阿衡之死令黃藥師傷心欲絕，遂決定與阿衡一同離開桃花島，周伯通見狀，笑謔黃藥師與阿衡一同尋死，更說出郭靖早已背熟九陰真經，黃藥師聞言大怒。原來黃藥師發誓，凡懂九陰真經者死，因而往殺郭靖，郭靖不知情，大感莫名其妙，后周伯通將經書撕毀，終冰釋干戈，但黃藥師不許黃蓉跟隨郭靖等人離開桃花島。黃蓉思念郭靖，遂毅然向黃藥師辭行，卻見黃藥師與阿衡同在冰牢內，黃藥師已一頭白發，而母親已死去。
七公、伯通與郭靖乘藥師所造之船離開桃花島，豈料船本為藥師用作與阿衡合葬之用，船身只用漿糊并合，三人不知情，船離岸后，海水迅即涌入船中，船不久沉沒，此時歐陽鋒與歐陽克之船經過，歐陽鋒為得經書，將三人救上船。歐陽鋒哄騙伯通背誦經文，伯通不肯，跳入海中，歐陽鋒唯有轉移對付郭靖。歐陽鋒知悉七公好美食，遂以美肴誘之，七公果然中計，身中劇毒。
七公因劇毒未除，又因被西毒重擊一掌，武功一時難以復原，恐不能再保護黃蓉，遂勸黃蓉及早離開荒島，但小艇不知所蹤，黃蓉無法離去。七公自知不久人世，遂立黃蓉為丐幫幫主，并傳授打狗棒法。歐陽克被大石壓傷，痛極暈倒，此時郭靖與歐陽鋒同時到達荒島，歐陽鋒見侄兒境況，即要挾黃蓉等人救他。黃藥師到處訪尋女兒蹤影，在望江樓遇上周伯通，兩人追逐至懸崖，伯通戲稱黃蓉已葬身大海，黃藥師信以為真，悲慟不已，聳身跳下山崖。