第九醫院的神經內科主任丁學坤注射藥物自殺，多年在外的丁學坤徒弟韓西林收到了丁學坤生前寄來的快遞，里面是丁學坤多年的醫療日記，而后他又接到院長的電話，得知師傅丁學坤去世。遠在瑞典的丁學坤兒子丁遠志也接到了父親去世的通知電話，急忙趕回國。韓西林因為路途遙遠，在路上耽擱，以致沒趕上葬禮。燕京市第九醫院院長司徒秀贏招收丁遠志進醫院工作，雖然他學的是西醫，根本不可能繼承丁學坤的衣缽。
所有人都散去了，韓西林才趕到師傅的墓前。當時丁遠志也在那兒，他與父親積怨已深，見父親最后一面是六七年前，表面上看來，他和丁學坤的感情并不深。韓西林忍不住指責他作為兒子，卻對父親的死如此地冷漠。不管怎樣，這次再回到第九醫院，韓西林下定決心要查清楚師傅的死因。韓西林多年前曾在第九醫院工作過，后因為一些事離開，招他回來后有人議論紛紛，但司徒秀贏不怕，她之所以這么做，也是有她的用意。
生前丁學坤和司徒秀贏因為化瘤丹上市一事，兩人之間有諸多的不合，因此丁學坤一死，難免會有傳言說丁學坤的死和司徒秀贏有關。當她聽到這些話，臉上并無太大的波瀾。第九醫院正在爭取和國外的合作，決定讓丁遠志和韓西林回來，也是想利用中西醫結合這個優勢，來爭取這次合作。司徒秀贏將丁遠志約出，問起丁學坤的醫療日記，丁遠志卻不知道有醫療日記的存在。不過即便有醫療日記的存在，丁學坤也應該會給韓西林。
九院把丁學坤生前的辦公室分配給了丁遠志，他和韓西林在辦公室內狹路相逢，他們互瞧不起對方，險些扭打起來，幸虧王恒之將他們拉開。王恒之本意是想好好勸說韓西林，韓西林卻不領情，反而認為他不相信自己。有一個知名滑雪運動員病人叫譚淼淼，由于滑雪時導致了嚴重腦挫裂傷，在國際上已經被宣判為植物狀態，并且患者腦干后交通動脈還有一個腫瘤，一旦昏迷超過三個月，將變成永久植物狀態。
院里召開會議，討論是否將其接收入院，大多數醫生都因其病情復雜嚴重而建議不接收。丁遠志站起來說出自己的看法，他提議對病人實施動脈瘤栓塞介入手術。聽完他的理由，司徒秀贏力排眾議，決定接收病人入院，讓丁遠志做手術，因為此時正是需要吸引媒體和國際的重要時刻。韓西林卻說不能讓患者在昏迷的狀態下動手術，否則后果不堪設想。他建議用中醫的方式來進行促醒，如果無法在兩周內促使病人醒來，他就離開九院。
很快，譚淼淼被接收入院。年輕的潘小艾醫生當韓西林的助手，去老式中醫樓叫韓西林過去開會，但韓西林桀驁不馴，并沒有去參加。丁遠志想起司徒秀贏的話，遂問韓西林關于醫療日記的事，韓西林沒有否認，他說把醫療日記給丁遠志也可以，但丁遠志要以直系親屬的身份去公安局簽字，丁遠志并沒有答應。韓西林拿來一大堆譚淼淼的東西，讓潘小艾把病房布置好，自己卻走了。
韓西林將布置病房的任務交給了潘小艾，雖然這是促醒環節的一部分，但很多人都認為這是在故弄玄虛。看到患者的母親有疑惑，韓西林簡明扼要地解釋這里的每一部分都是促醒的關鍵。觀察完患者的情況，韓西林決定先把她體內的濕氣去除。一切結束后，韓西林叮囑醫護人員密切關注患者的體征。譚母看到醫生沒給女兒用藥，不禁有些擔心。神經內科主任林雅婕安撫譚母情緒，讓她相信醫生的判斷。
譚母在女兒的病床前，想起以前自己對女兒的苛刻要求和嚴厲懲罰，頓時追悔莫及。韓西林將紙巾遞給她，心有觸動。后來譚母聽自己的一個醫生朋友說女兒現在不動手術，后果將會十分嚴重，因此她和院方提出停止促醒，盡快給譚淼淼動手術的要求。林雅婕趕忙安撫，并表示盡快開會討論此事。丁學坤和丁遠志之間積怨之深，讓丁遠志不愿留下父親的任何東西，他讓王恒之把丁學坤的書籍和遺物丟掉，王恒之沒有丟，而是把東西拿來給韓西林。
王恒之問韓西林以后的打算，韓西林沒有回答，反而問他關于丁學坤的真正死因。只是王恒之還沒回答，就接到了要去開會的電話，隨后他帶韓西林去開會。韓西林不同意終止促醒，更不同意加大藥量，因為促醒最怕急功近利。會議討論的結果，是以兩天后為期，屆時如患者還未醒來，就終止促醒，直接進行手術。兩天的時間實在太短，幾乎沒有人相信韓西林促醒會有效果，除非有奇跡出現，此時網上出現了負面新聞，加快了此事的進程。
韓西林一直在默默思索，到底是哪里出了問題，導致患者沒有醒來。潘小艾的一句無心話，讓韓西林想到或許是佩蘭這味藥用了干的，導致藥效減半，當晚他直接開車外出去找鮮佩蘭。司徒秀贏過來查看病人的情況，韓西林還沒回來，林雅婕只得讓另一個醫生匯報一下患者的情況。聽完后，司徒秀贏直接下決定，將手術提前到明天中午十二點。林雅婕卻以不能違反神經內科針對疑難重癥多科會診流程為由，幫韓西林拖延了一些時間。
雖然韓西林不見人影，所有人都不看好他，但潘小艾覺得韓西林有可能是去找促醒譚淼淼的方法了。第二天開會投票，林雅婕和王恒之都表達了自己的觀點和看法。讓人意外的是，丁遠志也贊成他們的想法，最終眾人又繼續按照原計劃執行。規定時間馬上就要到了，就在大家都以為韓西林的方法不起作用的時候，潘小艾急忙跑過來告訴他們，譚淼淼醒了。這無疑是一個大好消息，眾多醫生趕去譚淼淼的病房，親眼看到譚淼淼的手指有了反應，雖然她此時還沒能睜開眼睛，但她已經恢復意識。
韓西林的工作暫時告一段落，他抽時間去看以前的一位老叔叔，他看到韓西林回來，既意外又驚喜。
老叔提起一件事，再過幾天就到了韓西林母親的祭日。一個小病人小山進入譚淼淼的病房，十分羨慕這個病房的布置。得知小山的母親因為工作忙，都沒怎么來醫院看小山，潘小艾于是安慰小山。譚淼淼已經醒來，韓西林去問司徒秀贏要丁學坤病例，司徒秀贏將丁學坤的抑郁癥治療記錄交給了他。韓西林想要丁學坤死時的視頻，但因為他不是直系親屬，所以沒有拿到。丁遠志對韓西林很了解，但韓西林卻嘴硬地不肯承認。
王恒之和林雅婕商量，想跟院里提出要讓韓西林留在九院。林雅婕知道他之所以想讓韓西林留下，是想讓他繼承丁學坤衣缽重啟改良化瘤丹的工作。雖然韓西林有能力，但性格不穩定，所以林雅婕的意思是盡快讓韓西林離開。她還提醒王恒之，有些事他們科內需要先商量，不能貿然上報。只是司徒秀贏讓韓西林留了下來，兩年前韓西林擅自給護士林曉燕用藥，這件事在院里不是什么秘密，因此韓西林還能留下，著實讓人感到意外。
韓西林留下來后，丁遠志讓人告訴他，所有的要求都要按照副主診的要求來做，查房、問診一個都不能少。后來查房的時候遇到一個生病的大媽，他直接讓大媽走了直線，然后進行診脈檢查，就知道大媽身上有一個痰包。寥寥幾句，他就給出了接下來的療診方案。有一個病患小男孩，出現了智力下降、小便失禁的癥狀，韓西林無意中在公園中看到高遠山小朋友，遂和他聊了幾句，他注意起這個患者，便去參加了丁遠志的會診。
會診的結果是讓小山做一個腰穿檢查，他是一個很乖的孩子，做腰穿的時候根本不哭，甚至還睡著了。韓西林于是想到，或許高遠山的疾病已經累及到了上行網狀激動系統。一天工作結束，韓西林想起之前問過丁學坤的學生，他們都表示丁學坤最后一次課后，結束語有些奇怪。王恒之來找韓西林談話，他的意思是韓西林不能在這里久待。韓西林以為他對丁學坤的死無動于衷，不禁有些生氣。王恒之告訴他，丁學坤生前在九院的壓力太大了。
此時另一邊的林雅婕也在問丁遠志，而丁遠志說如果真要留下什么，那也只能是給韓西林。從司徒和人打電話的情況來看，丁學坤的病歷她似乎讓人動過手腳，丁學坤的自殺更顯得疑慮重重了。經過檢查，初步認為小山罹患的是腎上腺腦白質營養不良，這是一種很嚴重的基因疾病，需要小山的父母來做基因檢測，確認致病基因的位點，才能對癥治療。韓西林補充，需要減少小山對于長鏈脂肪酸的攝入，換句話來說，小山最愛的炸雞不能再吃了。
小山的父親對于做基因檢測這件事有些猶豫，等小山的母親來到醫院，得知了兒子病情嚴重，這個一直在醫院照顧小山的男人才說，他其實姓陸，不是小山的親生父親，而現在他們也確實無法讓小山的親生父親來做基因檢測。