韓曉琳被周新宇弄到一個山寨的翠竹山莊，韓曉琳醒來后就看到了自己昏迷時候遭受各種折磨不堪照片，幾乎崩潰。葉教官宣布，她已經加入了K3，代號孤燕。韓曉琳被關在黑屋子里，遭受了慘無人道的虐待和折磨。她沒有想到，策劃這一切的，竟是周老師！
在韓曉琳受到折磨的時候，訓練中的王斌也心靈感應般地莫名心痛恐慌。徐公道轉交給了王斌兩封信，一封來自林濤濤，一封來自韓曉琳。王斌展開韓曉琳的信件：……鳴鳳的臉只有風吹過，月亮照過，太陽曬過，媽媽吻過，鳴鳳是純潔的。今天，您愿意親親鳴鳳嗎——王斌，如果你愛我，就趁現在找個無人的角落，親吻這篇滾燙的信紙吧……王斌的情感激蕩著，他如獲至寶般地捧起信紙，將臉輕輕地貼上去，仿佛尋到了韓曉琳的甜美氣息……
徐公道對王斌等人展開了嚴格的訓練，他們要學習角色扮演、心理評估、說服、利用、甚至欺騙……訓練目標就是要讓他們掌握各種常人所不能掌握的特殊技能，包括軍事、政治、語言、法律、心理學、社交等等并且可以熟練運用。他們要學會研讀對方心理、密碼密語、審訊和反審訊、滲透偵察和反滲透偵察、跟蹤和規避，更重要的是學會運用大腦——他們不是超人，但是他們必須具有超出常人靈活的大腦才可以勝任這個工作。
與此同時，韓曉琳在翠竹山莊也在經受著毆打與折磨，并強迫她投入訓練。
王斌、楚靜、肖天明、雷鵬也在訓練中摩擦和碰撞著，并建立了深厚的友誼。王斌擅于觀察和分析判斷，楚靜槍法最好，雷鵬體力、格斗冰是睡著的水分集介紹第一，肖天明是數理方面的天才。
禿頂被老爹交給周新宇制裁，周新宇下令將韓曉琳帶進來。當著韓曉琳的面，周新宇下令把禿頂的手指頭一個一個切下來，韓曉琳不忍，扭過頭去，不敢看。周新宇給了韓曉琳一把槍，并對她說，如果你不忍，就由你來解決吧。韓曉琳慢慢舉起槍，含淚瞄準禿頂，閉上眼睛，一咬牙，子彈正中心臟。禿頂慢慢閉上眼睛。韓曉琳呼吸急促，幾乎站立不祝周新宇輕輕地摟住她，安慰說，別怕，總會有冰是睡著的水分集介紹第一次。忽然，韓曉琳抬起手槍，對準周新宇的頭。所有人全傻了。周新宇卻臨危不亂，微笑著問韓曉琳，對于一個出色特務來說，你覺得我會給你兩發子彈嗎?韓曉琳靜默了一會，突然無奈的，沮喪的垂下了手。手槍掉在地上。周新宇蹲下，緩緩地把槍揀起來，把彈夾摁開，退出里面的子彈。里面竟然還有四發子彈！韓曉琳憤怒地想撲上去，卻被憲兵們抓開了。周新宇意味深長地說道，你要學習的還有很多。復仇的火焰在韓曉琳的眼中燃燒，她開始發瘋一般投入訓練……
在一次執行任務中，楚靜和王斌被抓，分別關押在暗房里?！皵程亍币酝醣蟮陌参橐獟?，讓楚靜說出教官的名字。楚靜屈服了。忽然，鐵柜另一邊的房門突然被打開，一束強烈的燈光直接照了進來。門外，眾多的學生坐在教室里，沉默著看著楚靜從里面走出來。王斌好好的坐在學生中間，只不過他的兩眼中早已是滿含著熱淚。楚靜明白過來，這一切都只是考驗。徐公道宣布，楚靜被淘汰了。王斌的心情復雜。雷鵬替楚靜打抱不平，一怒之下，狠狠地打了王斌一個拳頭……徐公道給學員們布置了新任務，角色扮演。學員們身無分文，也沒有任何證件，各自為戰，要在規定時間到達接頭地點。王斌抓住并制服了偷竊的曹小寶，卻被巡警林濤撞到，林濤對王斌的狼狽疑惑且火光，但將身上所有的錢都給了他；肖天明在大學校園里眼中含淚地編造了一個悲慘故事，將單純的女孩陳點點騙倒，陳點點慷慨解囊濟貧；雷鵬一路勻速跑步前進，卻被一個長跑教練相中……
王斌正趕往接頭地點，忽然看到了爛醉如泥的楚靜。楚靜趴在王斌的肩上，放聲大哭，說她的出局，竟是因為關心一個人……王斌一咬牙，將楚靜扛在肩上，不管不顧地跑了起來，一直把她送回家。聽著王斌關門的聲音，床上的楚靜突然醒了，異常清醒。接頭處，不時有學員跑來報道，忽然，楚靜的出現，讓肖天明和雷鵬吃了一驚。肖天明明白過來，楚靜并沒有出局，這本來就是設好的局中局，楚靜的任務就是讓王斌不能準時到達。果然，比規定的時間吃到了五十八分鐘，王斌臉上血汗交加，疲憊地站在徐公道面前。當他發現被楚靜欺騙后，兩人緩和的關系再度陷入僵局。
韓曉琳因訓練成績優異而被委派在畢業典禮上表演特技射擊。在畢業典禮上，韓曉琳把槍口對準了迫害她的教官和憲兵們，槍槍爆頭，也和保鏢發生激戰。正當她準備自盡時，卻被周新宇擊中右肩，韓曉琳被捕。
黑牢里，周新宇與韓曉琳面對面，沉默無語。韓曉琳請求，殺了她。周新宇卻搖頭，說如果他能爭取讓韓曉琳重新回到燕寧，她還會死嗎?韓曉琳愣住了。周新宇繼續哄騙說，只要完成一個小任務，不殺人不放火，對她來說易如反掌，就能讓她回燕寧，繼續以前的生活，并把那些照片和加入k3的誓言都還給她。韓曉琳動搖了。周新宇將一堆俄文資料丟在了韓曉琳的面前，讓她做好功課。
燕寧禮堂里，厚厚的窗簾拉著，里面的燈光肅穆。舞臺上是一面巨大的黨旗，覆蓋了整個屏幕。王斌、楚靜、肖天明、雷鵬等幾十個年輕人身著嶄新的中國人民解放軍軍裝，整齊地站在黨旗前，舉起右拳宣誓入黨誓詞。肅靜當中，穿著軍裝的馮云山大步走上舞臺，站在黨旗前面。他看著這些年輕人，宣布從今天開始，他們就真正成為黨的情報干部！隱蔽戰線的無名戰士！他們從此將和這些先輩一樣走入黑暗中，將他們的青春、他們的智慧甚至是他們鮮血和生命全部奉獻給一句誓言、一個信念和一種信仰，那就是——對黨絕對忠誠！
結業典禮后，王斌徑直來到了韓曉琳家。趙美華欣喜地告訴王斌，韓曉琳就要從蘇聯
留學回來了。
趙美華和王斌在月臺上翹首等待著。火車緩緩進站，停穩，旅客們潮水般涌下。韓曉琳看見母親的身影，迎了上去。王斌也看到了她就要跑上去，看看趙美華又放慢腳步，故意走在趙美華身后。趙美華上前緊緊抱住了韓曉琳。母女相擁而泣……但韓曉琳卻對王斌表現出了格外的冷淡，她將目光投到王斌身上，淡淡一瞥，然后說道，你有事就去忙吧，別耽誤了你。然后就和母親一起上了車。王斌的笑容僵住了，他默默地關上車門，看著汽車遠去……
肖天明破譯出了敵電臺密碼，馮云山意識到，敵特分子開始對“龍興工程”展開行動了。徐公道給學員們安排了任務：王斌、楚靜負責保護總工程師韓江北教授一家的安全，肖天明繼續負責電臺監控，雷鵬負責策應。肖天明點撥雷鵬，策應的意思就是，坐在冷板凳上等著的候補隊員。雷鵬急了，直接去找徐公道請戰。徐公道吩咐肖天明，以后他去哪兒都叫上雷鵬，他倆常在一起就是對彼此最好的操練。肖天明張大了嘴巴。
韓江北特意從研究所趕來看望女兒，并詢問女兒在工作、生活上都有什么打算。韓曉琳說自己這次回來暫時是要回到以前的大學，在話劇社擔任排練指導。韓江北鼓勵她，永遠不要忘了祖國和人民。韓曉琳試探地問父親在從事什么研究，韓江北大笑說保密。
王斌回到單位向馮云山復命，馮云山問起情況，尤其韓曉琳對他的態度。王斌的沉默讓馮云山一下子就知道了答案。王斌曾經認為隱蔽戰線的工作者應該“忠誠的終極是無情”，馮云山說，這是不對的，我們也有感情，也需要家庭，沒有“家”，哪來的“國”?至于怎么做，你自己應該知道。