稻葉夕士因父母車禍身亡被叔父一家領(lǐng)養(yǎng)，在叔父家里生活處處受到排擠的他本希望考入寄宿制高中后獨(dú)自生活，可是錄取后高中的宿舍卻在火災(zāi)中燒毀。夕士不得不開始尋找租房，最終找到了房租僅僅只要2萬5千日元的壽莊。但讓他沒有意料到的是，那里竟是一所妖怪和人類共同居住的妖怪公寓。
公寓里暗藏著各式各樣的妖怪，而入住這里的人們也都各有特色，就這樣夕士在這人類與妖怪共同生活的妖怪公寓里開始了自己的高中生活。某天，夕士無意中預(yù)測(cè)到了同學(xué)田代會(huì)遭遇車禍，但沒等他上前阻止，車禍就已經(jīng)發(fā)生。后悔莫及的夕士握住了田代的手，卻驚異的發(fā)現(xiàn)田代的痛苦轉(zhuǎn)移到了自己身上。
某天茜姐造訪妖怪公寓，她原是侍奉大神神社的靈獸，如同母親一般照顧著阿栗和小白。阿栗的生母是個(gè)精神錯(cuò)亂虐待孩子致死的怨靈，她的執(zhí)念束縛著阿栗使他無法升天。茜姐前來是為了阻擋阿栗生母的作亂，妖怪公寓里的住民也一同準(zhǔn)備保護(hù)阿栗迎戰(zhàn)惡靈。夕士得知了阿栗的悲慘身世，決心保護(hù)阿栗不受生母惡靈干擾。