軍管會開展打擊反動會道門專項活動，他們接到報案，說盤踞在一座天主教堂的張天師要進行布道活動，趕過去的時候只看見一百多教徒卻不見張天師，隨后在街上堵住了張天師一路追趕，張天師跑進教堂將門拴上了。孫大虎和耶律麒看見后也連忙下車跟了過去，將鎖破壞沖進去后看到張天師已經被殺死躺在地上，旁邊還有一個右手打著繃帶的莊稼漢，孫大虎讓人將尸體和莊稼漢都帶走。耶律麒本來想問一問，但是孫大虎不讓他過問政保組的案子。耶律麒在街上看見很多教徒被抓擔心起三仙姑，孫大虎說只抓進行有組織的反動封建活動的人員。
莊稼漢交代自己正在閣樓上收拾東西，張天師沖進去就倒在地上，背后插著攮子，應該是在外面就被人殺死的。經法醫鑒定，張天師背后的刀子長二十五公分，直插心臟，符合右手使刀的特征，死亡時間只能精確到兩個小時以內。而被抓的莊稼漢右臂是粉碎性骨折，受傷時間至少在五天以前。抓捕張天師的戰士說張天師跑得很快，因為他穿著紅色的大袍子沒有注意到背后是否有刀傷。孫大虎不相信張天師背后插著刀子還能跑得那么快，而且還要爬上那么高的樓梯，應該是在閣樓上被殺死的，不過這里只有一條通往閣樓的樓梯，另外頂上唯一的窗戶已經被封死了。
耶律麒聽說那個小男孩的病情后，認為是家長故意遺棄，他想到從美國留學回來的腦科醫生穆壯顏，便去接了孩子送到醫院讓穆壯顏檢查，穆壯顏看完心里有了一個初步的判斷，但是因為沒有接觸過類似的病例找了同仁一起研判，最后認為男孩是患上了格里克癥，也就是俗稱的“漸凍人”，病因可能是病毒也可能是遺傳，她說這個病是在美國最早發現的，可能在美國有辦法治療，費用保守估計最少也要幾千美金。
耶律麒將孩子帶回家，說不知是誰丟在車上的，三仙姑看見這就是自己放生那天看到的小仙子，連忙將孩子抱過來說歸自己了，她高興的將孩子放在床上睡下，毫不在乎耶律麒說到的孩子有病的事。
耶律麒到球會打球，劉篤信說晚上的比賽差一個人，這時孫大虎過來想找他聊聊，耶律麒便拉了孫大虎上場湊數，孫大虎爽快答應了。球賽輸了，孫大虎自責的說以后好好練。耶律麒知道他想問張天師的案子，說張天師不是那個莊稼漢殺的，孫大虎說張天師不是特務所以已經將案子移交給安保組，破了功勞都算他的。耶律麒答應了，隨后他了解到那個莊稼漢的老婆是個屠夫，他通過插在張天師身上的刀判斷那個女屠夫是殺人兇手，被戰士們追的是那個莊稼漢，事實上張天師沒有下樓，早就被殺死了。
耶律麒來到肉鋪，他詐了女屠夫后，女屠夫情緒激動下交代是自己殺的張天師，因為他占了自己的身子還打殘了自己的丈夫，她殺人后，丈夫讓她趕快到布道現場待著，然后他穿了天師的衣服準備出去溜達一圈再回來，結果他運氣不好遇到解放軍抓反道會道徒只好又跑到閣樓。耶律麒認為女屠夫是正當防衛，他讓計連平先回去了，告訴女屠夫會讓她的丈夫回家。
耶律麒回到軍管會就抹去了女屠夫和丈夫的嫌疑，秦天明同意放人。女屠夫在軍管會門口等到放出來的丈夫，她拉著丈夫跪在門前磕頭，耶律麒拍下了照片。夜里，他寫下了入黨申請書。
許留馨認為耶律麒的思想匯報寫得很好，又問到張天師的案子，耶律麒說他是多行不義必自斃，天不容他了。耶律麒回到家，三仙姑說已經給小仙子取名叫天賜，她還準備節衣縮食給天賜治病，耶律麒表示擁護。第二天，三仙姑帶著天賜去買菜，聽說東城教堂出了大事便跑過去去看熱鬧，原來是教堂鐘樓上接連幾天都冒起了黑煙，三仙姑很是看不慣欺男霸女的一貫道，說這事根本和張天師沒有關系，是要出大事了。因為她名氣太大，別人將她的話傳開了，并且越傳越離譜。馬扶搖也看到這一怪事，他偷偷的到處貼傳單——“東城教堂冒煙，共產黨玩完”。
張天師身亡，東城教堂冒煙，炎城內謠言不斷，因為鐘樓樓梯被損所以無法上去查看，吳司令員準備炸了教堂一了百了，秦天明說它是炎城地表性的建筑不能毀壞，吳司令員不聽，立即命人疏散群眾準備炸藥在下午五點起炸。
三仙姑接連幾天都發現菜籃子里出現了豬下水，她堅信是長仙顯靈，卻不知是女屠戶為了感謝耶律麒偷偷送給她的，她更不知的是她在菜場的言論和“收獲”被孫大虎派出的女便衣觀察到，她們將這些情況報告給了孫大虎，孫大虎才明白為何耶律麒破不了案。
秦天明說服不了吳司令員，他趕忙找到李老先生說明了情況，李老先生又召集了幾個民主人士去找吳司令員，吳司令員說教堂裝神弄鬼，對下一代有不好的影響，李老先生說東城教堂是教育年輕一代的無字書，里面還有很多珍貴文物，炸藥一響就玉石俱焚。吳司令員是個能聽得進意見的人，他匆匆趕到教堂，在最后關頭制止了爆破，事后他越想越覺得李老先生等人提的意見合理，便在軍管會的食堂設宴款待幾位民主人士，得知他們是秦天明叫來的，便打電話叫了秦天明過來陪客人喝酒，還教育他以后有話直說。
孫大虎將莊稼漢和女屠夫抓到軍官會隔離審問，莊稼漢以為媳婦已經招認，將他們夫妻和張天師的仇恨以及殺人經過全部交代了，還說自己將張天師的槍放在了吊燈上，孫大虎找到了槍，還叫來張天師的徒弟指認，他說是原來日本憲兵隊的一個信奉一貫道的人送給師父的。莊稼漢還告訴孫大虎，她媳婦說有位老總已經將案子查明了但是并沒有戳穿，他媳婦還為了表示感謝送了豬下水給這位老總的老娘。但是女屠戶堅決不承認耶律麒徇私舞弊，孫大虎叫來莊稼漢和她對質，女屠戶不停的捶打丈夫說他糟蹋耶律麒。
孫大虎要跟秦天明匯報案情，誰知秦天明已經醉得人事不知。第二天秦天明酒醒后認為案子可以了結，孫大虎提到耶律麒瀆職舞弊，秦天明說只要女屠夫不作證罪名就不能成立。孫大虎對女屠戶的處罰是教育后釋放，女屠戶和莊稼漢再次過關，他們更加感謝政府感謝共產黨。
三仙姑被抓到軍管會，她才知道自己的話被人傳岔了，她只承認了自己說過的話，還說這是自己的師父閑云道長告訴自己的。
孫大虎進入審訊室，他對三仙姑說已經調查過她，她為人不壞，也沒有利用封建迷信斂財，三仙姑說自己的師父閑云道長因為不愿逢迎日本人被殺，還說張天師就是個漢J。耶律麒得知三仙姑被抓進軍管會非常生氣，特別是理由還是為一貫道散布謠言，因為三仙姑最看不上一貫道。
耶律麒將相機還給孫大虎，說女屠夫的案子自己早就查清楚了，只是貪圖小便宜才徇私的，孫大虎知道他不是這種人，耶律麒要孫大虎放了三仙姑，孫大虎不同意，一定要調查清楚再說，耶律麒掏出槍和證件說不干了，孫大虎關了他禁閉。秦天明向吳司令員匯報了張天師的案情，吳司令員說耶律麒是個人才，只要沒有敵我矛盾就要愛護。
孫大虎將女屠戶叫了過來，女屠戶堅決不承認耶律麒包庇自己，還要求和耶律麒對質，耶律麒一看見她進來就知道孫大虎想干什么，便跪在她面前說不關她的事，女屠戶也扶住耶律麒，為耶律麒喊冤。耶律麒腰桿又硬了，還說自己是因為三仙姑被抓自己耍小孩脾氣，孫大虎拿他沒辦法，但是他認為三仙姑造謠有人證不能釋放。
在一處燈光陰暗的房間里，有兩個人正在悄悄商議：炎城謠言四起，共產黨疲于應付壓力大增，是自己大展拳腳的時候，現在做什么都可以栽到一貫道的頭上。
許留馨在市檔案局接了炎城市志，發現三仙姑說的話是確有此事，耶律麒拿著市志去找了孫大虎，可是孫大虎說是真的有人舉報三仙姑說了“東城教堂冒煙共產黨玩完”的話，耶律麒告訴孫大虎一件事，有人請三仙姑給孩子叫魂，三仙姑一看就知道孩子是得了癆病，但是她還是跑了很遠的地方給孩子叫魂，血流了一鞋底，她說不能斷了別人的希望，所以這樣的人是絕不會給一貫道助紂為虐，孫大虎雖然心有所感但仍堅持證據至上的原則。女屠戶給耶律麒送了一塊肉補身子，她以為耶律麒是受刑才交代和自己有交易的，耶律麒推辭不掉，便給了她錢。
吳司令員找了攀爬能手過來去查看教堂冒煙一事，誰知爬到一半的時候他突然掉下來摔死。馬扶搖又在街上貼了反共產黨傳單，他還給國民黨保密局發了電報為自己請功，說攀爬能手死亡是自己所為。孫大虎截獲了電文，他建議對死去的同志進行尸檢，計連平說有些案子其實就是普通的刑事案件，但是卻被安上了政治的標簽，懷疑馬扶搖就是冒功請賞，孫大虎卻認為如果是真的更應該對這個同志進行尸檢。
電料行的老板給計連才打電話，說有個人要買大功率的電子管，自己告訴他下午才能到貨，計連才帶人穿上便衣去盯梢，將這個人抓住了。這個人說電報是他幫馬扶搖發的，目的是為了騙取獎金，但是他不知道馬扶搖的落腳點。
三仙姑被關進勞教所做被服，她非常傷心，許留馨去看她，讓她將聽了她說到張天師的人列個名單。許留馨拿著名單去走訪，發現三仙姑并沒有說那些反動的話。許留馨將自己的調查結果交給孫大虎，孫大虎也非常高興，讓她去勞教所接回三仙姑。
耶律麒想借輛車去接三仙姑，但是車子都被征用，他聽說秦天明現在坐的車是送那個攀登能手下葬便要跟著去墓地找吳司令員借車，坐上車之后他聞到味道不對，發現這名烈士中了氰化物的毒，所以散發出苦杏仁的味道。
經過調查，烈士是早上八點多吃飯，中毒身亡是上午十一點多，耶律麒說不可能是食物中毒，因為氰化物中毒是立即毒發的，他讓法醫去驗血。