為躲避清兵的追殺大家分散逃跑，韋小寶帶著曾柔、屏兒和建寧公主躲進一個農舍里。張勇帶著清兵前來搜查，他放過了四人，還給韋小寶留了一大沓銀票。
四人繼續跑路卻遇到了神龍教洪教主。他們被帶到了神龍島，神龍島被小寶的大炮已經轟為一片廢墟，洪教主決定重振神龍教。可他的手下只剩赤龍使、青龍使、瘦頭陀、胖頭陀和陸高軒五人了，五人說洪教主不相信他們讓他們吃易筋豹胎丸，結果讓他們很痛苦，他們向洪教主索要解藥。洪教主無奈給了他們每人一黃一白兩粒解藥，陸高軒卻不肯吃掉白色的解藥，他說這白色的解藥是毒性很強的百涎丸，是夫人讓他找藥時他發現的。
洪教主問夫人生病為什么不找自己拿藥，夫人這時嘔吐起來。建寧多嘴說洪夫人一定是懷孕了，洪教主大怒他以為夫人的奸夫是陸高軒，一掌拍死了陸高軒。其他四人看到洪教主對手下無情無義便一起發力，和洪教主動起手來。韋小寶趁亂趕緊拉著幾個老婆向海邊跑去，洪夫人也跟著來了，她告訴韋小寶自己肚子里的孩子是小寶的。洪教主追來洪夫人和小寶合力殺死了洪教主。
韋小寶帶著幾個老婆來到通吃島，這時海上傳來隆隆的炮聲。從一艘小船上下來了一撥人，他們是陳近南、雙兒、風際中父子、鄭克爽和馮錫范等人。施瑯帶著清兵追趕鄭克爽來到通吃島，大家和清兵打了起來。
陳近南用劍拿住了施瑯勸施瑯回歸鄭王爺麾下，施瑯說鄭王爺殺死了自己一家妻兒老小他不可能再回臺灣。鄭克爽聽了大怒他舉劍要殺死施瑯，陳近南為救施瑯用手抓住了鄭克爽的劍，鄭克爽一劍刺進了陳近南的胸膛被天地會兄弟抓住，馮錫范又上來給陳近南補了一劍。
陳近南身受重傷渾身是血，韋小寶氣憤地掏出火槍打傷了馮錫范。陳近南臨終囑咐韋小寶不要殺死鄭克爽，他說延平王對自己有知遇之恩，他不能殺死鄭家的后人。小寶雖然痛恨鄭克爽卻只得含淚答應。
阿珂被鄭克爽綁著也跟著他們一起來到海上，鄭克爽的船被海水打翻后，阿珂被張勇救起，她告訴張勇鄭克爽和馮錫范在船上密謀要殺死韋小寶，張勇趕快讓阿珂到通吃島上給小寶報信。
風際中讓韋小寶把鄭克爽押回京城，讓鄭克爽歸順清廷，然后自己再舉薦韋小寶做天地會的總舵主，召集十八省的堂主到京城聚會，到時把他們一舉殲滅。韋小寶這才明白風際中就是天地會的內奸，風逸飛趁韋小寶和風際中說話之時悄悄來到小寶背后想暗殺韋小寶，韋小寶舉起火槍打死了風逸飛。風際中要為兒子報仇他提起長劍向小寶刺去，被雙兒用含沙射影一箭射死。混亂之中鄭克爽和馮錫范掙脫了繩索駕著小船逃走了。
韋小寶和七個老婆快樂地隱居在通吃島。幾個月后他得了兩個兒子和一個女兒，小寶用色子給兒女們起名字，兩個兒子叫韋虎頭和韋銅錘，女兒叫韋雙雙。
皇上派張勇到各個小島四處尋找小寶，最后終于在通吃島找到了韋小寶，康熙下旨封小寶為通吃伯，要韋小寶回到京城，滅了天地會。韋小寶不想做不忠不義之人，他以建寧公主剛生產完身子還很虛弱為借口，沒有奉旨隨張勇回京。韋小寶竟然違抗圣旨，康熙很生氣。索額圖建議康熙暫不提天地會的事情，先把韋小寶騙回京城。
韋小寶回到京城，康熙封他為鹿鼎公，說自己不會讓韋小寶去剿滅天地會，康熙還告訴韋小寶鄭克爽已經歸順朝廷，讓韋小寶不要為難鄭克爽。
當初小寶的一劍并沒要了多隆的性命，大難不死的多隆見到韋小寶非常高興，倆人合計著怎么算計鄭克爽。倆人剛回到韋小寶府中，茅十八就在門口大罵韋小寶，他罵韋小寶忘恩負義投降了清廷，還害死了自己的師父陳近南，當初自己不該把小寶帶到京城來。多隆派手下把茅十八抓了起來。
韋小寶來看望茅十八，茅十八罵他是個忘恩負義的混蛋。韋小寶說茅十八冤枉了自己，殺死陳近南的是鄭克爽而不是自己，而且自己還替天地會除掉了風際中這個內奸。茅十八說滿城的皇榜都寫的是韋小寶殺了自己的師傅陳近南，雙兒說自己也看到了皇榜。韋小寶這才明白自己犯了滔天大罪，康熙不但不怪罪自己還給自己加官進爵的原因。這皇榜一出，他在江湖就無法立足，只能乖乖的為朝廷效力。
皇上說茅十八當街罵自己和小寶，他讓韋小寶明天親自監斬茅十八。韋小寶說茅十八對自己有恩，請求皇上不要殺他。皇上說如果小寶要保全茅十八那就拿小寶自己的命替換。康熙怕韋小寶再次潛逃，他把小寶的七個老婆和孩子都接進宮中，讓小寶不要再耍什么花招。
多隆拿著韋小寶給他的借據向鄭克爽要了三十萬兩銀子，韋小寶聽到鄭克爽這個名字就怒不可遏。他帶著多隆來到鄭克爽府上挑釁，鄭克爽拿出最后僅有的五萬兩銀子交給了韋小寶，馮錫范說殺死陳近南是他的主意，讓小寶不要再為難鄭克爽。
晚上韋小寶讓手下偽裝成泰都統的人把馮錫范從府中接了出來，韋小寶把馮錫范痛打了一頓才放他走，同時小寶讓多隆把泰都統的八姨太接到水井胡同。第二天多隆告訴韋小寶昨晚泰都統被他的夫人打得鼻青臉腫，懲治了奸臣小寶聽了不禁心花怒放。
斬殺茅十八的時辰到了，韋小寶故意轉移了多隆的注意力，他偷梁換柱讓一個死刑犯替茅十八行刑。茅十八被韋小寶安全地送出了京城。皇太后知道雙兒以前做過御前女侍衛，她讓雙兒進宮去保護自己，大家都很舍不得雙兒。
多隆告訴韋小寶馮錫范已經失蹤多日，他問韋小寶是不是把馮錫范給解決了。韋小寶說自己當日就把馮錫范給放了回去。多隆說馮夫人一直認為是泰都統把馮錫范接走的，他們把泰都統告到了順天府，順天府到泰都統府中搜查，泰都統大發雷霆，順天府也拿他沒辦法，這件事就這樣不了了之。多隆夸贊韋小寶真是個福將。