藤丸給大家發短信，利用藏頭文告訴大家，寶生才是那個叛徒。而他們一行人，也被瑪雅給帶到了一個沒有人煙的倉庫附近。寶生做出將瑪雅拷住的假象，其實并沒有鎖上。藤丸雖然用槍對準了寶生，但卻怎么也下不了手開槍。寶生開槍射中了加納，而另一把槍則落入了重獲自由的瑪雅手上。而藤丸不但手上沒有了槍，反而為人所制，還被搶走了USB。并被迫向THIRD-i本部放出了“加納是叛徒”的假消息。之后她還開槍擊倒了藤丸。
THIRD-i本部接到藤丸發出的消息，立刻信以為真，放松了對寶生注意。而寶生就趁機返回本部，入侵了地下室并留下了病毒。她試圖利用地下室的空調設備，將病毒通過換氣傳播進整個THIRD-i本部。
而THIRD-i本部的監視人員終于發現情況不對。霧島的未婚妻沙織為了確認情況而跑去了地下室。雖然及時地阻止了病毒通過空調在本部擴散的危險，但沙織卻被感染上了病毒。霧島為此而受到了極大的沖擊。
而藤丸，則在瑪雅的誘導下，見到了病毒恐怖分子的主腦人物，“J”。
為了阻止魔彈之射手制定的日本再啟動計劃，折原瑪雅不惜犧牲了自己的生命，臨死之前，瑪雅說出了一個很大的秘密，她把“第三個皇帝”的真實身份告訴了藤丸和音彌，它就是破壞力最強、最惡毒的氫彈，通稱“沙皇炸彈”，一旦這顆炸彈在東京引爆，那么后果實在不堪設想。藤丸和音彌很清楚，他們無論如何也要調查出結果，不僅僅為了死去的瑪雅，也為了拯救很多人的生命。經過調查他們發現，一個叫做“教授”的男人掌握了“沙皇炸彈”，以及聯絡魔彈之射手的關鍵鑰匙，他們按照瑪雅留下的線索來到橫濱一家店，向一位看起來像店主的男人請教，問他是否認識一個叫教授的人。一番調查詢問之后，藤丸和音彌終于來到了教授的住處，他們利用教授家的電腦終于查出了“沙皇炸彈”的所在位置，藤丸馬上聯絡加納，告知他所查到的結果，于是THIRD-i的成員們火速趕往現場，確認集裝箱中的東西究竟是不是“沙皇炸彈”。
中了藤丸設置的圈套的間諜，其實就是THIRD-i的情報分析官澤北，他在被霧島等人逮捕之后坦白說自己也是不得己，因為他的兒子陵太被魔彈之射手抓去做人質，因此他不得不幫對方做事。聽了這沖擊性的事實，在場的所有人都啞口無言，只有藤丸在操作電腦，他找到一個“動畫網站”，這個網站播放的是陵太正在無憂無慮玩耍的錄像，但是配合他的動作，一只來福槍正裝置在一旁，一旦點擊數量超過一定數額，這個裝置就能讓來福槍射擊。另一方面，獨自一人尋找教授的線索的音彌接到響的電話，響告訴他，教授想要見見音彌，希望他一個人去，音彌馬上就下定了決心。設置來福槍瞄準陵太的那個網站，有很多感興趣的人不斷點擊訪問，時間一分一秒過去，越來越接近限制時間，藤丸終于無法忍受怒氣爆發了，他決定要再次抓住“Hornet”。