墨雨和紅巾沒有離開狄仁杰，他們十分講義氣共患難，準備陪伴狄仁杰找出真相。狄仁杰來到武媚娘殿中，他一眼就發(fā)現(xiàn)這里有一個矮凳，似乎很是新穎，狄仁杰靈機一動，如果六月站在這個矮凳上，正好能夠到墻上方的一個黑洞，難道她就是利用這個黑洞來殘忍殺害小公主的嗎？閻立本倒是很支持狄仁杰的工作，他特意準備了上好的酒菜，狄仁杰目不轉睛地看著閻立本帶來的蒸籠，忽然明白了六月殺人的手法！
于是，狄仁杰把長孫無忌和皇上請到一起，演示了一遍六月殺人的經(jīng)過，只見紅巾在隔壁踩著矮凳，剛好穿過墻上的黑洞，露出一桿黑漆漆的竹筒，而竹筒猛地一抖，抖下來一塊嚴嚴實實的黑色方巾，把下方的嬰兒搖籃蓋得密不透風，一同把碳爐罩在里面，可想而知，小公主就是這樣窒息而亡！
長孫無忌無言可說，但是他仍然反咬一口，堅持認為武媚娘是殺害小公主的幕后主使，其目的就是嫁禍給王皇后。狄仁杰憤憤不平，小公主可是武媚娘的親生女兒啊，她怎么會如此狠心呢？而且目前的種種狀況都對武媚娘不利，若是她真的嫁禍他人，何必要連累自己？長孫無忌可不管這些，如今六月死無對證，只要沒抓到真正的兇手，他就會一口咬定武媚娘是真兇！
武媚娘不明白，自己的所作所為不過是想得到皇上的喜歡和愛，難道這皇宮之中就只有利益嗎？狄仁杰卻看得清楚明白，長孫無忌是站在王皇后那邊的人，他當然會盡全力護皇后周全。另一邊，長孫無忌聯(lián)同了許多老臣，一起遞上了請辭書，威脅皇上嚴懲武媚娘，潛龍王得知此事后，洋洋得意，他巴不得看著君臣樊母，然后漁翁得利。
皇上身為一國之君，卻要受大臣們威脅，他非常不悅，打算尋求濮王的幫助，兩兄弟之間難得推心置腹地談話，濮王決定勉為其難，幫助皇上。崔義泫是商賈出身，他立下了戰(zhàn)功，皇上準備封其為大將軍，但是臣子們卻十分反對，濮王出面為崔義泫說話，還搬出了皇上做擋箭牌，令長孫無忌很是生氣。
此時此刻，狄仁杰仍然在尋找兇手，他準備從元一道長處入手，只要找出他，就會想方設法讓他作證。長孫無忌也想趕緊找到道長，雙方開始了較量。
狄仁杰準備大張旗鼓地尋找元一道長，紅巾不免擔心狄仁杰的安危，但狄仁杰卻一副胸有成竹的模樣，信心滿滿。紅巾與墨雨各種搜尋，但是卻沒有一個人見過元一道長，他們不禁十分著急，兩人尋尋覓覓，最終決定去問問城隍。于是，兩人一起來到城隍廟，城隍果然不負眾望，說出了道長的下落，就在一座破廟之中！但是，這話也被長孫無忌的人暗中聽到了，雙方開始爭分奪秒的較量。
其實，元一道長是個聰明人，他不愿卷入這場風波，便躲進了一具棺材里，狄仁杰早就看破了道長的想法，他便悄悄尾隨，當面截住了道長，狄仁杰不明白，自己曾經(jīng)與元一道長有過交情，知道他是個重情義的人，可如今卻為何助紂為虐？另一邊，紅巾墨雨來到破廟中，尋找假的元一道長，原來，他們早就洞悉了長孫無忌的陰謀，所以來了個貍貓換太子，讓長孫無忌的人撲了個空。
另一邊，元一道長向狄仁杰娓娓道來，自己的兒子被兇手挾持，所以不得已才聽命于他。狄仁杰動之以情曉之以理，希望道長能夠幫助武媚娘洗刷冤屈。正當?shù)篱L有所猶豫時，蒙著臉的蔣昊辰突然沖了出來，準備殺掉道長和狄仁杰！
關鍵時刻，紅巾和墨雨趕來，與蔣昊辰廝殺成一團，可蔣昊辰穿了金絲護甲，令大家都無可奈何，而刀劍無眼，墨雨更是錯手殺了道長！千鈞一發(fā)時，蔣昊辰剛要對狄仁杰下毒手，被一柄鋼刀所挾制，蔣昊辰不得已放棄了對狄仁杰的迫害。元一道長在臨終前交給狄仁杰一封密函，那是潛龍王所寫，元一道長希望以此能夠贖罪。但是，這一切都在潛龍王的計劃之內(nèi)，他早就想利用狄仁杰，來削弱皇后和長孫無忌的勢力，潛龍王對狄仁杰的才干十分贊賞，他的話里話外都透露著贊揚之意，令蔣昊辰心里有些不滿。
武媚娘想去看看自己的小皇子，卻發(fā)現(xiàn)小皇子正在被太子欺負，而一旁的教書師傅卻坐視不管，武媚娘很是心寒，沒想到自己的失勢竟然連累了孩子，武媚娘哭得撕心裂肺，但是卻無濟于事。這時，墨雨將密函帶給武媚娘，只要她將密函拿出來，自然能證明清白，至于狄仁杰，此刻正在療傷，所以不能前來。
但令人意外的是，武媚娘在皇上和文武百官面前稱，狄仁杰沒有找到證據(jù)！群臣一下子紛紛諫言處死武媚娘，唯有閻立本據(jù)理力爭，想替武媚娘求一條生路。武媚娘倒是云淡風輕，根本不懼怕，她想最后同皇上話別，文武百官不得不答應。回到后殿，武媚娘才把密函交給皇上，皇上明白了真相后，勃然大怒，準備廢掉皇后！
武媚娘將一切實情告知皇上，皇上自然要為美人做主，他走到臣子們面前，宣布真兇乃是潛龍王！文武大臣們一時間議論紛紛，不知潛龍王究竟是何許人也，皇上大聲揭穿，潛龍王就是眾多案件的幕后策劃者，也是意圖顛覆朝堂的罪魁禍首！閻立本聽言，趕緊站出身來聲援皇上，長孫無忌還想多說些什么，但皇上態(tài)度堅決，加上許敬宗等人從旁協(xié)助皇上，長孫無忌也毫無辦法，他一時急火攻心，竟然覺得胸悶氣短，身體抱恙。皇上則拉著武媚娘的手揚長而去，不將大臣們放在眼里。
墨雨和紅巾積極地為狄仁杰療傷熬藥，經(jīng)過一陣調養(yǎng)，狄仁杰終于完全康復，閻立本也帶來了好消息，武媚娘安然無恙，一切皆大歡喜。閻立本接著告訴狄仁杰，武媚娘并沒有當著大家的面拿出密函，她只是與皇上走到后殿耳語了一陣，皇上便對她言聽計從了。狄仁杰大為驚訝，武媚娘既然已經(jīng)有可以洗脫嫌疑的證據(jù)，為何不當眾拿出來呢？
于是，狄仁杰帶著滿腹的疑問來到武媚娘寢殿，發(fā)現(xiàn)她正在親手焚燒密函，狄仁杰不由得又氣又惱，這可是自己拼了性命拿回來的密函啊！武媚娘緩緩站起身來，她的眼神里寫滿了絕望和痛楚，自己的孩子接二連三被欺負，甚至被殺害，這種痛苦不是一般人可以想象的，而這一切的源頭都是自己太過于軟弱！所以，武媚娘準備脫胎換骨，她要強大起來，不再受任何人的欺辱！就算沒有密函，她也要依靠皇上的愛和信任活下去，哪怕讓朝臣議論也毫不惋惜，而只有群臣敬畏，自己才能贏得權力。狄仁杰驚呆了，他知道，那個單純善良的武媚娘已經(jīng)一去不復返了。
長孫無忌在府中養(yǎng)病，他不由得感嘆，這個武媚娘看來并非池中之物，以前自己只注重防備狄仁杰，沒想到武媚娘也是一個禍患，現(xiàn)在，長孫無忌最怕大臣們都開始忌憚武媚娘，那樣的話，皇后的地位將岌岌可危。
另一邊，潛龍王也沒想到，武媚娘會如此福大命大，經(jīng)過了這一系列波折還能保住性命。蔣昊辰得意洋洋地笑著，向潛龍王匯報慕容清的動態(tài)，慕容清沒有和狄仁杰有任何往來，看來是襄王有意神女無情，狄仁杰不過是剃頭挑子一頭熱罷了，潛龍王聽了，這才些許放下心來。
愁緒萬千的狄仁杰去找濮王殿下談心，濮王從小在宮中長大，見慣了帝王家的是是非非，所以，濮王殿下對于武媚娘的變化并不驚訝。狄仁杰獲悉，皇上已經(jīng)把朝中事宜交給濮王處理，而濮王則悄悄提拔了一批沒有背景的新臣，看來，濮王也在悄悄變化著。
這時，忽然傳來了藍綾的消息，她快不行了！狄仁杰趕緊帶著墨雨和紅巾回到汴州，看見藍綾氣息奄奄地躺在床上，三人見到這副情景，都潸然淚下，紅巾更是聲淚俱下地質問狄仁杰，為何他總是能救其他人于水火之中，唯獨無法救助藍綾呢？狄仁杰自責慚愧，恨不得殺了自己，藍綾虛弱地安慰狄仁杰，讓他不要因此自責，更不要去找潛龍王換解藥，藍綾希望狄仁杰能幫助自己打通生死玄關，獲得生命最后的精氣神。