洪教主和夫人身體內的毒性已散，洪教主告訴小寶有四本四十二章經散落在皇宮內，之前黑龍使派屬下到皇宮去找經書卻未能成功。洪教主見小寶機靈過人，他要韋小寶到皇宮去完成此項任務，還讓胖頭陀和陸高軒與韋小寶隨行保護韋小寶。洪夫人賜予韋小寶五龍令，神龍教眾見五龍令如見教主，韋小寶可差遣每一個神龍教教眾。洪夫人見韋小寶武功不高，她和洪教主分別教了韋小寶三招防身之術。
回到皇宮韋小寶告訴康熙自己在五臺山清涼寺找到了老皇爺，江湖各派都在打老皇爺的主意，幸好少林寺八大金剛及時趕到才化解了老皇爺的危機。他把自己在五臺山的見聞都告訴了康熙。韋小寶把四十二章經交給了康熙，他說老皇爺要皇上做一代明君，永不加賦。韋小寶還說老皇爺交待不讓皇上到五臺山見自己。康熙聽了韋小寶的匯報，對父親更加思念。康熙說既然老皇爺很喜歡韋小寶，他想讓韋小寶到五臺山出家當和尚去陪伴老皇爺。
這時建寧跑來找皇上，皇上怕建寧又要提她和吳應熊的婚事，趕緊打發韋小寶去陪建寧聊天。建寧說自己如果和韋小寶有了肌膚之親，皇上就不會把她嫁給吳應熊了，建寧正欲撕扯韋小寶的衣服，皇太后來到寧壽宮。
建寧趕快讓韋小寶藏在了自己的被子里，卻還是被皇太后發現。皇太后說韋小寶竟然敢跑到公主的床上，她要殺死韋小寶。兩人打了起來，推搡之中建寧一頭撞到墻上暈倒了，韋小寶的五龍令也掉了出來。皇太后見到五龍令一下子對韋小寶畢恭畢敬，韋小寶告訴皇太后自己現在是神龍教的白龍使，皇太后讓韋小寶到慈寧宮和自己詳談。
來到慈寧宮皇太后急忙問韋小寶此次把自己今年的解藥帶來了沒有，韋小寶說自己也吃了洪教主的豹胎易經丸，教主沒有向自己提及此事。為了討好韋小寶皇太后把30顆雪參玉蟾丸送給了韋小寶。韋小寶告訴皇太后洪教主此次派自己回宮是為了尋找四十二章經。
康熙任命韋小寶為驍騎營副都統，讓韋小寶帶著驍騎營前往少林寺宣旨。韋小寶在軍中無聊，他召集官兵和自己賭錢。山上王屋派司徒掌門看到山下駐扎著清兵，以為這些官兵會對王屋派不利。他派自己的兒子和侄女曾柔二人到軍營中刺探情況，軍中官兵都在賭錢守衛松懈，曾柔挾制了韋小寶，韋小寶假裝投降趁其不備偷襲曾柔，控制了她。韋小寶怕這二人與天地會有關，他故意要和曾柔擲色子比大小，有心放了他倆。曾柔知道小寶是故意輸給他，她讓韋小寶把這三個色子留給自己做紀念。
沐劍聲帶著手下也來到王屋派，他告訴司徒掌門順治皇帝在五臺山清涼寺出家，康熙一定會前去探望順治，到時他們可以一舉除掉大小兩個皇帝。曾柔告訴司徒掌門和沐劍聲驍騎營的統領名叫韋小寶，沐劍聲聽后很是驚訝。
韋小寶帶著驍騎營來到少林寺宣讀圣旨。康熙在圣旨上讓韋小寶代替自己出家，少林寺方丈給韋小寶起了個法號叫晦明，和方丈同輩。韋小寶雖然心里有一百個不愿意也只得服從，乖乖地落了發穿上了迦裟。
宮里所有人都知道皇上準備去五臺山朝見老皇爺，可是康熙就是不來告訴皇太后。皇太后猜測韋小寶已經把自己的事情告訴了皇上，她心生一計，告訴建寧如果皇上去五臺山她們母女也要跟著去。
阿珂和師姐來到少林寺探查和寺內僧人交上了手，韋小寶見阿珂貌美如花不由心動。
韋小寶見阿珂生得美貌不由心生邪念，他故意戲弄阿珂，觸犯了阿珂。阿珂被韋小寶輕薄欲引劍自刎被師姐阿琪攔住。澄光大師讓阿琪扶著阿珂到寺里休息，韋小寶前來看望阿珂，阿琪要殺掉韋小寶被趕來的澄光大師制止，兩人交手澄光見阿琪使的是山西霸王拳，他覺得阿琪的武功來路很神秘。
風際中不滿陳近南讓韋小寶坐上了天地會青木堂香主之位，他讓兒子風逸飛與鐵虎合作殺掉韋小寶。鐵虎跟蹤雙兒在清涼寺找到了韋小寶，他欲行刺韋小寶被澄光大師打跑了。
阿珂一心尋死準備跳崖，被路過此地的臺灣延平王之子鄭克爽救下。倆人互生好感，鄭克爽邀請阿珂與自己同行。
蒙古葛爾丹王、西域圣教尊者、平西王府的馬總兵、楊總兵和阿琪姑娘一行人在路上碰到，一同來到少林寺。葛爾丹和西域尊者想試探少林高僧的武功，他們提出要和澄光大師比試，交手不過幾個回合，葛爾丹就輸的口服心服。
阿琪使出飛針暗器射向韋小寶，飛針被韋小寶的軟體護甲擋了回去，小寶看起來年紀輕輕就已經練就護體神功，這讓所有人目瞪口呆。阿琪斥責韋小寶作為少林高僧竟然侮辱自己的師妹，楊總兵告訴阿琪韋小寶就是名震天下手刃鰲拜的桂公公，他還曾經救過平西王世子是平西王府的大恩人，楊總兵說小寶身為一個太監他是不可能侮辱阿珂的，這件事定有誤會。韋小寶也應聲說道他與阿珂交手只是無意中碰到了阿珂的身子，自己實在無意輕薄阿珂。阿琪一行人只好離開少林寺。
王屋派司徒掌門和沐劍聲把大炮偽裝成真武大帝的雕像混過官兵的關卡，順利地把大炮放置到了清涼寺對面道觀的凌霄殿中。
康熙給韋小寶下了秘旨，他讓韋小寶到五臺山清涼寺做方丈。韋小寶這才知道皇上原來先讓自己到少林寺出家的用意，這樣就可以名正言順的帶些少林高僧到清涼寺保護老皇爺卻不會引起別人懷疑。
西域圣教的近千名尊者到五臺山下準備圍攻清涼寺，韋小寶和澄光大師商量對策。