清涼寺有難韋小寶勸說(shuō)老皇爺暫時(shí)離開清涼寺避難，自己會(huì)派少林高僧護(hù)送老皇爺下山。誰(shuí)知順治卻說(shuō)自己是個(gè)不祥之人，他不想再連累大家，執(zhí)意要留在清涼寺了結(jié)一生。
一部分西域圣教尊者圍坐在五臺(tái)山下，韋小寶帶著少林武僧成功偷襲了他們，韋小寶讓眾僧人把西域尊者的衣服都脫下來(lái)他自有妙用。
行癡、行顛和玉林三人在禪房?jī)?nèi)準(zhǔn)備好了柴火，只等西域尊者前來(lái)，等行癡說(shuō)明身份，他們就點(diǎn)火焚身了卻塵緣。韋小寶、雙兒和眾僧人穿上西域尊者的僧衣裝扮成西域尊者來(lái)到禪房，趁玉林大師尚未發(fā)覺，雙兒就點(diǎn)了三人的穴道，小寶命其他僧人給三人也穿上西域尊者的衣服并護(hù)送三人離開。臨走韋小寶點(diǎn)了一把火燒燃了清涼寺。
其他西域尊者們看到清涼寺失火以為老皇爺已經(jīng)被大火燒死就離開了五臺(tái)山，順治夸贊韋小寶不傷一人就打退了敵兵。路上韋小寶一行碰到了多隆，多隆告訴韋小寶皇上和皇太后已經(jīng)來(lái)到五臺(tái)山，住在靈境寺里。
韋小寶帶著老皇爺和眾僧人暫住金閣寺休息。康熙來(lái)到金閣寺要看望老皇爺，誰(shuí)知老皇爺卻決心不見他。韋小寶不忍心看到康熙失望，他在門外一把鼻涕一把淚說(shuō)康熙和自己一樣都是沒爹沒媽的孩子，老皇爺被小寶打動(dòng)，康熙父子終于見了面。
康熙稟告父皇太后殺了那么多人，他想處死太后。順治讓康熙不要心存怨恨，做一代明君，永不加賦，造福天下蒼生。他讓康熙不要再派人來(lái)伺候他了，自己要做一個(gè)真正的出家人。
康熙就在自己眼前，雙兒想起母親對(duì)自己的囑托，她不知道自己該不該殺康熙，心里很矛盾。
告別父親康熙對(duì)小寶說(shuō)自己不明白中原百姓為什么那么反感他們，都要反清復(fù)明。為了贏得民心康熙決定免去揚(yáng)州等三地的賦稅。韋小寶聽后很高興。
建寧公主也來(lái)到金閣寺，她吵著鬧著要見父皇，順治不得已召見了她。建寧請(qǐng)求順治取消她和吳應(yīng)熊的婚事，順治說(shuō)自己作為一個(gè)皇上不可能出爾反爾，而且建寧和吳應(yīng)熊的婚姻關(guān)系到天下太平，他讓建寧安心嫁到平西王府好好過(guò)日子。建寧無(wú)奈，她又逼迫韋小寶去向皇上提親做自己的駙馬。
韋小寶和雙兒在金閣寺院子里說(shuō)話，突然被人點(diǎn)了穴道帶到一處農(nóng)舍，劫持他們的人是吳立身和曾柔。原來(lái)王屋派準(zhǔn)備天亮后就炮轟金閣寺和靈境寺，他們害怕傷了韋小寶，所以搶先把小寶救了出來(lái)。吳立身和曾柔向韋小寶說(shuō)出事情原委就離開了。
雙兒和小寶解開了繩索，韋小寶飛奔到靈境寺讓康熙趕快離開。康熙剛一離開靈境寺就被大炮轟成了一片廢墟。多隆保護(hù)著康熙一路逃跑，途中卻遇到了鐵虎，鐵虎正要下手殺死康熙，雙兒趕到用鐵鏈把鐵虎綁在了樹上勒死了。
韋小寶覺得清涼寺已被大火燒成一片廢墟，那里應(yīng)該是很安全的地方，他讓老皇爺和行顛轉(zhuǎn)移到清涼寺休息。誰(shuí)知皇太后卻來(lái)到清涼寺找老皇爺清算舊賬。皇太后說(shuō)自己并沒有殺死端敬皇后等四人，那些都是海大富為了交差冤枉自己的。順治不理會(huì)她，只說(shuō)皇太后能點(diǎn)了自己御前侍衛(wèi)總管的穴道武功一定非常高強(qiáng)。皇太后以為順治知道了自己的所作所為一定會(huì)交待康熙回去怎么對(duì)付自己，為了保全自己，她決定先下手為強(qiáng)殺了老皇帝。
這時(shí)康熙和韋小寶帶著侍衛(wèi)們趕到清涼寺，韋小寶先行來(lái)到寺內(nèi)，他拿出五龍令制止了太后，太后乖乖的跟著侍衛(wèi)們離開了清涼寺。順治讓康熙不要再來(lái)五臺(tái)山找自己，要專心專意做一個(gè)好皇帝。
康熙夸獎(jiǎng)韋小寶辦事得力，他決定多在清涼寺停留幾日。二人正在清涼寺院內(nèi)說(shuō)話，突然一個(gè)中年貌美的師太從屋頂飛下來(lái)要刺殺康熙，韋小寶眼疾手快，替康熙擋了一劍，他身穿軟體護(hù)甲，師太的劍被擋了回去，正在師太發(fā)愣之時(shí)，韋小寶抽出匕首切斷了師太的長(zhǎng)劍。
師太看自己已失手，她抓起韋小寶施展輕功，帶著韋小寶飛出清涼寺。師太帶著韋小寶來(lái)到京城的景山上，她對(duì)著山頂?shù)囊豢脴淞飨铝搜蹨I。韋小寶猜想師太一定是前明的皇族，師太決定要和韋小寶一起到皇宮里看一看。
韋小寶來(lái)到街上為師太采購(gòu)食物。韋小寶被師太抓走后，雙兒到處尋找他。雙兒猜想韋小寶有可能已經(jīng)回到京城，她果然在京城的街上看到了韋小寶。韋小寶說(shuō)他非常思念雙兒，他一定要娶雙兒為妻。
師太帶著韋小寶從一條密道來(lái)到了皇宮，韋小寶猜想師太一定是陶姑姑口中說(shuō)的崇禎皇帝的長(zhǎng)公主。他帶著師太來(lái)見陶姑姑，師太說(shuō)她要到自己以前的寢宮寧壽宮去看一看。陶姑姑告訴師太只要找到八本42章經(jīng)就可以破了清廷的龍脈。師太決定和陶姑姑暫時(shí)回到客棧再找機(jī)會(huì)殺掉太后。韋小寶離開寧壽宮時(shí)畫了一幅畫留給了建寧。
為了斷了建寧的念頭，韋小寶讓于八趕緊為自己和雙兒操辦婚事。韋小寶還讓于八替自己給建寧公主寫了一封絕情書，并通知建寧公主自己今晚會(huì)在天香樓與雙兒喜結(jié)連理。建寧公主看到信后決定晚上到天香樓砸場(chǎng)子。
韋小寶穿戴整齊，胸帶大紅花，只等雙兒前來(lái)與自己拜堂。建寧來(lái)到天香樓責(zé)問韋小寶為什么對(duì)自己這么絕情，韋小寶說(shuō)自己不喜歡建寧，不可能和她成親，讓建寧死了這份心。建寧聽后傷透了心。
雙兒終于來(lái)到天香樓，可是她卻說(shuō)自己不喜歡韋小寶，不能夠嫁給他。