黃豆盜竊案的罪犯被全部抓獲，耿燁第一時間把此事曝光，然后設宴請秦川和柴云平喝酒慶祝，韓敬東看到仁城市公安局搶功，他打電話給秦川下了死命令，必須把李國英等人犯帶回河昌受審。
耿燁不停地灌秦川喝酒，秦川一口氣喝了很多酒，耿燁才同意把李國英帶走，秦川因喝酒太多胃痛難忍，柴云平送他去醫院，韓敬東來看秦川，把胡兵追通緝犯的時候出車禍把腿鋸掉的事說出來。秦川去看望胡兵，看到胡兵這樣心疼不已，忍不住失聲痛哭，他連連向胡兵認錯，后悔總和他發生爭執，胡兵從當刑警那一天就把生死置之度外，他反而勸慰秦川一番。
秦川下班回家，看到李文來接女兒葉海平，葉海平堅決不跟李文走，她在秦川家住慣了，何青蓮把她當親女兒一樣。秦川把殺死葉茂生的兇手牛玉國的律師向最高院申訴的事說出來，李文氣得咬牙切齒，可又無可奈何，葉海平看到李文這么傷心，答應給她回緒城。
魏寧被調到緒城市公安局任局長，大名鼎鼎的首席刑偵專家武英德受邀來緒城演講，魏寧給秦川報名，武英德事秦川的偶像，秦川早早來到緒城。武英德剛剛在松林接了一家七口滅門案，他以此案為例講述了刑偵工作方向的重要性，與會人員沒有任何反應，武英德認為這是報復殺人案，讓大家各抒己見，秦川覺得兇手為了侵財而殺人，并且滔滔不絕講述了自己的想法，韓敬東暗示秦川閉嘴，秦川意猶未盡，他把自己的想法全部說出來，武英德讓其他人也說說自己的看法，他們面面相覷都不敢吱聲。
演講結束以后，韓敬東埋怨秦川不該在武英德面前說那么多，讓他去向武英德認錯。秦川買了保暖內衣和水果來看武英德，還給他一盒煙，秦川向武英德賠禮道歉，武英德根本沒當回事，還把買東西的錢給秦川。
夜深了，武英德出去散步無意中看到會議室還亮著燈，就上來一看究竟，秦川還在研究松林滅門案，他認定兇手是侵財，武英德覺得他說得有道理，就和他一起做了縝密分析，最后證實秦川的想法是對的，武英德對秦川刮目相看，對他寄予厚望，還要收他為徒，秦川自然求之不得。
曹忠恕一早來到公安局，才知道秦川和武英德徹夜無眠在研究案情，得知武英德很看好秦川，他向秦川表示祝賀。最高法以證據不足為由撤銷了牛玉國的死刑判決，秦川不服氣，李文替死去的丈夫葉茂生傷心難過，趙飛對她好言相勸，李文咽不下這口氣，她心里憤憤不平，趙飛想起他兄弟執行任務時白白犧牲的事，勸李文相信法律是公正的，好人會有好報，壞人遲早會接受懲罰，李文才稍稍釋懷。
秦川為葉茂生的案子耿耿于懷，他找武英德求助，武英德勸他接受這一判決，這恰恰說明法制在一步步健全，提醒秦川以后辦案要嚴謹。秦川被調到緒城市公安局任刑偵支隊支隊長，臨走前，他帶著李文，葉海平和李青蓮來墓地吊唁葉茂生，隨后，秦川來和胡兵辭行。
秦川明天要去緒城刑偵支隊報到，臨行前，他來向胡兵辭行，胡兵叮囑他好好干，兩個人一起玩雪球，開心地像兩個孩子。秦川和肖慶東都調到緒城，他們和曹忠恕住同一大院，秦川和李文住鄰居，搬家那天，李文和肖慶東來秦川家幫忙，葉海平開心地歡呼雀躍，她以后又可以天天找何青蓮家玩了。
緒城市公安局東萍縣公安局局長董振發慕名來找秦川幫忙，五年前，丁麗母女被殺，警方懷疑丁麗的前夫高鵬所為，可警方沒有找到確鑿的證據，雙方家屬天天到公安局鬧，董振發拜托秦川馬上就去東萍，肖慶東沒顧上搬家，就跟秦川一起去現場。
董振發帶秦川和肖慶東來到丁麗家，詳細講述了這起案件的進展，警方懷疑高鵬報復殺人，可沒有任何證據，秦川把此案的證據從頭捋了一遍，推斷這是一起激情殺人案，在座干警都面面相覷，東萍刑偵大隊大隊長周勇提醒秦川慎重定性，他們前前后后請了很多專家，都無法做出正確判斷。
秦川對現場進行詳細分析，他堅信這是激情殺人案，周勇和董振發支支吾吾，好像有難言之隱，秦川和肖慶東都很不滿，讓他們說出實情，周勇只好拿出此案的副卷，秦川翻出警方采集了現場一枚血指紋，可沒有鑒定結果，周勇和董振發借口指紋復雜不好取證，秦川頓時惱羞成怒，把此案的所有證據和卷宗全部帶回去。
魏寧勸秦川不要管丁麗這個案子，擔心他費力不討好，秦川想盡快破案以平民憤，想找曹忠恕幫忙，魏寧提醒他不要麻煩曹忠恕，還帶秦川去養老院，曹忠恕愛人患阿爾茲海默癥，時而清醒時而糊涂，秦川欲言又止，曹忠恕看出他們有事，魏寧只好把丁麗母女被殺的案子說出來。
秦川和何青蓮說起曹忠恕妻子的病情，何青蓮就去看望她，陪著她跳舞，讓秦川和曹忠恕去查案子。曹忠恕仔細比對那枚血指紋，因為特征穩定性不夠無法鑒定，秦川很失望，曹忠恕讓秦川等他的團隊把圖像系統做出來再測試一次。
為了解除曹忠恕的后顧之憂，何青蓮天天陪曹夫人跳舞，圖像分析系統很快完成，曹忠恕第一時間用這個系統測試血指紋，很快找到了七個顯著特征，高鵬的指紋對不上，因此就排除了高鵬的嫌疑。秦川連夜帶肖慶東去東萍，肖慶東懷疑東萍警方有所隱瞞，秦川不管他們有什么難言之隱，堅持要把此案徹查清楚。
秦川召開緊急會議，有干警透露丁麗平時喜歡跳舞，秦川埋怨周勇和董振發辦案不嚴謹，連這么重要的線索都沒有記錄在案，他們立刻分頭去調查取證，秦川反復強調務必給丁麗關系密切的人留指紋。
丁麗的舞伴透露丁麗和祖洋關系密切，周勇立刻去找祖洋問話，還提取了他的指紋，東萍縣局干警們經過幾天的走訪調查，采集了一百多個人的指紋，曹忠恕一一進行比對，祖洋的嫌疑最大，可還不足以證實他是真兇，需要再采集一下指紋，秦川親自去東萍找祖洋，曹忠恕隨后跟來，把祖洋的指紋采集下來，確定祖洋就是真兇。
秦川覺得指紋不足以定罪，擔心被檢察院駁回，周勇想起來現場還有一件帶血的t恤，秦川讓他拿著衣服去找祖洋的妻子辨認，祖洋妻子確定這件衣服是祖洋的，可還需要祖洋的DNA才能萬無一失，秦川讓周勇找一件衣服讓祖洋試穿，趁機留下來他的DNA樣本。
干警在丁麗被害現場找到一件帶血的T恤，那是祖洋留下的，上面沾了丁麗的血跡，可是無法測到祖洋的DNA，就無法定他的罪。秦川就拿來一件新的T恤讓祖洋換上，根據祖洋脫衣服的習慣動作，讓技術人員在那件帶血的T恤上搜集DNA。
技術人員把采集的樣本送到省廳，省廳很快傳來鑒定結果，確定那件帶血的T恤就是祖洋的，再加上證人證詞和那枚血指紋，坐實了祖洋的殺人罪名，董振發和周勇很慚愧，他們自愧不如，這幾天他們親眼目睹秦川嚴謹認真的查案作風，對秦川贊不絕口。周勇主動提出調離刑警隊，秦川秦川讓他盡快提審祖洋。
祖洋交代了所有罪行，他和丁麗情投意合，很快就成了情人，丁麗知道祖洋有家室，不想和他偷偷摸摸來往，就要交男朋友，祖洋一氣之下把丁麗殺死，還殺死了丁麗五歲的女兒。案子順利偵破，秦川和肖慶東連夜從仁城趕往緒城，秦川望著窗外陷入沉思，他再次體會到刑警工作的艱辛與責任，更希望群眾安居樂業，國泰民安。
轉眼幾年過去了，時間來到2005年，秦川依舊每天早出晚歸，破獲了一個又一個案件，辛苦同時又感到滿足。秦川和肖慶東不眠不休三十多個小時，剛剛破獲一個案子，他們累得精疲力盡，剛想回家好好休息一下，秦川突然接到韓敬東的電話，淞山縣發生一起命案，秦川和肖慶東冒著大雪趕到淞山。
淞山縣公安局長高征和干警們站在大雪中等著秦川和肖慶東，高征迫不及待向秦川匯報了案情。五年前，十四歲女孩李艾周末早上去同學家的路上被人奸殺，作案手段殘忍，性質惡劣，案發后李艾的尸體被兇手扔在雪坑里，淞山縣公安局出動警力對附近的男性公民逐一排查，查出一個姓朱的人有重大嫌疑，他又交代了同伙，可經過檢測比對排除了他們倆堵塞嫌疑，前任公安局長和四名干警因此受處分，李艾父母和那兩個被冤枉的當事人經常去市里告狀，高征和干警們都抬不起頭來，新來的副局長去查案的路上出車禍而死，高征和干警們心里壓力更大了。
干警們在雪地里踱步，他們都盼著秦川能查出真兇，高征把卷宗給秦川，他們就在外面的車里等。秦川連夜看完李艾被害的卷宗，一早跟著高征趕往案發現場，秦川了解到案發前一晚下了大雪，外面的人根本不能進村，而且最早的公交車到這里也要十點半以后，秦川因此推斷兇手是本村的人或者早一些來這個村的外人。
秦川從高征口中得知案發當天村里有人家辦喜事，他讓高征把主家的禮單拿來，讓每個參加婚禮的人都回憶一下自己旁邊是誰，高征派刑偵隊長王吉明去逐一詢問，秦川讓高征帶路去見李艾父母。
李艾父母見到秦川就哭暈在地，他們捧著女兒李艾的照片痛不欲生，秦川心里很不知滋味，他當即決定把此案當成重點來偵破，給死者和死者父母一個交代，高征號召干警們打起精神來，秦川讓干警們挨家挨戶排查。
干警們來到村里調查走訪，村民們對他們惡語相向，干警們被罵得無言以對。秦川把李艾被害現場的照片翻出來，李艾死得太慘了，在座干警們都很痛心，高征當眾表態會全力以赴查出真兇，可是縣局經費不夠，拜托秦川幫忙解決DNA鑒定的費用，秦川知道市局的經費也緊張。
秦川打電話向省廳物證鑒定中心副主任王行知求助，他不但沒錢，還要加急，王行知去找主任雷修平請示，雷修平考慮再三才答應免費做500個，秦川和高征拿著采集樣本來鑒定中心找法醫師蘇暢和郭欣。秦川拿出李艾被害的照片，懇請她們倆多多幫忙，郭欣和蘇暢看到李艾死得這么慘，她們心里唏噓不已。
高征和干警們想第一時間知道犯罪嫌疑人是誰，他們不吃不喝，就等在實驗室門口，秦川陪他們一起等。經過雷修平和法醫師們精心測試和比對，沒有找到犯罪嫌疑人，秦川頓時傻眼了，他坐在一邊發呆，蘇暢和郭欣看到這一幕，她們去找雷修平商量用國際最先進的辦法再測試一次，王行知給秦川他們買了泡面充饑。
雷修平和兩位法醫師熬夜做測試，查出50多歲的馬超華的DNA吻合，他們懷疑馬超華的兒子馬維明是兇手，高征立刻帶著干警們去抓人，秦川對雷修平等人感激不盡。馬維明被抓起來，法醫當場給他采血做測試，證實馬維明就是害死李艾的真兇，高征和干警們激動地大聲歡呼，壓在他們心里五年的大石頭終于落地了。馬維明對自己的罪行供認不諱，他回家參加婚禮，半路上遇到李艾，他就把李艾奸殺了。高征和干警們回到村里，鄉親們放鞭炮為他們請功，他們激動萬分，秦川心里倍感欣慰。
2006年，李文如愿考到省廳，何青蓮包餃子為她慶祝，秦川也為她高興。葉海平想考警察學院，李文擅自把她的志愿改成醫學院，葉海平強烈抗議。