狄仁杰仔仔細細地聽著武媚娘的一言一語，他發覺其中大有文章，于是，不入虎穴焉得虎子，狄仁杰準備拜托武媚娘一件大事，他準備偷偷潛入宮中！紅巾大吃一驚，現在到處都在通緝狄仁杰，他豈不是自投羅網嗎？可狄仁杰卻不這么認為，最危險的地方也就是最安全的地方，值得冒險！于是，武媚娘用大箱子將狄仁杰主仆三人運輸到殿內，等候時機行動。
武媚娘故意將皇上請到自己殿中，舉起酒杯，千嬌百媚地勸酒，但是，皇上卻不為所動，還冷冰冰地置武媚娘于不顧，言語中只談及長孫無忌的種種舉動，甚至對武媚娘許諾，只要共同努力除掉長孫無忌，就封武媚娘做皇后！狄仁杰躲在暗處，看得一清二楚，他心中疑云密布，皇上為何突然像換了一個人呢？幸虧武媚娘機智，反應靈活，這才對答如流，但皇上說什么也不肯在此留宿，執意離開。
現在，就連紅巾都能看得出來，皇上對武媚娘的感情大不如前，武媚娘也不明白為什么，她甚至有一種預感，等到皇上除掉長孫無忌后，下一個便要對付自己了。狄仁杰眉頭緊蹙，皇上的行事風格雖然有了巨變，但好似并不陌生。
皇上從武媚娘處拿到了長孫無忌寫給儲大人的信，可儲大人乃是罪臣，皇上借題發揮，責怪長孫無忌私下里與罪臣聯系，是圖謀不軌，對天子的判決不滿！于是，皇上一怒之下，削去了長孫無忌的太尉一職，命他回老家養老。長孫無忌無話可說，只能領命謝恩。而后，皇上做出了一個更驚人的決定，他稱自己性命垂危，準備把皇位讓給濮王！
大臣們紛紛勸諫，可皇上的意思很是堅決，誰也無法撼動。狄仁杰等人聽聞這個消息，也是大吃一驚，狄仁杰回想起事發前的種種，他得出了一個大膽的結論：在芙蓉園被自己殺死的濮王是假扮的，而后來活過來的濮王也是假的，真正的濮王是如今在宮中的皇上！皇上就是濮王假扮的，蔣昊辰不過是個替死鬼，濮王先用潛龍王的身份作案，一步步地鋪路，等到潛龍王再無可利用的價值，濮王就把這個身份給終結了，假扮皇上，順理成章禪讓皇位，達到狼子野心的目的！
如今，當務之急是救出皇上，揭穿濮王的真面目，狄仁杰秘密派人暗中監視皇上的一舉一動。趙統領及時向武媚娘匯報皇上的一舉一動，傳達了一句“夜泊楓橋，明日即亡”的暗語，狄仁杰百般思索，猜出皇上被關在藥王山莊的夢月小樓！事不宜遲，狄仁杰妥善安排人手，先秘密捉拿慕容清，他希望慕容清毫發無損，更希望自己不要和慕容清當面針鋒相對。
武媚娘成功捉到慕容清，她苦口婆心地勸告這個女子，現在狄仁杰正在風口浪尖，沒有什么比一個真心愛人更珍貴，希望慕容清能夠想通。另一邊，慕容山莊的人發現了狄仁杰的行蹤，可卻意外收到了慕容清的命令：命所有人等撤回山莊！沒辦法，慕容山莊的人只好聽從慕容清指揮，而狄仁杰已經趕到了夢月小樓，在里面發現了被綁的皇上，而一場大戰也在所難免。
狄仁杰帶領墨雨等人冒死進入夢月小樓，救出了被綁架的皇上，慕容清其實本來有機會阻止他們逃跑，但是念及舊情，慕容清還是網開一面，放過了狄仁杰。如今，當務之急是趕緊送皇上回到京城，狄仁杰快馬加鞭，幾人匆忙趕到半路，皇上忽然頭痛欲裂，原來，在被拘禁的日子里，皇上一直被迫服用一種藥物，這才導致身體不適。于是，狄仁杰只能停下來，為皇上施針治病。
大家腳步匆匆，趕到了一處熱鬧的集市，發現藥王山莊的人很快就會追來，狄仁杰急中生智，利用集市上人口眾多的特點，制造了一系列混亂，趁勢點燃了集市上販賣的鞭炮，引起爆炸，使得黑衣人被阻攔在遠處，和大聲尖叫的百姓混作一團，狄仁杰帶著皇上趁機逃跑，這才闖出一條生路。
而另一邊，濮王假扮的皇上正在龍榻上躺著，做出一副氣息奄奄的模樣。武媚娘在宮中再也坐不住了，她趕到長孫無忌府中，將真相和盤托出，可長孫無忌認為這不過是無稽之談。武媚娘接著說道，濮王就是利用“女為悅己者容”，才成功易容成了皇上的模樣，其目的就是想謀權篡位！
長孫無忌好不容易相信了武媚娘的話，但他卻也無能為力，如今自己被削權，根本無法救皇上，甚至自身難保。武媚娘接著動之以情曉之以理，希望說服長孫無忌寫信給李績將軍，只有李績發兵，才能阻止濮王的狼子野心。長孫無忌陷入了沉思，是生是死在此一搏。
狄仁杰將皇上易容成了紅巾的模樣，沒想到在小樹林里遇到了黑衣人的埋伏，墨雨與其展開了大戰，正當雙方打得不分你我時，慕容清及時出現，她阻止黑衣人行兇，只允許他們捉拿皇上。但是，黑衣人首領并不聽慕容清的話，無奈之下，慕容清使出獨家絕技，成功拖延了時間，狄仁杰趕緊帶著易容成紅巾的皇上逃之夭夭。
但是，慕容清何等冰雪聰明，她看出來喬裝打扮的皇上，便匆匆追上，在懸崖邊堵住了狄仁杰和皇上，在這里，慕容清終于將自己的身份說出來，潛龍王李泰就是自己的父親！而自己真正的名字叫做李清！慌亂之中，慕容清點了狄仁杰的穴道，準備帶著皇上去見濮王，千鈞一發之際，墨雨和紅巾等人趕來，與慕容清廝殺成一團！狄仁杰大聲呵斥所有人停止廝殺，他仍然抱著最后一絲希望，打算說服慕容清棄暗投明，可是，慕容清身為李泰的女兒，怎能背叛父親？慕容清要求單獨和狄仁杰說幾句話，于是，墨雨等人帶著皇上先行離開。
這一刻，慕容清與狄仁杰四目相對，慕容清再也按捺不住心中的情感，她淚眼婆娑，啜泣著詢問狄仁杰，是否會怨恨自己一輩子？狄仁杰深情款款，眼神中滿是溫柔，對他而言，這輩子都無法放下慕容清，這份情意綿長，不摻雜一絲一毫的仇恨。有情人終于能坦白一切心事，他們在萬丈深淵邊緊緊擁抱，慕容清的哭聲令狄仁杰心痛，更令他萬分憐惜。擁抱過后，慕容清縱身躍入懸崖，她選擇了結生命，狄仁杰大驚失色，也跟著跳下了深淵。
另一邊的皇宮中，濮王正在幻想著明日的登基大典，他信心滿滿，認為明日自己就是真正的皇上了。誰知，這時宮門外傳來了廝殺的聲音，武媚娘和長孫無忌帶著李績將軍趕來，狄仁杰也大難不死，來到宮中，濮王戴著皇上的面具，惡狠狠地指責眾人要謀逆，李績將軍據理力爭，他今夜執意駐守甘露殿，而墨雨也帶著真正的皇上及時趕了回來，與假皇上對峙。
真皇上緩緩走到假皇上身邊，他想問問自己的四哥，為什么要處心積慮下這么大的一盤棋，難道皇家富貴比兄弟情義還要重要嗎？濮王見再難掩飾，便索性撕掉了面具，露出了真面目，濮王仍然大言不慚，他一字一句地責問狄仁杰，究竟誰才真正適合做大唐的皇帝？狄仁杰目光如炬，他認為自己只是做了應該做的事情，那就是不論何時都要取之有道！
就這樣，濮王認輸了，他終于說出了心聲，不是他不念及兄弟之情，但只怪彼此生在了帝王之家，如今，成王敗寇，濮王只希望皇上能坐穩皇位，成為一個好皇帝。武媚娘給皇上出主意，宣布濮王已經暴斃，而對外就宣稱蔣昊辰是潛龍王。皇上采納了這個建議，他下旨將濮王終身軟禁在芙蓉園。
狄仁杰去探望濮王，他感慨著，濮王當初是何等風雅瀟灑，難以想象他就是那個兇神惡煞、謀取天下的潛龍王。濮王微微一笑，如今已經淪為階下囚的他，到現在都不明白，難道把天下交給自己有什么不好嗎？自己的能力絕對可以把大唐帶向盛世，為何狄仁杰偏偏不愿幫助自己呢？狄仁杰告訴濮王，當今圣上有一顆仁心，才，固然重要，德，才是根本。當兩人談完話，共同舉杯飲酒，濮王突然毒發，原來，他早就想一死了之。就這樣，不可一世的潛龍王銷聲匿跡了。
塵埃落定，狄仁杰此刻最感到痛心的，便是武媚娘再也不復當初的單純善良。武媚娘哈哈大笑，自己雖然即將登上皇后寶座，但卻根本不屑于這些，她原本以為，天下能懂自己的唯有狄仁杰一人，但如今發現大錯特錯。武媚娘知道狄仁杰不會留下來，便也不再強行挽留。
最終，狄仁杰準備返回汴州，他仍然想為百姓做實事。三天后，武媚娘開始執政，而汴州一切太平，狄仁杰無案可斷，一片太平盛世。然而，狄仁杰難以忘懷的是，那日在懸崖下，自己本來已經抓住了慕容清的手，但她執意求死，跌入了深淵，這是狄仁杰永遠的傷痛，狄仁杰獨自呆坐在夜色中，仿佛又見到了慕容清，聽見她詢問自己是否想喝醉，狄仁杰的臉上露出了笑容……
（全劇終）