賀家因此家破人散，賀美馨投奔延安要為父母報(bào)仇。病重的賀天被重陽(yáng)接回小屋，與蓮心等人生活在一起。然而，賀天身上的新型病菌令小蝶和蓮心束手無(wú)策。
重陽(yáng)安慰賀天，所有人一定會(huì)堅(jiān)強(qiáng)的活下去。賀天卻知自己所活時(shí)日不多。
山田變本加厲進(jìn)行人體試驗(yàn)，將藥水弄的百姓悉數(shù)抓走做細(xì)菌試驗(yàn)。馬昆面對(duì)眾多尸體，絕不肯開口說(shuō)半個(gè)字，山田惱羞成怒，為馬昆注射變異細(xì)菌。
賀天告訴所有人，只要跟著廢水走一定能找到實(shí)驗(yàn)基地。杜康等人將廢水樣本交給蓮心，蓮心化驗(yàn)，得知細(xì)菌實(shí)驗(yàn)基地所在。重陽(yáng)和賀天決定前往細(xì)菌實(shí)驗(yàn)基地，將其摧毀。
山田得知上司要認(rèn)命自己的屬下接替自己，陷入瘋狂。親手將所有人殺掉，帶著最新的細(xì)菌準(zhǔn)備離開。賀天和重陽(yáng)闖入，山田為保命用達(dá)子做擋箭牌，達(dá)子中彈倒在血泊之中，臨死向馬昆懺悔自己的罪行，希望來(lái)生能做個(gè)堂堂正正的中國(guó)人。
重陽(yáng)和杜康救出馬昆，馬昆知道走出去將傳染所有人，與賀天一起為救上海將自己反鎖在基地里，拉響了摧毀裝置。
一陣轟炸聲過(guò)后，罪惡的人體試驗(yàn)基地被摧毀。
然而蓮心走出家門，面對(duì)的只有重陽(yáng)一人。
山田為錢找到林友聞，找國(guó)際大買家出售細(xì)菌。
重陽(yáng)蓮心于子謙祭奠賀天之后，重陽(yáng)前往百樂(lè)門，決定找山田為所有人報(bào)仇，山田被重陽(yáng)困住無(wú)處可逃，兩人決斗，重陽(yáng)用自己所學(xué)的日本功夫殺死山田。
此刻，百樂(lè)門內(nèi)大火已經(jīng)洶洶燃起，重陽(yáng)雙腿被掉落的火柱砸斷，無(wú)法逃出。為了救上海的百姓不被細(xì)菌傳染，重陽(yáng)只能將山田的細(xì)菌吞入口中。
蓮心趕來(lái)，親眼目睹此刻一幕，痛徹心扉與重陽(yáng)訣別，重陽(yáng)被火燒死，蓮心跪倒在地。
于子謙與白淑琴告別，決定要為督察長(zhǎng)和賀天做最后一件事。于子謙用威脅，逼死A公司最大幕后老板孔少爺后，與共產(chǎn)黨員杜康投奔抗日前線。
蓮心和小蝶守住錦榮，在轟炸中，蓮心不肯撤退。她只要還能開動(dòng)藥廠里的機(jī)器，就要為前方浴血奮戰(zhàn)的戰(zhàn)士生產(chǎn)藥品，為了鑄造抗戰(zhàn)的醫(yī)藥盾牌而奮斗，甚至付出自己的生命。錦榮所有員工被蓮心鼓勵(lì)，與她一同留下來(lái)，與錦榮共存亡。
而后錦榮歷經(jīng)八年顛沛流離，在大后方堅(jiān)持生產(chǎn)，期間遭受日軍多次轟炸，職工傷亡過(guò)半，廠房焚燒有三，但沒(méi)有一天停止過(guò)防疫藥品的生產(chǎn)。
1945年，8月15日，日本天皇宣布無(wú)條件投降，錦榮公司遷回上海。蓮心也等來(lái)了參加革命歸來(lái)的賀天……