在購物廣場發生的一連竄事件，結果被證實不過是恐怖分子放出的一個煙霧彈。在千鈞一發之際，多虧藤丸及時告訴大家病毒是假，才阻止了一場慘劇的發生。但他們通過這一事件也清楚地認識到，這不過是恐怖分子一系列犯罪的一次預演。真正的悲劇才揭開幕布而已。
藤丸好不容易從困境中脫身，便立刻趕往醫院看望妹妹遙。可他趕到醫院，卻發現，一直給妹妹看病的女醫生京子已經被人殺害了。原本躺在她身邊的遙更是不知去向。就在藤丸感到驚慌失措的時候。電話響了。是把遙綁走的男子打來的。他威脅藤丸，如果想要救自己的妹妹，就入侵THIRD-i的數據庫。按照電話指示終于找到妹妹的藤丸，驚恐地發現遙的身上被人安裝了遙控炸彈。別無選擇的藤丸最終還是答應了恐怖分子的要求，開始了對THIRD-i數據庫的黑客行為。
另一方面，恐怖分子還給THIRD-i本部發去了聯絡，告訴他們“已經給某位女性送去了真正的病毒”。終于，恐怖分子的的魔手伸向了普通市民。而警方和藤丸所要面對的，還有恐怖分子集團設下的重重陷阱。而藤丸就讀學校的生物老師，折原瑪雅也逐漸露出了本性。
