賀蘭敏月越來越討皇上喜愛，很快她便被皇上封為魏國夫人，皇上為了她每晚留宿于合璧宮。賀蘭敏月裝病暈倒，還特意在手上留下瘀傷痕跡以陷害武媚娘，太醫告訴皇上，賀蘭敏月突然生病是因為被手鐲上的毒素入侵，皇上想起來手鐲是武媚娘送給賀蘭敏月的。
狄仁杰將明道長遇害之事上報給武媚娘，武媚娘讓他去查明真兇。皇上讓太子李賢代理監國，武媚娘與李賢見面并囑咐他專心治國，李賢信誓旦旦地說自己一定會好好監國。臨走前李賢突然提起孫無生的名字，武媚娘心里一驚意識到明道長的死與李賢有關。
武媚娘私下派人去抓一直跟在李賢身邊的手下趙道生，大理寺抓住趙道生后就用酷刑審問他，他很快便承受不住酷刑把李賢殺李弘與明道長的事情供了出來，皇上來到牢中，趙道生告訴皇上，太子李賢在東宮里藏有大量的兵器，如果皇上不信，可以派人去查。
武媚娘帶著手下將東宮包圍，心知逃不掉的李賢只好認罪，但李賢認為自己的小詭計不敵母后的萬分之一。太子李賢最終被廢并被貶至巴州，平日里與李賢私交甚好的公子哥們也不再來看他，臨走時只有賀蘭敏月為李賢送行。
李賢知道賀蘭敏月是來打探他口風的，賀蘭敏月與他一同毒害李弘，所以賀蘭敏月很怕李賢把她供出去，李賢表示自己已經擔下一切責任，他勸賀蘭敏月就此收手不要再釀成大錯。
最可塑的兩個兒子一個離世一個被貶，但朝中不能無太子，皇上與武媚娘商量后決定選李顯成為太子。
豫王送了一批上好的茶葉給武媚娘，賀蘭敏月從中作梗在茶葉中下了毒，瑞安發現茶葉有毒后便及時稟報給武媚娘，武媚娘下令將茶葉送給賀蘭敏月。
武媚娘與賀蘭敏月見面，武媚娘已經知道了她的所作所為，賀蘭敏月也不再裝出一副無辜的樣子，她把與李賢合作毒害李弘的事情告訴了武媚娘，賀蘭敏月就是想讓皇子們互相殘殺，并挑撥皇上與武媚娘的關系，賀蘭敏月最終被武媚娘賜毒茶而死。
皇上得知武媚娘將賀蘭敏月賜死后便質問武媚娘為何如此殘忍，竟然連自己的親外甥女都不放過，武媚娘表示賀蘭敏月魅惑皇上并試圖取代她，所以才將賀蘭敏月除掉。
皇上與武媚娘因賀蘭敏月一事產生隔閡，皇上甚至將武媚娘禁足，不許她參與朝政，而李義府也被皇上貶職打入天牢準備發往雋州。武媚娘去牢中探望李義府，李義府認為以武媚娘的才華實力不該退居于后廷，他勸武媚娘應當考慮成為女帝，武媚娘指責李義府口出狂言。
大理寺的人將賀蘭敏月在茶葉中下毒試圖毒害武媚娘并嫁禍給豫王一事上報給皇上，皇上這才意識到自己誤會了武媚娘。
太子師們向武媚娘上報太子李顯的情況，李顯成天喝酒作樂無心朝政，三十多歲卻沒有長進，對太子妃韋氏更是言聽計從，如果把國家交給他實屬堪憂。
太子李顯認為皇上遲早會離世，江山便是他的，他的岳父韋玄貞則表示現今朝中大臣全是武媚娘一手提拔的寒門士子，一旦李顯登基，武媚娘就有可能架空李顯的能力，讓他成為傀儡皇帝。
韋玄貞為李顯出了一招，他讓李顯進宮請奏，請求皇上駕崩后讓武媚娘一同陪葬。李顯進宮把此事講給皇上，皇上自然不同意，而韋玄貞則派人將此事寫在紙上拿給武媚娘，還說是皇上下令要求武媚娘在他死后一同陪葬。
太醫診斷皇上出現回光返照現象，僅剩最后一晚的時間，武媚娘抓緊最后時間陪皇上聊天，與皇上漫步于洛陽行宮里，皇上到死都沒苛責過武媚娘一句，他只是夸著武媚娘的好，向武媚娘訴說愛意。兩人一同看煙花，皇上也在此時長辭于世。
皇帝駕崩，武則天在靈堂悼念，太子李顯則帶手下進入靈堂，他拿出一份假遺詔誦讀，假遺詔內容是讓武媚娘一同陪葬。
武媚娘知道李顯手中是假遺詔，她指責李顯在父皇尸骨未寒時竟然還要求母后要一同陪葬。這時一名將軍將皇上留下的真遺詔呈上來，里面寫道李顯可以繼位成為皇帝，武媚娘則成為皇太后。李顯聽到后立刻跪在地上告訴武媚娘都是韋玄貞在背后指使他，他才辦了錯事，武媚娘當場將韋玄貞貶除官職打入天牢。武媚娘在李治的棺材前發誓自己一定會幫他守好這片江山，就算被世人唾罵她也不在乎。
李顯如愿當了皇上，可他每日沉浸于后宮聲色里，朝政依舊由武媚娘來把持。武媚娘每天都要處理各地造反的叛軍隊伍，朝中大臣們勸武媚娘還權給皇上，否則背叛她的人只會越來越多。
狄仁杰推薦張柬之進宮輔佐武媚娘，張柬之問武媚娘現在已經手握大權了為何還要再捅破這層紙去稱帝，武媚娘表示她知道會有人質疑，但不能因為她是女人而質疑她的能力。
武媚娘稱帝并改名為武瞾，登基大典時她站在太極殿外想起了自己入宮遇到的每一個人，心中感慨萬千。十五年后，張柬之與其他輔佐太子的大臣們一起將武瞾的男寵張易之、張昌宗兄弟殺害，并帶著太子闖入集仙殿逼武瞾傳位給李顯。
生性窩囊的太子李顯不敢逼宮并跑了出去，武瞾早就預料到會有這一天，她的羽林衛進來將張柬之等人包圍，張柬之知道自己犯了死罪，他懇求武瞾饒太子李顯一命就好。武瞾饒了在場所有人的謀逆之罪，她單獨留下張柬之，張柬之勸說武瞾將皇位留給太子李顯，武瞾覺得李顯成不了大器，張柬之告訴她既然連兒子都靠不住，那傳位給侄子一輩就更靠不住。
武瞾最終將皇位傳給了太子李顯，她八十二歲時卒于上陽宮，死時遺去帝號，與高宗李治同葬在乾陵，留下了一塊無字墓碑。
(全劇終)