老板從孫可唯的電影里明白了她愛吃醬油炒面的原因。
這晚，孫可唯又來到深夜食堂吃醬油炒面，老板做好后，讓孫可唯稍等一下，他說有個人跟他說，在雞蛋上加一點白芝麻才會更香，還特意叮囑他要項城賈嶺的白芝麻。老板揶揄的說孫可唯的粉絲真多，連這個細節都知道。孫可唯從老板拿出白芝麻神情就變了，她訥訥的說這件事自己從來沒有跟任何人說過。她向老板詢問那人的長相，老板卻說那只是一個撿破爛的流浪漢，一個老人。孫可唯激動地站起來，面也沒吃，就匆匆的走了。
幾天后，店里的眾人都在議論孫可唯的電影時，孫可唯突然走了進來。眾人紛紛識相的離開了。孫可唯對老板說，那個人可能是她爸爸。這些年，她一直相信他會回來，可是直到等到她媽媽去世，也沒有再見過他。她以為成名后，爸爸就會知道她過得很好，就會回來，但是他一直沒有。這些年來，她幻想過無數種爸爸的境遇，好的壞的，但是她怎么也沒想到，他成為了一個流浪漢。他明明可以回家，卻選擇不回。走的時候，孫可唯給孫尚留下一個便條，讓老板轉交給孫尚。
也許是冥冥注定，老板真的再次碰見了正在垃圾箱翻東西吃的孫尚。他說自己給孫可唯做了撒白芝麻的醬油炒面，孫尚忙問她是否喜歡。老板卻反問他為什么這些年不去見她。孫尚低聲說，孫可唯想見的是她的父親，她父親已經死了。老板勸他去見孫可唯一面，否則她會留下終生遺憾。走的時候，老板讓孫尚晚上去深夜食堂跟孫可唯見面。
這一晚，老板陪孫可唯在深夜食堂等了很久很久，但孫尚卻始終沒有出現。孫可唯賭氣說，很多有時候，自己在乎的人根本不會在意自己。老板不知如何安慰她，假裝出門透氣去了。剛出門，他就看見了地上的信封，里面有一封信和一枚戒指。孫尚在信里叮囑孫可唯要好好生活，還對她說了一句對不起。寥寥數筆，蝕骨穿心。
也許是終于放松哭了一場，孫可唯趴在桌上睡著了。老板給她披上衣服，出門卻看到了徘徊在門口的孫尚。老板問他為何不進去，孫尚卻說有些事做了就沒有挽回的余地了，他始終無法原諒拋下妻女獨自逃走的自己。
老板說，孫可唯需要他。孫尚卻嘆著氣說孫可唯的人生已經翻篇了，他卻什么都彌補不了，他只希望她能過得幸?？鞓?。得知孫可唯睡著了，孫尚還是沒忍住偷偷進去看了她一眼。相別數十年的父女之間只隔了一步，但卻仿佛一生那么遠。
孫尚走出深夜食堂，想著一墻之隔的女兒，忽然想起當年他獨自踏上遠行火車的情景，也許那時就注定，他的家，再也回不去了。
孫可唯醒后，老板將孫尚來過的事情告訴了她。他安慰她，深深的愧疚來源于深深的愛。孫可唯忽然淚流滿面，她說自己剛剛又做了那個一家三口去旅行的夢，但是這一次那輛車會一直開，一直開，仿佛永遠不會停止。經過這一夜，老板問孫可唯要不要吃點東西，孫可唯點頭說可以做點別的菜了。她終于放下了。
幾天后，孫可唯在接受電視訪談時宣布，她要休息一段時間。
人生有很多事情，比拍戲更有意義。
小泉是一名空姐，她擁有姣好的面容，曼妙的身姿，但也許是因為工作不穩定，她的戀情也常常遭遇挫折。每次失戀后，她都會到深夜食堂點一份特辣的涼粉，她叫這道菜傷心涼粉，也許是因為辣勁太強會讓人流眼淚吧。吃了傷心涼粉后，小泉“失戀儀式”就要開始了：三十秒結束掉一瓶酒，然后開始邊喝邊跳，仿佛所有的傷心都消散在這一場胡鬧。
又一次失戀后，小泉在深夜食堂喝的酩酊大醉。老板看著又唱又跳的小泉，給她叫了專車司機——高松。
高松是個高高壯壯的專車司機，長相是很容易讓人相信的那一種，當然，他本身性格也十分淳樸老實。專車司機的工作看著簡單，其實也非常很辛苦，因為不知道客人什么時候會來，高松吃飯都只能趁著空閑狼吞虎咽，要不然就得餓肚子，有時候連水都不敢喝，就怕耽誤了客人的工作。
這一天，高松深夜食堂吃飯，正要離開時，碰到小泉又來店里吃傷心涼粉。高松又點了一碗陽春面坐在了小泉身邊，吃著吃著，小泉又開始“躁動”起來。酒前酒后的她簡直旁若兩人，泡面三姐妹見她又要發瘋急忙匆匆離開了，高松訥訥的說要不自己送她回去吧，小泉忍不住靠著他的肩膀哭了起來。
高松送小泉回家，卻沒有收錢，說自己只是想確保她平安。小泉去而復返，請高松上樓幫自己修電燈泡。修好后，為了報答高松，小泉主動加了他的微信，還將家里前男友的衣服轉送給了他。走之前，高松又幫小泉將廁所水箱修好，回到車里看著小泉送自己的衣服，不由露出了微笑。
小泉新認識了一個男子，長得斯斯文文，性子卻十分油滑。送小泉到樓下后，男生糾子著非要跟小泉上樓聊聊，占便宜之心昭然若揭。小泉被他纏住正愁無法脫身時，高松突然出現，大喝一聲嚇了男子一跳，自覺不敵的男子只得悻悻離去了。
為了感謝高松，小泉請他去深夜食堂吃東西。高松說以后她有什么事可以隨時找自己，他隨叫隨到。店里的人紛紛八卦兩人之間的關系，高松卻苦澀的說自己配不上小泉。泡面三姐妹一個勁的鼓勵高松表白，但高松最后還是沒有提起勇氣。小泉不斷夸獎高松可靠，但卻只把他當做一個普通的異性朋友。
為了能穿下小泉送自己的衣服，高松開始努力減肥。每一次小泉回來后，高松都會去接她。當他終于勉強穿上那件花格子襯衫，興高采烈的去接小泉時，這次走出機場的卻不止小泉一個，她挽著一個斯文的法國男子笑容洋溢的走了過來，高松臉上的笑僵住了。小泉幸福的跟他分享著查理已經跟自己求婚了，并且在婚期間他們會搬到法國。
還沒來得及告白卻慘遭失戀的高松來到深夜食堂喝悶酒。他一口氣干了一杯平時從來不碰的白酒，還點了一份特辣的傷心涼粉。不一會，酒力不佳的高松趴在桌上睡著了，老板給他叫了一位代駕keke。keke從眾人口中得知高松是因為感情問題買醉，他安慰高松要想開點，緣分到了要勇敢爭取，是自己的誰也搶不走。keke的女朋友早年去法國留學，?很多人不看好他們，但在他們的努力下，也磕磕絆絆的走到了現在。走的時候，高松將傷心涼粉送給了keke。
keke趕回家跟在法國的女朋友視頻。女朋友抱怨他來的太晚了，而且說因為這幾天要準備考試，不能跟他視頻了。keke有些失望，卻還是鼓勵她要加油，多吃點好吃的。視頻后，keke拿出傷心涼粉吃了起來，看著桌子上兩個時間的時鐘，已經下線的女友，空蕩蕩的屋子，他突然覺得有些落寞。
第二天早上，高松宿醉醒來，收到了小泉向自己求助的微信。小泉問高松是否知道什么好玩的地方，她想帶查理出去走走。高松雖然傷心，卻還是給她推薦了鳳儀書院和碼頭。
晚上，高松在深夜食堂吃陽春面，keke也過來點傷心涼粉。看到keke過來，高松再次喝的爛醉?；丶业穆飞希咚墒盏叫∪男畔?，她希望離開的時候能讓高松送自己去機場，高松聽著車里的傷心情歌，覺得自己也該放下了。
高松一直沒有回復小泉的微信，小泉去了深夜食堂。她向老板打聽最近有沒有看到高松，老板推說自己不清楚，可能他比較忙。小泉告訴老板自己要結婚了，而且過些天就要去法國，短期內很難再回來了。老板安慰小泉如果去國外要學著照顧自己，學幾道中國菜。小泉說自己最想念的就是老板做的傷心涼粉，老板卻說希望她永遠不要再吃這道菜了。離開的時候，小泉拜托老板如果看到高松，記得告訴他，自己在找他。
一旁一直為高松感到不值的泡面三姐妹坐不住了。伊麗莎白問小泉，既然不喜歡告訴，為什么還要讓他誤會。小泉解釋說自己和高松是純友誼，有時候，人和人在一起只是單純的為了陪伴，為什么非得在一起呢？自己也從未暗示他什么。泡面三姐妹諷刺小泉的自私，小壽叔卻說這是別人自己的事情，并恭喜小泉終于找到了真愛。
高松對于是否去送小泉猶豫不定。泡面三姐妹說人都去法國了，讓高松趕緊拉黑小泉。郝建二人組也起哄說閃婚不會有什么好結果，到那時候她才會知道他的好，不過那時已經太晚了。高松生氣的說不允許別人詛咒小泉。老板向高松轉達了小泉的話，高松說自己不是誠心躲她，只是自己一直沒做好見她的準備。他嘲諷自己早知道這件事不可能，卻還要去做這個美夢。
小泉離開那天，高松還是沒有去送她。他拜托keke幫自己去送她，自己去深夜食堂吃了一份特辣的傷心涼粉，辣的眼淚直流也沒有停下來。最后的最后，高松還是給小泉發了一條短信，盡管兩人以后可能再也不會有交集，但他仍然祝她幸福。
許多短暫的交匯，在相遇的那一刻，就已經注定要走向不同的道路。生命中有很多的事情跟預期不同，就像我們曾以為陪伴可以永恒，但其實，再堅定的陪伴也會有別離的時候。而也是這些在擺蕩命運中的交匯，恰恰也是支撐我們繼續走下去的力量。
離去的人已經遠去，深夜食堂的故事還在繼續。
這天晚上，小壽叔念叨著好久沒有看見小龍了，他還說每次看見小龍吃紅香腸就覺得特別美味。老板問他要不要來一份時，他卻拒絕了，堅持只有阿龍盤子里的紅香腸才好吃，而且總有一天他會吃到的。老板對他的心思心知肚明，照例給他做了一份雞蛋厚燒。
阿龍因為業務表現特別突出，收到了董事長給予的厚厚的獎金。阿賢旁敲側擊的說自己的女朋友特別上進，考上了新聞播音系，他想給她支援一點。誰料阿龍卻把手里的獎金都丟給他，還建議他去買一些上檔次的衣服，別讓女孩瞧不起。
阿龍收到董事長的電話，讓他注意提防和阿義在夏日俱樂部談生意的人。晚上，阿龍和阿賢便去了小壽叔的夏日俱樂部，他們不知道的是，有人已經在暗地里盯上了他們。
小壽叔發現阿龍來自己店里非常高興，熱情的請他們喝酒。阿賢只顧著看美女，阿龍卻發現一個叫托尼的人在和阿義談生意。原來，托尼想通過阿龍他們的碼頭運一批特殊的貨，并開出了驚人的利潤。阿龍卻說自己管理公司只有只有一個原則，不能做的，不該做的和違反道義的，他是不會做的。阿義將阿龍拉到一邊問他為什么不給自己面子，阿龍說應該提防著點托尼，阿義卻只當阿龍是多心，沒有放在心上。
阿義和阿龍是同期進的公司，兩人之間的交情十分深厚，但阿義性格比較急躁，有些急功近利，相比之下，阿龍更加穩重成熟。
這時，有喝醉酒的客人拉著陪酒的姑娘不放，小壽叔急忙過來打圓場，誰料那個客人還囂張要求小壽叔找幾個美女換比基尼來伺候自己，小壽叔無奈說自己穿給他看，男子卻拿起酒瓶就往小壽叔的腦袋上砸，還罵他娘娘腔。酒店的保安想要過來幫忙卻讓小壽叔攔住了，他依舊沒事人一樣安撫客人，還讓酒保多送幾瓶酒過來給他。
阿龍和阿賢卻沒有放過他，兩人將男子扒光扔到了河里，還威脅他天亮才準上去。辦完事后，阿龍和阿賢到深夜食堂吃東西。阿賢跟食客們炫耀著自己辦的好事，馬玲玲拍案叫好，沒見過這個陣仗的泡面姐妹卻面面相覷。阿賢夸小壽叔雖然平時看著娘娘腔，關鍵時刻卻像條漢子。話音剛落，小壽叔就嚷嚷著進來了，大喊著自己破相了，還讓馬玲玲趕緊給自己找醫生，如果留下疤痕他就不活了。
阿賢得意洋洋的對小壽叔說以后他的店有自己罩著，小壽叔卻不領情，還說阿賢只是個小屁孩，連長幼尊卑的規矩都不懂。馬玲玲笑他小題大做，誰料小壽叔轉身就對阿龍說，他盤子里的紅香腸看起來很誘人，自己能不能嘗一嘗。眾人都在等阿龍的反應，出人意料的，阿龍卻將盤子推給小壽叔，讓老板重新給自己上了一盤。
眾人離開后，一向沉默寡言的阿龍卻和老板談起了小壽叔，說他一個人經營一家店很不容易。老板說以前小壽叔還有當廚師的兒子幫他，但可惜的是他兒子出了車禍，后來老婆也去世了，就只剩下他一個人。他店里那些男孩女孩都是沒地方去的孩子，是小壽叔收留了他們，將他們當成自己的兒子女兒一樣。阿龍問小壽叔常常打扮的十分妖艷，是不是有隱情。老板卻急忙否認了，還說以前小壽叔老婆也這樣，兩個人經常花枝招展的過來吃東西。
蕓小姐查資料得知阿龍的公司是整個港口最厲害的公司。小壽叔卻說兩人都不是什么壞人，阿賢常常穿著皮夾克將自己打扮成壞人，但其實不是什么壞人。阿龍雖然看起來兇狠，但是個非常講義氣的人。小壽叔還說阿龍這樣的個性他是最熟悉的，跟他的兒子像極了。
慢慢的，阿龍和小壽叔的關系越老越好，漸漸也能聊一些閑話。托尼來到深夜食堂找阿龍，他想和他繼續談那批貨的事情。托尼說如果阿龍同意，他可以將阿義那部分給他，讓他提四成，而且自己會幫他處理阿義的問題。
走的時候，老板委婉的告訴阿龍，連美食都不喜歡的人，不值得信賴。阿龍表示自己同意。托尼的糾纏讓阿龍最近的心情都不是很好，更糟糕的事，這件事還驚動了刑警。以前與阿龍打過交道，被他成為“蒼蠅刑警”的年輕人找到了深夜食堂，含沙射影的說自己知道十號碼頭會進一批不單純的貨。他還犀利的問老板眼睛上的刀疤是怎么回事，直言深夜食堂是一家掛羊頭，賣狗肉的黑店。老板沒有生氣，解釋自己店里只是做些家常小菜。隨口點了一瓶啤酒和大鍋菜，蒼蠅刑警的目光卻一直都在注意著阿龍。
晚上，阿龍和阿賢又來到深夜食堂吃東西。小壽叔說最近撞上了兇日子，還邀請阿龍和自己一起去拜拜佛。阿龍冷淡的說自己沒空。這時，一旁看熱鬧的阿賢接到了胖德的電話，胖德話沒說完就掛了。原來，阿義帶著托尼去十五號碼頭看貨了。阿龍聽完立馬帶阿賢沖到了碼頭，兩人剛剛離開，蒼蠅刑警就來了。原來，蒼蠅刑警的線人打聽到，阿龍公司的人要干掉他。小壽叔一聽，急忙騎著電動車追了過去。
果不其然，阿龍和阿賢被托尼和阿義埋伏了。阿龍不備被胖德在腰間刺了一刀，鮮血直流。兩人開車想要逃跑，卻被胖德開著一輛大貨車將車撞翻了。兩人被困在車里，托尼拍著阿義的肩膀，說自己答應過幫他處理好阿龍，說完就開車準備撞向兩人。正當兩人絕望之際，小壽叔騎著電動車擋在前面，說自己決不允許別人傷害他們。正當小壽叔和托尼周旋之際，警察趕了過來，阿龍和阿賢終于脫險。
托尼和背叛阿龍的那幫人都被警察抓了起來，阿賢傷勢較輕，還來到深夜食堂喝酒和眾人吹噓。有人問蒼蠅刑警那么費心救阿龍，是不是兩人有什么關系，甚至猜測阿龍是臥底。
阿龍向董事長求情，說阿義只是受了別人的挑撥，還說讓自己承擔他犯的錯。董事長說阿義已經承擔了后果，還說阿龍是個正直的人，他也很器重他，但也讓他注意不要顯露自己的弱點。
阿龍受傷期間，小壽叔無微不至的照顧著他，經歷過這場生死患難，兩人的關系也越來越親近起來。
蒼蠅刑警——李警官又來到深夜食堂。他問阿龍每次來是不是都點紅香腸，老板說是的。李警官說這么多年，那家伙還是沒忘。老板好奇地問兩人之間是不是有什么交情，李警官則否認說自己是警察，怎么可能和他有關系。李警官又一次問其老板臉上的刀疤，老板說自己是天生的。李警官說自己會一直盯著老板的，然后點了一份大雜燴。
老板沒有追問李警官和阿龍的故事，他知道，其實深夜食堂的每個人都有自己的故事。食客們來來去去，只有老板一直守在這里，每天零點到八點，用美食傾聽別人的故事。