的內幕消息，林莎見此表示美軍絕不可能在結案報告上簽字。
學校里，徐丹妮觀看話劇《日出》的排練，遲又一向徐丹妮詢問她在此話劇中扮演的角色，卻得知徐丹妮被同學們奪去了參演的機會。遲又一得知后很是氣憤，他站起來大聲斥責在場的同學們。徐丹妮見遲又一能為自己出頭而且講得這番話也極有見地，在感動之余更是對其動心不已。隨后，徐丹妮在休息室里，忍不住向遲又一吐露了心聲。
俞北平為盡快獲得攻防部署修改方案，直接找借口帶人來到吳昆才住處搜查。在取得核心密碼本后，俞北平匆忙翻閱里面的內容。這時，南京保密局所下派人員正好找到俞北平，要命令他回到南京接受調查，好在俞北平已及時翻看了核心密碼本，獲得了他所需的信息，因此俞北平雖被押回南京，但心里卻很輕松。而鄭翊同俞北平回南京后，第一時間便寫了份關于俞北平的報告上交給徐文正……