老板被生擒，風雷行動順利完成。搜查旅館的過程中，解放軍發現了藏在密室內的另一批二號病毒。錦玉、雅琴等人終于與燕雙鷹團聚，狙擊劉天龍的正是雅琴。李延平在秘密會議上宣布風雷行動結束，燕雙鷹和李瑞山恢復了真實身份。當務之急是迅速將老板押至重慶，會議討論采取“暗度陳倉”之計，燕雙鷹留在宜賓吸引敵特，李延平、吳玉霞以及李瑞山負責運送老板，貨物則被保管在宜賓軍管會。
陷入精神困境的林玉仙向燕雙鷹表露心聲，面對敏感真誠的林玉仙，燕雙鷹不由得道出了深藏內心的秘密——他逝去的愛人叫做小玲，林玉仙的身上有她的影子……
風雷行動的完成也意味著趙雅琴與燕雙鷹的分別之日來臨，雅琴悲傷落寞，燕雙鷹雖有不舍，卻仍以國家大義為重。錦玉準備帶著如常回到重慶，解散碼頭投奔工會，眾人依依惜別。李延平一行人乘船離去后，燕雙鷹前往安順寨處理接管事宜。
在安順寨，燕雙鷹在老板密室發現了一個收發電報的耳機，然而這個耳機與寨內的電臺型號并不符合，燕雙鷹立刻嗅出了異樣的氣息。經過一番搜查，他找到了藏匿于寫字臺中的微型電報機。更可怕的是，他發現老板竟掌握著自己與總部的聯絡頻率，事實表明黨內有J細，他所經歷的一切不過是一場陰謀！
押送老板的船遭遇了伏擊。敵人的突襲令解放軍措手不及，李延平和李瑞山壯烈犧牲，負傷的吳玉霞在昏迷中看到殺手模糊的身影，來者竟似燕雙鷹！
入夜，燕雙鷹去軍管會確認二號病毒的情況，然而鐵箱全是空的，燕雙鷹大吃一驚。正在此時，有黑衣人持槍闖入，殺害了兩名警衛戰士，燕雙鷹聞聲追蹤，卻被當成兇手抓了起來，遭到軍管會王主任的無理審訊。
一群解放軍拜訪了住在軍管會招待所的趙雅琴和中村兩人，他們帶來燕雙鷹要求見面的消息。趙雅琴突然發現其中一人手臂上有青龍刺青，她恍然大悟，偷偷遞給中村武器，并在接送他們的汽車底盤安裝了炸藥，兩人由此順利逃走。在這個過程中，趙雅琴發現襲擊的背后隱藏著巨大的陰謀。
傷勢不重的吳玉霞回到軍管會，王主任向她匯報了燕雙鷹槍殺戰友、搶走病毒之事，再加上被襲時的印象，吳玉霞斷定內J就是燕雙鷹！
被囚禁的燕雙鷹向看守的戰士講述了真相，并用自己的一身武藝向他們證明自己并非兇手，班長趙鐵剛不信任的態度有了改變。匆匆趕來的吳玉霞與燕雙鷹當面對質，無奈她被仇恨蒙蔽了雙眼，成見已深，燕雙鷹只好以暴力方式逃出軍管會。王主任率眾戰士對他圍追堵截，然而燕雙鷹十八般武藝發揮得淋漓盡致，成功突圍，開著搶來的汽車揚長而去。汽車的女主人名叫莎利，是重慶旗天航運公司駐宜賓代辦處的首席代表。
燕雙鷹偷偷回到招待所，整理好隨身的戰斗裝備后給雅琴和中村留了張紙條，囑咐他們趕緊離開，卻被酷似他的神秘黑衣人來了個偷梁換柱。黑衣人一路跟蹤，燕雙鷹早有察覺，和他玩起“捉迷藏”，最后，兩人在一幢廢棄的廠房內會面了。來者正是老板的手下，他自報家門，綽號“黑狼”。燕雙鷹簡直不能相信自己的耳朵！原來這“黑狼”不僅是小玲曾經的戀人，更是殺害她的兇手！小玲和戰友的雙重血債令燕雙鷹難以掩飾內心仇恨，然而為了最終的勝利，燕雙鷹極力克制自己，與黑狼對戰了幾個回合之后便絕塵而去。