“魔彈之射手”竟然抓了THIRD-i情報(bào)分析官澤北的兒子陵太做人質(zhì)，借此要挾澤北做內(nèi)奸為他提供情報(bào)，而且他還拿陵太在網(wǎng)上玩“殺人游戲”，藤丸對(duì)他沒(méi)人性的做法十分憤怒，經(jīng)過(guò)努力搜索，他終于找到了藏人質(zhì)的地點(diǎn)，成功地安全救出了陵太。?不過(guò)和陵太被一起救出的少年卻讓藤丸覺(jué)得有些不對(duì)勁，藤丸和秋原決定讓兩位少年單獨(dú)談話，試著尋找線索，結(jié)果新的事實(shí)讓藤丸大吃一驚，原來(lái)這名少年就是他費(fèi)勁千辛萬(wàn)苦要尋找的“Hornet”。藤丸調(diào)查Hornet的筆記本電腦后掌握了一定證據(jù)，而這些事實(shí)讓Hornet有些動(dòng)搖。另一方面，音彌趕到教授和響等他的地方，沒(méi)想到等待他們的卻是“魔彈之射手”的狙擊，而且他還負(fù)了傷。被音彌拼命救下來(lái)的教授在事后說(shuō)出了“日本再啟動(dòng)計(jì)劃”的全部?jī)?nèi)容，另外，突然倒下的J竟然一直沒(méi)能恢復(fù)意識(shí)。
THIRD-i終于找到Hornet，而且藤丸的一些證據(jù)讓他內(nèi)心動(dòng)搖，最終他說(shuō)出了真正的幕后黑手，操縱一切的人其實(shí)就是蜘蛛，面對(duì)這個(gè)奪走了葵的生命，不知多少次把自己逼到窮途末路的蜘蛛，藤丸難掩心中的憤恨之情。這次魔彈之射手又從電視臺(tái)的播出系統(tǒng)上下手，促使年輕人聯(lián)合起來(lái)對(duì)九條總理進(jìn)行體制批判，這樣他也終于啟動(dòng)了“日本再啟動(dòng)計(jì)劃”，讓日本為恐怖核彈頭疼，而且蜘蛛還侵入了THIRD-i的主系統(tǒng)，直接攻擊THIRD-i本部。就在此時(shí)，和響一起離開(kāi)THIRD-i的藤丸竟然接到了蜘蛛的來(lái)電，對(duì)方充滿(mǎn)挑釁意味地告訴藤丸和他一起玩，藤丸怎么可能接受這樣的對(duì)待，他立刻開(kāi)始偵查蜘蛛的所在地，最終鎖定了敵人蜘蛛電腦終端的所在位置，但是此時(shí)對(duì)方早已打開(kāi)了榮譽(yù)之門(mén)。藤丸從監(jiān)控錄像上看到了南海，南海也打算潛入調(diào)查，沒(méi)想到差點(diǎn)被倉(cāng)野醫(yī)生殺死，原來(lái)她就是蜘蛛，可是當(dāng)藤丸趕到時(shí)，倉(cāng)野卻指證南海才是蜘蛛，還請(qǐng)求藤丸救自己。
蜘蛛的身份終于得到證實(shí)，倉(cāng)野醫(yī)生才是蜘蛛，當(dāng)她拿著手槍指向藤丸，再一次說(shuō)出“我們一起玩”這句話時(shí)，藤丸不禁愕然，而且對(duì)方還說(shuō)一直都在看著他，讓藤丸覺(jué)得很不舒服，當(dāng)蜘蛛離開(kāi)現(xiàn)場(chǎng)之后，南海為了讓藤丸不要管自己，抓緊時(shí)間去阻止核彈爆炸，抓住蜘蛛，不惜拿槍指著自己的腦袋。對(duì)于自己和蜘蛛到底是什么關(guān)系，藤丸怎么也回想不起來(lái)，只覺(jué)得特別苦惱，但是他知道了蜘蛛的真正目的是使用設(shè)備的告訴增殖爐讓核彈爆炸，藤丸想解開(kāi)密碼阻止程序，但是他做不到，所以他準(zhǔn)備直接去追蜘蛛，加納、霧島等THIRD-i的成員隨后也陸續(xù)趕去了。就在此時(shí)，秋原終于查到了蜘蛛的過(guò)去，并且把這個(gè)事實(shí)通知給藤丸，得知自己和蜘蛛的關(guān)系之后，藤丸簡(jiǎn)直無(wú)法相信這是事實(shí)，不過(guò)他最終還是下定決心來(lái)到蜘蛛等他的房間里。關(guān)系到日本命運(yùn)的一戰(zhàn)終于來(lái)了，藤丸要去改變自己和國(guó)家的命運(yùn)。