看出了王芷蘅的猶豫，潘小艾繼續說了幾句，最終王芷蘅心甘情愿地吃了藥。郝大衛經過，看到韓西林在窗口看著病房里的潘小艾和王芷蘅。郝大衛借著要學習的幌子，站在一旁看，親眼看到潘小艾給了王芷蘅一枚藥吃。他問韓西林那是不是化瘤丹，韓西林說那是山楂丸。郝大衛聽出了他語氣里的玩笑，心下立刻確認那就是化瘤丹，韓西林擅自給患者用化瘤丹。當晚，韓西林還給王芷蘅開了提高免疫力的處方，潘小艾由衷地說他是一個好醫生。
也是當晚的時間，郝大衛打電話向王恒之告密說韓西林帶著藥去了王芷蘅的病房，王芷蘅吃下了韓西林帶來的藥。第二天，韓西林淡然地把自己擅自給王芷蘅用藥的事一說，丁遠志勃然大怒，王恒之在門外聽到他們的爭吵，確認韓西林真的擅自給患者用了藥。等韓西林出來，王恒之依舊保持一副慈祥長者的模樣，叮囑他不要太勞累。韓西林也演著戲，等王恒之一走，韓西林臉上的笑容頓時就消失不見。如果不是早有證據，他不會懷疑這個看似老實憨厚的師叔。
在這之后，韓西林和潘小艾定時去給王芷蘅用化瘤丹。王芷蘅畢竟是中西醫結合小組的患者，丁遠志也不能說什么，只能期待化瘤丹有療效。但有一晚，王芷蘅突發了兩分鐘的癲癇，韓西林把護士叫去做事之后，悄悄吩咐潘小艾再去實驗室拿兩杯化瘤丹，他要給王芷蘅加大藥量，只能搏一把了。而就在潘小艾要拿藥去病房的時候，被王恒之叫住問化瘤丹改良的進展，以及韓西林有沒有給王芷蘅用化瘤丹。潘小艾頓時警覺，否認了王恒之的猜想。
加大藥量之后，王芷蘅的癥狀明顯好轉。司徒院長卻在此時把韓西林叫到辦公室，一同在辦公室的還有丁遠志和王恒之。不知怎的，司徒知道了韓西林擅自給患者用化瘤丹的事，她大發雷霆，當著韓西林的面說明天就讓王芷蘅辦理出院。韓西林也不甘示弱，如果他明天看不到王芷蘅，他就把化瘤丹的配方和所有改良數據刪掉。說完，韓西林頭也不回地離開院長辦公室。雙方都正在氣頭上，誰也不讓步，王恒之不能眼睜睜地看著化瘤丹配方和改良數據被韓西林刪了，他給谷麥子發了消息，決定今晚就動手。
大雨之夜，郝大衛告訴王恒之，自己確認韓西林已經離開，王恒之便讓他在老中醫樓下等著。王恒之順利進入實驗室，將優盤插上電腦拷貝數據，天空一聲驚雷，讓王恒之想起了很多事，他委曲求全了這么多年，謀劃了這么久，雖然在九院混上了一個神經內科的副主任，但還是得不到司徒的重用?，F在，在這個雨夜，只要他能把配方和數據拷貝下來，帶離九院，他就可以憑借這個化瘤丹翻盤，一雪前恥。
王恒之將化瘤丹的數據和配方拷貝到U盤里，然后關好實驗室的門出去，但外面的鐵門卻被人鎖住了，鐵門外還站著一個穿著黑色雨衣的人。他以為那是郝大衛，等對方轉過身來竟然是韓西林。王恒之反應迅速，立即又換成那副長者模樣，解釋說自己來看看監控該安在哪個地方合適。韓西林從始至終，用失望的眼神看著王恒之編造謊言，然后適時揭穿了他的真面目。
當年王恒之為化瘤丹改良小組跑前跑后四處求人籌集經費，但最后化瘤丹小組人員名單出來，上面卻沒有他的名字。直到接觸到查爾圖縣和中醫院院長谷麥子，他便動了歪心思，把沈先知集資的兩百萬給了谷麥子改良化瘤丹，但沒想到化瘤丹沒改良成功，兩百萬也打了水漂。王恒之只好找丁學坤幫忙，甚至不惜和以舉報相威脅，而丁學坤剛正不阿，根本不怕王恒之的舉報。
后來王恒之狗急跳墻，給司徒遞交匿名信，丁學坤被司徒和韓闊海逼著交出化瘤丹配方，丁學坤知道一旦交出化瘤丹，接下來就要進行雙盲實驗，這是他最不愿意看到的。而丁學坤的清廉的一生，也被王恒之毀了，最終患了抑郁癥自殺。即便韓西林所說與王恒之做過的毫無出入，但他還是企圖繼續演戲。韓西林說出盧寧幫他查到的線索，鐵證如山，王恒之仍然執迷不悟，韓西林已經對他失望透頂，開了鎖，讓他去自首，然后跑離了老中醫樓。
王恒之下樓一看，燈驀地被人打開，司徒、戴主任、丁遠志等人都在。這一切，要從郝大衛向韓西林坦白的時候說起。郝大衛并非貪慕榮譽之人，所以在王恒之利誘他的時候，他就將此事告訴了韓西林，后來又按照韓西林的安排將計就計，司徒也幫丁遠志和韓西林演了戲，最終王恒之急于偷數據，被抓了個現行，兩人還讓保安在老中醫樓安裝了監控，王恒之的所作所為都被記錄了下來。走出老中醫樓時，外面已經有一輛警車在等著。
王恒之在九院工作了三十六年，他把這里當家，但回饋他的并不是他想要的，一個老實人踏出了犯罪的那一步，一失足成千古恨。韓西林遭受的打擊不小，當晚喝了許多酒，第二天醉倒在地上直接睡了。潘小艾告訴郝大衛，李翹明天就要出國去巴基斯坦做三年的基層醫療建設，郝大衛立即莽撞地跑過去跟她表白，卻意外得知她明天要去的是日本，而且是參加交流會，三天就回來了。郝大衛這才醒悟，被潘小艾騙了，但潘小艾也推動了郝大衛和李翹表白。
那幅寫著東方升起?動而為風的字畫被打濕后，丁遠志意外發現上面有兩個電話，經過查驗，其中一個電話是保險公司的，另一個是丁學坤生前的心理醫生李德。他們先去找李德，了解了丁學坤的一些事情，然后從保險公司那里取回丁學坤的東西。兩人坐下來，一起看丁學坤生前給他們留下的視頻，這也意味著他們已經心無芥蒂，能夠一起合作了。
丁學坤在視頻中讓西林和遠志記住，作為醫生，就是要幫病人擺脫痛苦，這比任何人任何事都要重要，這一生，名利是帶不走，污點是抹不掉的?？赐暌曨l的丁遠志和韓西林，流下了眼淚。對于丁遠志來說，他與父親多年的隔閡在此時此刻已經煙消云散，也是這一刻他才知道，父親一直很關心他，每年都給他準備籃球鞋作為生日禮物，只是當時的丁遠志對丁學坤只有恨意，忽略了父親為他所做的一切。
在老宅里的柜子里，丁遠志看到了滿柜子的球鞋，心里只覺得愧疚和遺憾。丁遠志放下了成見，讓韓西林教自己吹口琴，韓西林知道他這話意味著什么，笑著答應了。司徒把丁遠志和韓西林兩人叫到辦公室，王芷蘅的腦膠質瘤有變小的跡象，說明化瘤丹的改良起了效果，所以司徒聯系了各大醫院，找到了合適的患者，他們都愿意嘗試新藥，接下來就是要推動雙盲實驗，韓西林卻極力反對進行雙盲實驗。
韓西林憤怒地出了辦公室，留下丁遠志。他也是化瘤丹改良小組的，司徒給他和韓西林一天的時間考慮，總之在化瘤丹這件事上，她不會做出任何讓步。丁遠志出了院辦，想了一會兒，給韓闊海打了電話。韓西林決定收養王芷蘅，而如今這個局面，看來他又要回內蒙古了。韓闊海約見司徒，經過王恒之的事情后，韓闊海對化瘤丹上市這件事已經轉變了看法，并勸說司徒不要把院長這個角色看得太重。
然而韓闊海想得通，轉變得快，司徒院長卻并不這么想，她也沒有被韓闊海說服。她始終認為九院要創新，要發展，就必要讓化瘤丹上市，造福更多的人。如果不上市，只在院內使用，那么化瘤丹存在的意義不大，所以司徒堅持己見。從韓闊海那里離開，司徒在車上接到了電話，說的是關于林雅婕的事，司徒立即讓司機回九院。原來是林雅婕的家人來了，正在停車場等著，要把林雅婕接回家里照顧。
林雅婕的記憶停留在以前，這讓司徒心酸不已。她們是師姐妹，是幾十年的同事，感情非比尋常，林雅婕要離開九院，最痛心的莫過于司徒。丁遠志和韓西林去看守所看王恒之，但臨了韓西林還是沒進去，讓丁遠志幫自己帶王恒之愛吃的瓜子給他。最后王恒之沒有收，他讓丁遠志轉達給韓西林的一句話是，自己不怨他。韓西林得知后，終于露出了釋然的笑容。一天過去了，兩人去到司徒的辦公室。
令他們意外的是，司徒秀贏改變了要把化瘤丹上市的決定，還在公告上簽了字，公告上顯示化瘤丹將持續在院內使用，藥品上市計劃無限延期。第二天，丁遠志和韓西林去看了丁學坤，丁遠志還在父親墓前吹起了自己剛學不久的口風琴。不久后，人工智能診斷機器人醫小墨在全國范圍內上市，九院為其提供醫療技術支持，瑞典卡羅琳醫院與九院雙方的合作也終于達成。
全劇終。