賀家因此家破人散，賀美馨投奔延安要為父母報仇。病重的賀天被重陽接回小屋，與蓮心等人生活在一起。然而，賀天身上的新型病菌令小蝶和蓮心束手無策。
重陽安慰賀天，所有人一定會堅強的活下去。賀天卻知自己所活時日不多。
山田變本加厲進行人體試驗，將藥水弄的百姓悉數抓走做細菌試驗。馬昆面對眾多尸體，絕不肯開口說半個字，山田惱羞成怒，為馬昆注射變異細菌。
賀天告訴所有人，只要跟著廢水走一定能找到實驗基地。杜康等人將廢水樣本交給蓮心，蓮心化驗，得知細菌實驗基地所在。重陽和賀天決定前往細菌實驗基地，將其摧毀。
山田得知上司要認命自己的屬下接替自己，陷入瘋狂。親手將所有人殺掉，帶著最新的細菌準備離開。賀天和重陽闖入，山田為保命用達子做擋箭牌，達子中彈倒在血泊之中，臨死向馬昆懺悔自己的罪行，希望來生能做個堂堂正正的中國人。
重陽和杜康救出馬昆，馬昆知道走出去將傳染所有人，與賀天一起為救上海將自己反鎖在基地里，拉響了摧毀裝置。
一陣轟炸聲過后，罪惡的人體試驗基地被摧毀。
然而蓮心走出家門，面對的只有重陽一人。
山田為錢找到林友聞，找國際大買家出售細菌。
重陽蓮心于子謙祭奠賀天之后，重陽前往百樂門，決定找山田為所有人報仇，山田被重陽困住無處可逃，兩人決斗，重陽用自己所學的日本功夫殺死山田。
此刻，百樂門內大火已經洶洶燃起，重陽雙腿被掉落的火柱砸斷，無法逃出。為了救上海的百姓不被細菌傳染，重陽只能將山田的細菌吞入口中。
蓮心趕來，親眼目睹此刻一幕，痛徹心扉與重陽訣別，重陽被火燒死，蓮心跪倒在地。
于子謙與白淑琴告別，決定要為督察長和賀天做最后一件事。于子謙用威脅，逼死A公司最大幕后老板孔少爺后，與共產黨員杜康投奔抗日前線。
蓮心和小蝶守住錦榮，在轟炸中，蓮心不肯撤退。她只要還能開動藥廠里的機器，就要為前方浴血奮戰的戰士生產藥品，為了鑄造抗戰的醫藥盾牌而奮斗，甚至付出自己的生命。錦榮所有員工被蓮心鼓勵，與她一同留下來，與錦榮共存亡。
而后錦榮歷經八年顛沛流離，在大后方堅持生產，期間遭受日軍多次轟炸，職工傷亡過半，廠房焚燒有三，但沒有一天停止過防疫藥品的生產。
1945年，8月15日，日本天皇宣布無條件投降，錦榮公司遷回上海。蓮心也等來了參加革命歸來的賀天……