清涼寺有難韋小寶勸說老皇爺暫時離開清涼寺避難，自己會派少林高僧護送老皇爺下山。誰知順治卻說自己是個不祥之人，他不想再連累大家，執意要留在清涼寺了結一生。
一部分西域圣教尊者圍坐在五臺山下，韋小寶帶著少林武僧成功偷襲了他們，韋小寶讓眾僧人把西域尊者的衣服都脫下來他自有妙用。
行癡、行顛和玉林三人在禪房內準備好了柴火，只等西域尊者前來，等行癡說明身份，他們就點火焚身了卻塵緣。韋小寶、雙兒和眾僧人穿上西域尊者的僧衣裝扮成西域尊者來到禪房，趁玉林大師尚未發覺，雙兒就點了三人的穴道，小寶命其他僧人給三人也穿上西域尊者的衣服并護送三人離開。臨走韋小寶點了一把火燒燃了清涼寺。
其他西域尊者們看到清涼寺失火以為老皇爺已經被大火燒死就離開了五臺山，順治夸贊韋小寶不傷一人就打退了敵兵。路上韋小寶一行碰到了多隆，多隆告訴韋小寶皇上和皇太后已經來到五臺山，住在靈境寺里。
韋小寶帶著老皇爺和眾僧人暫住金閣寺休息。康熙來到金閣寺要看望老皇爺，誰知老皇爺卻決心不見他。韋小寶不忍心看到康熙失望，他在門外一把鼻涕一把淚說康熙和自己一樣都是沒爹沒媽的孩子，老皇爺被小寶打動，康熙父子終于見了面。
康熙稟告父皇太后殺了那么多人，他想處死太后。順治讓康熙不要心存怨恨，做一代明君，永不加賦，造福天下蒼生。他讓康熙不要再派人來伺候他了，自己要做一個真正的出家人。
康熙就在自己眼前，雙兒想起母親對自己的囑托，她不知道自己該不該殺康熙，心里很矛盾。
告別父親康熙對小寶說自己不明白中原百姓為什么那么反感他們，都要反清復明。為了贏得民心康熙決定免去揚州等三地的賦稅。韋小寶聽后很高興。
建寧公主也來到金閣寺，她吵著鬧著要見父皇，順治不得已召見了她。建寧請求順治取消她和吳應熊的婚事，順治說自己作為一個皇上不可能出爾反爾，而且建寧和吳應熊的婚姻關系到天下太平，他讓建寧安心嫁到平西王府好好過日子。建寧無奈，她又逼迫韋小寶去向皇上提親做自己的駙馬。
韋小寶和雙兒在金閣寺院子里說話，突然被人點了穴道帶到一處農舍，劫持他們的人是吳立身和曾柔。原來王屋派準備天亮后就炮轟金閣寺和靈境寺，他們害怕傷了韋小寶，所以搶先把小寶救了出來。吳立身和曾柔向韋小寶說出事情原委就離開了。
雙兒和小寶解開了繩索，韋小寶飛奔到靈境寺讓康熙趕快離開。康熙剛一離開靈境寺就被大炮轟成了一片廢墟。多隆保護著康熙一路逃跑，途中卻遇到了鐵虎，鐵虎正要下手殺死康熙，雙兒趕到用鐵鏈把鐵虎綁在了樹上勒死了。
韋小寶覺得清涼寺已被大火燒成一片廢墟，那里應該是很安全的地方，他讓老皇爺和行顛轉移到清涼寺休息。誰知皇太后卻來到清涼寺找老皇爺清算舊賬。皇太后說自己并沒有殺死端敬皇后等四人，那些都是海大富為了交差冤枉自己的。順治不理會她，只說皇太后能點了自己御前侍衛總管的穴道武功一定非常高強。皇太后以為順治知道了自己的所作所為一定會交待康熙回去怎么對付自己，為了保全自己，她決定先下手為強殺了老皇帝。
這時康熙和韋小寶帶著侍衛們趕到清涼寺，韋小寶先行來到寺內，他拿出五龍令制止了太后，太后乖乖的跟著侍衛們離開了清涼寺。順治讓康熙不要再來五臺山找自己，要專心專意做一個好皇帝。
康熙夸獎韋小寶辦事得力，他決定多在清涼寺停留幾日。二人正在清涼寺院內說話，突然一個中年貌美的師太從屋頂飛下來要刺殺康熙，韋小寶眼疾手快，替康熙擋了一劍，他身穿軟體護甲，師太的劍被擋了回去，正在師太發愣之時，韋小寶抽出匕首切斷了師太的長劍。
師太看自己已失手，她抓起韋小寶施展輕功，帶著韋小寶飛出清涼寺。師太帶著韋小寶來到京城的景山上，她對著山頂的一棵樹流下了眼淚。韋小寶猜想師太一定是前明的皇族，師太決定要和韋小寶一起到皇宮里看一看。
韋小寶來到街上為師太采購食物。韋小寶被師太抓走后，雙兒到處尋找他。雙兒猜想韋小寶有可能已經回到京城，她果然在京城的街上看到了韋小寶。韋小寶說他非常思念雙兒，他一定要娶雙兒為妻。
師太帶著韋小寶從一條密道來到了皇宮，韋小寶猜想師太一定是陶姑姑口中說的崇禎皇帝的長公主。他帶著師太來見陶姑姑，師太說她要到自己以前的寢宮寧壽宮去看一看。陶姑姑告訴師太只要找到八本42章經就可以破了清廷的龍脈。師太決定和陶姑姑暫時回到客棧再找機會殺掉太后。韋小寶離開寧壽宮時畫了一幅畫留給了建寧。
為了斷了建寧的念頭，韋小寶讓于八趕緊為自己和雙兒操辦婚事。韋小寶還讓于八替自己給建寧公主寫了一封絕情書，并通知建寧公主自己今晚會在天香樓與雙兒喜結連理。建寧公主看到信后決定晚上到天香樓砸場子。
韋小寶穿戴整齊，胸帶大紅花，只等雙兒前來與自己拜堂。建寧來到天香樓責問韋小寶為什么對自己這么絕情，韋小寶說自己不喜歡建寧，不可能和她成親，讓建寧死了這份心。建寧聽后傷透了心。
雙兒終于來到天香樓，可是她卻說自己不喜歡韋小寶，不能夠嫁給他。