崇禎不顧大臣們的懇求和反對，剛愎自用，在西市口磔殺袁崇煥。陳圓圓這時才知道是昨晚自己學錯了話。崇禎明確告訴陳圓圓，不殺袁崇煥，這三關就不是朕的三關了，三關將士就不是朕的將士了。袁崇煥死得非常慘烈。一錢一肉，京都百姓爭食袁公之肉。陳圓圓拿了江南帶來的隨身寶物，用一顆夜明珠，硬是從大清派來的奸細手中搶買回袁公的頭顱，馳往西山，又遭大清奸細襲擊，被趕來的侍衛官張岱解圍，逃入山林，含淚安葬了袁崇煥的頭顱。但陳圓圓的這顆夜明珠到了崇禎的手中，崇禎認為陳圓圓這個戲子從來不貞，收授男人之物。于是罷免了陳圓圓的女官之職。陳圓圓搖著紡車，在紫竹宮苦度時光。三關將士聯名上書，逼崇禎赦免袁崇煥，崇禎這時又悔了，去張嫣皇后宮中，敘說孤寂之情。但張嫣不以為錯殺一個袁崇煥，大明朝就要滅亡了。崇禎深情地把皇嫂張嫣當了自己的新相知。張嫣盡力克制住自己對這個皇叔的愛意，把悲聲吞咽。歲月在紡車聲中流逝。田妃己故，但生下的長平公主，己是娉婷玉立了。那天漫天風雪，長平來見陳圓圓。長平說起母妃臨終時讓我將來跟你回江南去看看。長平又知陳圓圓與吳三桂之事，又見陳圓圓還惦記著吳三桂，于是跑去找崇禎，要父皇把陳圓圓嫁他吳三桂，召吳三桂入京保衛京畿。此時，李自成的義軍直向北京逼來。吳三桂召入京都，答應馳援京都，但有個條件，皇上將陳圓圓下嫁末將。
崇禎無奈答應了吳三桂的條件，要用全副鑾駕，把陳圓圓送往吳府成親，但內心依依不舍。陳圓圓要告別皇城，回想往事，苦甜酸辣，一齊涌上心頭。這夜，她又走進了乾清宮，見滿院素幡白幛，正殿停一棺木，疑在夢中。她與崇禎在這白色的氛圍中再次相逢了。崇禎告訴她，他誓死與李賊決戰，己準備了棺木了。陳圓圓敘說自己與皇上相處多年，己知足了。陳圓圓不要宮中的鳳冠霞披、全副鑾駕，只帶自己從江南帶來的小包囊走，并留下一封信，告訴崇禎，自比清蓮，出污泥而不染。崇禎大慟，想再留住她已不能了！陳圓圓被一輛小馬車接入吳府，受到吳府十三個姨太太的奚落。洞房夜，陳圓圓向吳三桂說明自己是處之身，使得吳三桂分外感動，發誓一生不負陳圓圓。崇禎沮喪萬分，來到張嫣宮中，酒醉后擁抱、親吻皇嫂，要留宿宮中。此事被袁妃探知，去坤寧后向周皇后告了一狀。但張嫣終于清醒了，為了社稷江山，為了皇上的聲名，拒絕了崇禎的柔情，讓太監接走崇禎回乾清宮。陳圓圓料知崇禎有變，第二天一早，就與吳三桂乘車奔往寧遠。但途中被崇禎召回，作為人質，押在宮中，逼吳三桂盡快馳援北京。陳圓圓又回到紫竹宮住下，萬種感慨，無可訴說。
周皇后與袁妃抓住張嫣與崇禎有染的把柄，煽動內閣大臣，逼張嫣同意并勸說皇上南遷，以保持大明龍脈不衰。張嫣處于為難境地。?張嫣鐵拒絕兩宮及內閣的請求，要大臣們學習于謙的忠勇精神，打好北京保衛戰。打不好北京保衛戰，也就不可能打好金陵的保衛戰。讓皇上逋逃，就是誤了皇上。崇禎聽了非常感動，決心決戰京城。但是，朝中再沒有出現于謙這樣的忠臣了。太監曹化淳開了彰義門。李自成的大軍擁入外城，大明朝己搖搖欲墜了。崇禎不得不將太子和其他兩個皇子送出皇城。太子慈烺要讓陳圓圓帶他去關寧軍中，逃入紫竹宮。內城也被義軍所破，崇禎見大勢已去，逼周皇后與袁妃自盡。袁妃懸吊上梁，帛斷，就不愿死了，也逃出了翊坤宮。崇禎還要殺了長平和昭平公主，長平有幸避開劍鋒，也逃往紫竹宮，被陳圓圓救下。崇禎言說他愛女兒所以要殺了女兒。