嘉慶下旨查抄和府，賜令獄中的和珅自盡，趙三發再度混進和府想取走黃金，被官兵捕獲，幸得李傳衛救出，要他速離是非之地，因為嘉慶正著手進行一場大清洗，要把和珅的黨羽和有異心的親貴，一網打盡。?趙三發溜回廣樂園，剛到門口就被封秋連打帶罵的趕了出來，趙三發憑他市井混混的小機靈嗅出危機，叫來兩個巡街兵丁入內查看，見二人有去無回，趙三發知道園中出了大事，忙去找兄弟李傳衛幫忙。?和府中的十格格和豐紳殷德，被宗人府就地看管，李傳衛信守承諾出言替二人求情，被一直看趙三發不順眼的嘉慶心腹善寶借口拿下，指控他是臥底的反賊。這時來到和府大門口求援的趙三發，眼看李傳衛被五花大綁押出門來，立刻傻了眼。
六神無主的趙三發來到廣樂園后門想翻墻，見胡總管悄然來到以為找到救星，上前說明情況，誰知胡總管才是臥底多年的明教內間，趙三發再度陷入險境。朱教主見他未死大吃一驚，趙三發情急生智開始胡侃，大吹自己殺了和琳之后回到明教卻找不著組織，如今只想在教中與文采衣雙宿雙飛。朱教主信以為真，覺得趙三發尚堪利用，同意他歸隊。
胡總管帶來了紫禁城內宮地形圖，封秋懷疑教匪準備起兵，此時趙三發對明教還是清廷誰輸誰贏已經毫不在意，只想帶了文采衣和陳馨兒遠走高飛。可惜天不從人愿，朱教主要他緊隨左右，明日帶隊沖進養心殿。趙三發簡直欲哭無淚。
朱教主故布疑陣，佯攻京城永定門，嘉慶忙命粘竿處侍衛率兵前往鎮壓，此時朱教主已經領著換穿清兵服的精銳，在胡總管內應下悄然入宮，夜色中一路暢行無阻。?被囚禁在粘竿處內的李傳衛聽見門響，仗劍埋伏在旁差點殺了摸黑進來的趙三發，兩兄弟見面大喜。來不及話家常，趙三發已說明情勢，要李傳衛速去通知朱珪率兵救駕，自己繼續跟著教匪隨機應變。
嘉慶正獨坐養心殿翻閱親王、貝勒、文武重臣與和珅往來的書信，朱教主率眾長驅直入，嘉慶束手就擒，對胡什圖與“李傳衛”竟都是明教臥底既驚訝又痛心。朱教主逼嘉慶寫下遜位詔書，嘉慶抵死不從，朱教主命趙三發上前，用他的“化骨綿掌”讓嘉慶就范。趙三發拿出他臨危不亂的混混本色，突發奇想，竟抓住嘉慶右臂上下查看，直指他是假冒的皇帝，因為嘉慶手臂上有一顆胎記云云……趙三發順口編起故事，說嘉慶遇刺后疑神疑鬼，密令粘竿處找來一個與他面貌一樣的人假扮皇帝養在后宮，這樁機密只有粘竿處統領圖凌、總管太監胡總管和皇帝本人知道，如今果然見到冒牌貨，卻不知為什么胡什圖假裝不知?
嘉慶這時聽出了趙三發話中的玄機，故意配合他矢口否認，趙三發用力打了“假皇帝”一巴掌，拿劍抵著他逼供，原本多疑的朱教主終于上當，殺了“雙面間諜”胡什圖，“假皇帝”眼見血濺御案，嚇得答應帶他們去找“真皇帝”。趙三發帶著朱教主在宮里亂繞拖延時間，李傳衛已率兵趕到，激戰中，趙三發護著嘉慶躲進假山，二人竟交起心來。嘉慶仍誤把趙三發當成李傳衛，后悔自己竟因李傳衛替十格格開脫而以為他有異心，趙三發一時忘我又發高論，勸嘉慶“上陣還需父子兵，不要為了兄弟內斗讓外人鉆了空子”，嘉慶聞言深有觸動。
教匪傷亡殆盡，文采衣現身，念著朱教主的養育之恩求李傳衛放他一馬，這時朱珪趕來，趙三發帶著文采衣溜之大吉，要李傳衛留下善后。
次日嘉慶回宮，又遇形同瘋魔的朱教主行刺，李傳衛、文采衣拼死相救，嘉慶感念假山中的一席話，當場赦免了李傳衛和文采衣的罪，將和珅府搜出的書信一把火燒了，對任何人不再追究。?十格格伉儷被釋出宮，特來看望李傳衛，才知世上竟有一模一樣的孿生兄弟。黃媽出面說了真相，原來當年李小衛無子，李衛抱養了一戶農家新生下的雙胞胎中的一個，帶回京中當親孫子撫養，留下的一個父母雙亡后混跡街頭。當十格格問及，幾年來在朝中立下無數功勛的究竟是誰?趙三發笑說：“有些事是我做的，有些事是他做的……”?太后召見，“李傳衛”當著嘉慶母子的面懇求準予長假回家掃墓，嘉慶依依不舍的準了假，“李傳衛”又自告奮勇護送十格格回到和府，隨即消失無蹤。
在和府后園，“李傳衛”笑瞇瞇地命令封秋挖出了埋藏的黃金，痞相十足。原來，他還是“趙三發”。?兩兄弟攜文采衣、陳馨兒雙美以及封秋5人離京，出發去找他們親生父母的墳塋，他們的傳奇何時重現江湖?那又是另一個故事了……(大結局)