董尚賢帶人勘察宗元地勢，以漢朝治水思路為眾人開采水井，同時教導當地百姓漢朝的先進文化，讓宗元百姓受益匪淺。文小姐教導當地百姓醫術，讓他們可以自己治病。劉康則是教導當地百姓強身健體的武功，大家都非常高興。邱林合也沒有閑著，將自己的廚藝教授給當地百姓。趙破虜等人成功挖掘出水井，佛加爾酋長見狀非常感激，可是趙破虜卻覺得這不是長久辦法，建議佛加爾酋長興修水利，徹底解決宗元水源缺乏的狀況。宗元雖然是西方數一數二的大港，可是教育水平遠遠落后漢朝，趙破虜等人的到來，讓當地百姓學到了許多新的知識，大家都很感激趙破虜等人。
蘇西亞送別趙破虜等人，她非常不舍得劉康，誠心祝愿劉康跟文小姐能終成眷屬，可是自己卻不得不為了族人留下來。佛加爾酋長看出女兒的心思，他讓蘇西亞追尋船隊，給他們當向導，同時勇敢追求自己的幸福，。蘇西亞得知自己可以隨船離開，非常的開心，立刻追了上去。趙破虜跟董尚賢將漢都亞等人的事情匯報皇帝，同時對所有人論功行賞。董尚賢等人宣布恢復所有戴罪水手的自由之身，同時提拔解將軍當了校尉，讓陳長生重歸軍伍。
董尚賢巡查船艙，發現兩個士兵用一年俸祿換取手鐲想要送給妻子，這讓他感慨萬分。董尚賢跟趙破虜說起了這件事，趙破虜覺得這都是因為董尚賢沒有婚配，否則家鄉肯定也有人等著自己。經過這么多事情，董尚賢覺得自己不會習武，經常給大家拖后腿，他下定決心跟趙破虜學習武功，這樣出事情后自己也能出一份力。趙破虜見董尚賢態度堅定，答應教導他習武。有陳長生跟解將軍道謝，同時擔心自己無法再陪伴解將軍。解將軍讓陳長生繼續等待，陳長生卻說起了劉康跟邱林合來往密切的事情，他覺得劉康跟趙破虜不是一條心，勸說解將軍跟劉康同住的時候多加防備。
解將軍告訴陳長生，劉康跟趙破虜關系密切是自己最擔心的，因為他已經猜出劉康并非大漢子民。就在兩人說話的時候，劉康突然出現，差點將解將軍等人嚇了一跳，其實劉康只是想他們道謝的。船隊混進了一個倉邑國商人米特，原來，他流亡他國，聽說趙破虜等人往西前行，尋思著可以順道搭船回家，所以偷偷藏進船隊運米的箱子混上了船。董尚賢覺得米特言語真摯，留下了米特，讓他跟著眾人隨行。
米特在船上給眾人表演魔術，給大家枯燥的航海生活帶來了許多快樂。文小姐覺得米特弄虛作假，當眾拆穿了他的手法，還指責米特故弄玄虛。董尚賢為米特說好話，表示長安沒有這樣的魔術，何況米特這么做是逗大家開心。燕采珠閑來無事幫趙破虜打掃房間，讓趙破虜感動不已。趙破虜見燕采珠受了風寒，貼心地將自己的衣服給燕采珠披上，另外又讓人給她熬姜湯。看到燕采珠默默地看著大海，趙破虜知道她在思念著許云帆，而且他也明白燕采珠這次同意出海，是為了找尋許云帆的下落，盡管找到許云帆的希望非常渺茫，但燕采珠依然不愿放棄希望。經過這么長時間的相處，其實趙破虜早就對燕采珠暗生情愫，無奈對方心里只想著未婚夫。趙破虜不敢表白，他只能表示如果自己是許云帆，定會用一生報答燕采珠的癡情。
蘇西亞跟燕采珠說了自己經常去倉邑國，父親也希望自己為船隊做向導的事情。燕采珠見狀，詢問蘇西亞倉邑國的事情，希望能在倉邑找到許云帆。燕采珠在甲板上眺望，這一路顛沛流離，卻遲遲沒有許云帆的下落，她覺得找到對方前途渺茫。趙破虜為燕采珠披上衣服，溫和的安慰了她，勸導燕采珠不要放棄希望，卻默默的隱藏了自己的愛戀。
董尚賢跟趙破虜談話的時候，米特偷偷在兩人房中釋放迷煙，卻不巧被邱林合撞見，他只能裝作什么都不知道的離開。米特離開后，邱林合好奇之下查看房間，卻被隨后而來的燕采珠誤會。燕采珠本是來給趙破虜送外套的，見里面沒有聲音，趕緊推門進去，將趙破虜弄醒，同時說了邱林合形跡可疑的事情。趙破虜身體強壯清醒很快，可是董尚賢卻昏迷不醒，文小姐只能在他身邊照顧。
米特見自己下迷煙的事情暴露，一計不成再生一計，想要通過毒蛇繼續害人。陳長生聽說了趙破虜跟董尚賢出事的事情，他懷疑這件事跟邱林合有關，解將軍卻讓他按兵不動。邱林合與米特開誠布公，他已經知道米特謀害趙破虜等人的事情，可是他卻什么也沒說，還讓米特繼續做他想做的事情。
邱林合半夜潛入趙破虜房中，想要看看米特弄什么樣的把戲，果然在他房中找到了毒蛇。邱林合剛要拿起毒蛇查看，卻被埋伏在外的燕采珠等人抓住。人贓物證俱在，邱林合百口莫辯，他被綁在甲板上示眾。邱林合聲稱對董尚賢跟趙破虜下毒手的人是米特，可是眾人根本不相信他。解將軍神情復雜的讓邱林合說出真相，可是邱林合卻讓他殺了自己。
劉康希望趙破虜將審問邱林合的任務交給自己，趙破虜卻反問他用什么身份審問，是用匈奴人的身份嗎？劉康見趙破虜主動挑明自己的身份，也不隱瞞，他表示自己跟趙破虜之間隔著國仇家恨，可是他始終將趙破虜當成兄弟。趙破虜見狀嘆了口氣，讓劉康放心，雖然他跟邱林合是匈奴人，可是大漢不會草菅人命。劉康跟趙破虜的話被文小姐聽到，她沒想到劉康居然是匈奴人，心里非常難過。
董尚賢病情好轉后，終于蘇醒了起來。趙破虜按照邱林合的交代，審問米特謀害自己跟董尚賢的事情。米特見罪無可辯，只能交代自己迷昏董尚賢跟趙破虜，想要盜取財物的事情。米特告訴眾人，自己本無歹心，可見船上財物豐富，就覺得董尚賢等人的房中可能有更名貴的財物。因為米特雖然迷暈董尚賢，可是并沒有害人性命之心，他被暫時留在船上。趙破虜雖然抓住了米特，可是劉康跟邱林合的身份卻暴露在眾人面前。趙破虜給劉康和邱林合安排退路，讓他們等船靠岸后就離開，同時祝愿劉康等人能夠平安到達匈奴。劉康與趙破虜告別，兄弟兩人惺惺相惜，無奈之間隔著國仇家恨，只能分道揚鑣。
定風號的一位船工劉曲突然死亡，大家都傷心不已。文小姐懷疑這件事不簡單，擔心船上出現了傳染病，因為她發現其他船工也有類似的癥狀。文小姐將這件事告訴了趙破虜，趙破虜則是拜托文小姐抓緊救人。文小姐與劉康在船上碰面，兩人都心情復雜，相顧無言，只能擦肩而過。文小姐查看醫書，想要找到控制疫病的辦法。燕采珠看望文小姐，她知道文小姐為劉康的事情憂心，勸說文小姐跟隨自己的心意，趙破虜跟劉康都能成為兄弟，文小姐又何必介意劉康是匈奴人呢？文小姐聽后并不開心，她搖著頭表示自己跟劉康情況不一樣，現在她只想找到辦法救人。
趙破虜跟董尚賢審問米特，兩人懷疑船上接連爆發疫病跟米特有關。米特聽后大喊冤枉，在得知劉曲等人的癥狀后，他告訴董尚賢等人，這種病是邪病，非人力所能治。米特告訴兩人，自己家鄉也爆發過這種病，后來是巫師誠心祈禱上蒼才化解的。船上的疫病越來越嚴重，?很多水手都被傳染了，燕采珠手下的船工阿大也不能幸免。董尚賢等人無奈，眼看船上醫師束手無策，他們只能舉辦祭天儀式，希望能平息疫病。
劉康找到文小姐，他說了自己等船靠岸后就會離開的事情，這讓文小姐非常吃驚，可是卻無法挽留。劉康跟文小姐說了她家被自己拖累的事情，表示自己欠文小姐全家，如果文小姐要報仇現在就殺了自己。文小姐之前已經隱隱猜到，可是她不愿相信，也不愿劉康告訴自己這件事，她寧愿什么都不知道。
趙破虜跟董尚賢去船艙看望患病船工，兩人發現很多船工平時身體強壯，可是現在卻病若游絲，這讓他們非常難過。趙破虜讓人給船工加大藥量，沒想到這時候卻傳來阿大的死訊，同時另一個人也不好了，這讓趙破虜更加傷心。陳長生一反常態，沉默著去找解將軍，可是卻欲言又止。解將軍讓陳長生有話就說，可是陳長生卻什么都沒說，只是拿出布條讓解將軍戴上防止感染，同時心情沉重的表示自己以后不能照顧他了，讓解將軍保重自己。陳長生轉身離開時，病情發作，他強忍著病痛，不希望讓解將軍發現自己也被傳染了。陳長生走后，解將軍發現了不對勁，可是他不愿相信。
眼看船上患病的人越來越多，疫病散播的速度越來越快，這讓董尚賢憂心不已。董尚賢跟趙破虜商量，將所有患病船員留在一處安置隔離，慢慢調養。趙破虜不同意董尚賢的決定，他覺得這樣會讓生病水手寒心，可是董尚賢卻覺得傳染病來勢洶洶，如果不加隔離可能會害死船上所有健康的人。在趙破虜的再三請求下，董尚賢只能答應先給眾人治療，暫時不加隔離。
船上的病情越來越嚴重，董尚賢為了剩下人著想，他再次跟趙破虜商量隔離病患的事情。趙破虜堅決不同意拋下生病船工，燕采珠卻支持董尚賢的決定。董尚賢打算將所有生病船工放在鎮浪號上，剩下健康的人則是留在定風號上。趙破虜松口答應隔離，可是卻不同意將生病船工全部拋棄，在燕采珠的調停下，他們決定將患病船工放到底倉隔離。米特告訴趙破虜等人，生病的船工必須關起來燒掉，疫病才不會繼續傳染，這番話遭到了趙破虜的拒絕。
董尚賢跟趙破虜在甲板上向眾人宣布隔離的決定，要安排所有生病水手去底倉接受隔離。陳長生等人不同意覺得趙破虜等人拋棄了他們，是要讓所有生病的人留在底倉等死。文小姐出面勸慰眾人，她表示董尚賢等人也是無奈之舉，但是他們不會不管大家，自己也會繼續救治眾人。水手們這才罷休，答應先去底倉治療。陳長生也換上疫病，可是他不甘心在底倉等死，所以主動找到解將軍，希望他給自己痛快的死法。解將軍安慰陳長生，讓他不要告訴眾人，同時將陳長生藏在自己房間，表示自己會全力保住他。
劉康聽說文小姐去底倉給病患治療的事情，他非常擔心文小姐的安慰，覺得自己之前已經連累了文家，文小姐不能再出事了。邱林合知道劉康對文小姐的心意，他只能安慰劉康讓他放心。文小姐每天與病患接觸，就算是鐵打的身體也受不住，很快連她自己也患上了疫病。趙破虜因為疫病的事情憂心，他半夜舞劍發泄自己的痛苦，燕采珠出面安慰趙破虜。董尚賢覺得疫病越演越烈，擔心真的要按照米特所說，燒掉所有染病之人，這一想法遭到了趙破虜的阻止。
文小姐得知自己染病后，留下書信跟燕采珠辭別，主動搬到了底倉。劉康知道文小姐出事后，借口自己染病進入了底倉，打算跟文小姐生死與共。文小姐覺得劉康不該進來，可是劉康卻表示愿意跟她死在一起，兩人深情相擁。手下來報，雖然已經將眾人隔離，可是傳染病還是在船隊蔓延。董尚賢擔心隔離也不能阻擋疫病的話，大家可能都要死在船上。解將軍見情況越來越嚴重，建議董尚賢跟趙破虜帶著沒染病的高級軍官去鎮浪號上，繼續完成出海使命，可是遭到了董尚賢的拒絕，他要留下來跟大家共存亡。
蘇西亞家鄉也遭遇過這種傳染病，可是他們家鄉條件比船隊還要簡陋，大家選擇的方法跟米特一樣，都是將生病之人燒掉。蘇西亞跟燕采珠商量疫病的事情，眾人懷疑疫病邪氣藏在船上，所以隔離后也沒有辦法阻止傳染。蘇西亞告訴燕采珠，自己村莊患病的人吃野草喝海水居然就好了，燕采珠聽后靈機一動，讓蘇西亞將野草名字告訴自己，或許能夠救治眾人。很多士兵擔心疫病傳染到自己身上，大家鬧著要去鎮浪號，邱林合阻止眾人反而被打。趙破虜聽到消息后趕到，讓邱林合帶領手下去搜尋船隊是否還有染病之人，同時向剩下士兵保證，燕采珠已經接替文小姐尋找治病之法，這才讓士兵們不再吵鬧。