如今，凌霄牧已經被抓，狄仁杰和閻立本自然要趕緊詢問出潛龍王的下落和真實身份，但令人意外的是，凌霄牧在牢獄中突然發起了高熱，繼而竟然發瘋般地失憶了，他甚至不記得自己究竟是誰，更不知道自己在哪里。狄仁杰一眼就看出來，一定是潛龍王怕凌霄牧泄露秘密，所以毒害他神志不清，瘋瘋癲癲。
凌霄牧這條線索也斷掉了，狄仁杰和墨雨都不禁感慨著，潛龍王真是一個心狠手辣的人，這一切似乎不是結束，而是開始，因為潛龍王的背后一定隱藏著一個巨大的陰謀！閻立本對狄仁杰十分敬佩，因為狄仁杰心中只有百姓，閻立本囑咐這位知音，一定要多注意自身安全。
另一邊，潛龍王和慕容清在一起討論著目前的狀況，潛龍王并不想殺了凌霄牧，反正他已經是一個瘋子了，不會泄露任何線索。慕容清臉色黯然清冷，凌霄牧現在生不如死，與其讓他茍延殘喘，倒不如讓他死個痛快。潛龍王冷冷地笑著，凌霄牧此人沒有野心，沒必要對他趕盡殺絕，潛龍王倒是對狄仁杰很感興趣，提筆便給狄仁杰寫了封信，讓他拿捏死我的溫柔來換取醫者不自醫，這是醫治藍綾的唯一方法。
狄仁杰能夠看破各種迷案，但是卻看不透一個情字，當他收到潛龍王的信時，心中不由得矛盾萬分，明知道潛龍王拿到捏死我的溫柔，就會禍害天下蒼生，但是若不交給他，藍綾的性命就會被斷送，這該如何抉擇？愁緒萬分的狄仁杰只能借酒消愁，墨雨看出好友的惆悵，便幫忙出謀劃策，可潛龍王行事謹慎，根本無法糊弄過去，一邊是大唐百姓，一邊是紅顏知己，何去何從實難選擇。
狄仁杰心中矛盾苦悶，便去與藍綾談天，藍綾倒是泰然自若，她只想知道，自己的生命是否快要走到了盡頭。狄仁杰眼中都是愧疚和不舍，他慢慢地告訴藍綾，她的性命恐怕保不住了。藍綾慘淡地笑了笑，人命由天，都逃不過一死。狄仁杰不忍心見藍綾如此可憐，一把握住了她的手，詢問她是否愿意嫁給自己。藍綾熱淚盈眶，她當然愿意，為了狄仁杰這句話，她已經死而無憾。狄仁杰看著眼前梨花帶雨的藍綾，心中升起無限憐惜，決心一定要找到醫治藍綾的方法。
這一幕被紅巾看到，她難以自制地闖進房間，努力說服藍綾，狄仁杰是因為拿不到醫者不自醫，心中有愧才想娶藍綾為妻的！藍綾又何嘗不知道，但是她寧愿欺騙自己，也想得到狄仁杰的心。紅巾見姐姐不理解自己的一片好心，傷心地哭著跑了出去，身后的藍綾亦是悲傷不已，吐出一口鮮血，染紅了手帕。
其實，藍綾心中明白得很，只有墨雨對自己是動了愛情之心的，但是她已經沒有多余的時間與墨雨在一起，只能將這片情意許諾來生再還。而且，藍綾也不愿狄仁杰因為自己而為難，更不愿看見狄仁杰被潛龍王威脅，所以，藍綾準備不辭而別，不再做狄仁杰的累贅。另一邊，狄仁杰苦苦思索仍然沒有對策，他痛苦不已，甚至自暴自棄地開始酗酒，墨雨找到他，狠狠怒吼了一番，希望狄仁杰不要再消沉下去。終于，狄仁杰不負眾望，他拿出了紅巾從慕容清那里偷來的藥渣，準備振作起來，思考對策。
狄仁杰向皇上稟報鬼將軍一案的始末，皇上大吃一驚，看來潛龍王是想搶奪大唐江山。狄仁杰繼續上報，慕容清與此案有很大關聯，一定要將她緝拿歸案。皇上對此表示懷疑，慕容清剛剛從汴州回來，而且還醫治好了自己的頭痛病，如此醫術高超的醫女，怎么會是潛龍王的人呢？狄仁杰一改往日對慕容清的袒護，他斬釘截鐵地告訴皇上，要以大局為重。皇上考慮到江山穩固，只好應允。
于是，慕容清被關進了大牢，在牢獄之中，她的心情久久不能平靜，始終回憶著自己和狄仁杰相識相伴的點點滴滴，無論是在藥王山莊，還是在茫茫大漠，都是那么珍貴，如果可以，慕容清多么希望自己能和狄仁杰白頭偕老，永不分離。正當她思緒萬千時，狄仁杰趕來探監，昔日的情侶如今劍拔弩張，狄仁杰聲色俱厲地質問慕容清，為何要替潛龍王辦事？又為何故意不好好醫治士兵？
慕容清不肯承認罪名，她只推諉自己醫術有限，卻絕不承認曾經打落過狄仁杰的鐵筆。兩人的談話不歡而散，氣氛十分緊張，狄仁杰不忍看著慕容清在陰謀中淪陷，他索性跪在了慕容清面前，苦苦哀求她說出實情，不要再折磨彼此。慕容清一下子慌了神，她承受不起狄仁杰的深情，倒是更愿意被狄仁杰處決，就不用再獨自承受痛苦了。最終，慕容清還是不愿透露半個字，她能告訴狄仁杰的，唯有三個字：對不起。
狄仁杰從慕容清那里得不到任何線索，他不由得心亂如麻，這時，潛龍王又來信約狄仁杰在酒肆見面，交換藥物。墨雨大喜，既然這樣，不如在酒肆設下天羅地網，抓住潛龍王。狄仁杰不這么看，潛龍王此人高深莫測，一定不會自投羅網的。于是，狄仁杰開始探查酒肆附近的地形，一一安排周圍事宜，由閻立本和蔣昊辰負責。
果然，當狄仁杰在酒肆中等候時，潛龍王又傳來消息，改變了約見地點，狄仁杰趕緊按照事先的安排，自己先前往接頭地點，然后發出暗號給墨雨等人，讓他們隨后跟來。結果，狄仁杰在含光街遇到了假扮成和尚的潛龍王，兩人一前一后來到一處染坊，潛龍王終于說出了此行的真正目的，他希望狄仁杰能夠歸順自己，甚至許下了共分天下的承諾。
狄仁杰痛斥了潛龍王一番，迅速掏出鐵筆想給他致命一擊，結果潛龍王身手十分敏捷，不僅成功脫困，還險些將狄仁杰打倒。潛龍王不希望浪費人才，他給狄仁杰留下了一根煙花，只要狄仁杰愿意歸順，就可以燃放煙花作為信號。然后，潛龍王揚長而去，狄仁杰意識到，潛龍王也會弈博術，而且墨雨等人沒有及時收到暗號，這說明負責傳遞暗號的蔣昊辰可能是個奸細！
狄仁杰將心中所想告訴了閻立本，閻立本不由得憂心忡忡，如今皇上十分信任蔣昊辰，恐怕無法撼動其地位。狄仁杰眼珠一轉，想出了一個妙計，他帶著墨雨和紅巾闖入宮中，準備行刺皇上！可想而知，蔣昊辰作為禁軍統領，根本沒有在皇宮內好好把守，他所安排的都是一些庸兵和自己的親信，所以，狄仁杰十分輕松地闖入了皇上的寢殿，以實際行動證明，蔣昊辰統領的軍隊是有疏漏的！這樣一來，皇上意識到蔣昊辰統軍不力，一怒之下撤了蔣昊辰的職位，將趙寶將軍安排到了禁軍統領的位置。
夜晚，武媚娘在鳳琴殿中看見了徐婕妤的畫像，據說這是先帝最喜歡的女子，武媚娘聽著宮女的話，忽然頭痛欲裂，跌倒在地。另一邊，元一道長交給皇后一瓶符水，稱只要將它抹在小公主脖子上，就能置武媚娘和小公主于死地。
又是看似風平浪靜的一天，武媚娘在殿中仔細照顧著孩童，狄仁杰帶著墨雨等人前來拜訪，紅巾見到武媚娘忍氣吞聲地住在破舊冷清的殿中，不由得為她打抱不平，武媚娘也很無奈，這是王皇后的安排，自己又能怎樣呢？據傳聞，在這鳳琴殿中曾經住著一位徐婕妤，被先帝冷落成為棄妃而上吊自殺，每當武媚娘想起此事就心神不定，甚至言語無狀。
狄仁杰為她診斷后，發現她肝氣郁結，如果長久下去可能會患上離夢癥，郁郁寡歡導致喜怒無常。皇上聽說此事后，大吃一驚，自然想趕緊醫治美人，狄仁杰順便說出鳳琴殿陰暗濕冷，不適合居住，皇上思考了片刻，讓尚宮局給武媚娘送去了上好的炭火，加強守衛，務必要讓武媚娘住得安心。
可是，當武媚娘看見宮外的重重守衛時，更加心神不寧，總覺得有人要加害自己，甚至連連向皇上苦求，稱自己聽見了徐婕妤鬼魂的哭聲！皇上被她嚇得不輕，只覺得武媚娘已經瘋癲了，趕緊逃走。另一邊，蕭淑妃對皇上是殷勤備至，她見皇上為了武媚娘的事情煩心，便建議皇上帶著武媚娘去踏青散心，使得皇上認為蕭淑妃是一個難得的賢妃。
王皇后聽說武媚娘神志恍惚，十分得意，她在暗中求得道長相助，希望能置武媚娘于死地。于是，這個心狠手辣的女人決定向無辜的嬰孩下手！另一邊，狄仁杰與墨雨、紅巾正在商討如何對付潛龍王，正當他們籌謀劃策時，突然驚聞一個消息：小公主被人殺死了！狄仁杰大驚失色，趕緊匆匆而來，只見武媚娘哭得十分凄慘，哭訴著公主被人掐死的慘狀。
趙寶將軍告訴狄仁杰，午后皇上與武媚娘出去散心，只留小公主在殿內，王皇后曾經來過一次，摸了摸小公主的脖頸，便離開了，但就在不久后，當武媚娘回到寢殿，卻發現小公主已經身亡！因為只有皇后來過鳳琴殿，武媚娘堅持認為皇后是殺人兇手，可當皇后離開時，小公主明明安然無恙，武媚娘手中沒有證據，有口難辯，反倒被皇后反咬一口，將殺女罪名一股腦推給了武媚娘，令武媚娘啞巴吃黃連，有苦說不出！狄仁杰認為此事頗有蹊蹺，便將調查的責任統統攬了過來，準備查個水落石出。
雖然有狄仁杰幫忙，武媚娘到底是痛失了愛女，她肝腸寸斷，痛不欲生，那梨花帶雨的模樣讓所有人都為之動容。紅巾憤憤不平，明明是王皇后心懷不軌，卻冤枉武媚娘，實在太可惡了！閻立本感到不可思議，如果皇后真的是兇手，那她到底用了何種殺人手法，能在離開后掐死小公主呢？
狄仁杰隱約察覺到此事不簡單，他心中愁緒萬千，于深夜想起今天是慕容清的生辰，便特意來到牢獄中為她過生日，慕容清深受感動，連連垂淚，可是她在生日夜許下的愿望竟然是不再見狄仁杰，慕容清心中有苦難言，十分痛苦。
在朝堂上，武媚娘殺害親生女兒的事情火速傳開，大臣們紛紛上奏，認為武媚娘陰狠毒辣，精神也很有可能出了問題，這樣的女人實在應該被定為死罪！皇上聽著大臣的議論，不知所措，只有閻立本建議皇上等待狄仁杰查清真相后再做決定。