時光荏苒，馬克最初帶回樂樂的情境老板還歷歷在目。這五年來，馬克如珍寶般小心翼翼的將樂樂撫養長大，港口那間小小的倉庫雖破，卻是兩人溫暖的家。
怎么一轉眼，這個家，就要散了呢？
馬克終究被攔了下來。確切的說，在出港前他們就被警察攔住，隨后，他被拘留了，樂樂也被再次送到了醫院。
另一邊，樂樂的親生母親艾真收到警察的消息后，連忙趕了過來。她是一位知名的女企業家，但作為女人，她只是個失去孩子五年之久的可憐媽媽。聽到馬克竟然還妄圖將自己的女兒再次帶走，她心里的憤怒和怨恨如潮水般洶涌。根據律師的調查，她得知每個星期五都會帶孩子去深夜食堂吃飯，而且老板和客人們也和孩子的事情有關聯。
晚上，深夜食堂的眾人正為馬克的事情擔憂。小壽叔讓神通廣大的小龍幫忙想辦法，這時，一臉殺氣的艾真帶著助理闖了進來。
艾真看到店鋪里掛著的樂樂和眾人過生日時的照片，小壽叔不知道艾真的身份，正憤憤地說自己明天要去醫院看樂樂，他擔心樂樂一個人在醫院會害怕。阿龍則說馬玲玲還留在拘留所陪馬克不肯回來。
眾人都在為樂樂和馬克擔憂，老板卻走到艾真面前問她是不是樂樂的親生母親，眾人一驚。老板說他從艾真的眼里看到了她對眾人的敵意，艾真卻憤怒的說，她不是眾人想要看到的孤苦伶仃的女人，樂樂也不叫樂樂，她叫汪靖真。老板說樂樂是大家的開心果，艾真卻批評老板的店鋪是一個不正當的店，樂樂才五歲，會從眾人那里受到很多不健康的影響。對于一個孩子的五年和自己，這都是一場噩夢，說完，她就氣沖沖的走了。
嚴律師來看馬克，他批評馬克的行為把自己陷入了一個困局，馬克哀求的比著手勢說自己和樂樂不能分開，嚴律師卻說自己看不懂。看著馬克苦苦的哀求，嚴律師深覺自己也無能為力。
艾真來到醫院看樂樂，站在玻璃門外，她看著小小的樂樂坐在地上認真的畫畫，忍不住淚流滿面。樂樂看到她卻沒有驚訝，而是一本正經的問她是不是自己的媽媽，艾真久久說不出話來。
深夜食堂的眾人從新聞中得知艾真和樂樂已經相認的事情。小壽叔憤憤不平的說馬克才是樂樂的爸爸。嚴律師卻說，馬克的出入境和銀行證明等資料，都可以證明馬克跟拐賣兒童的人販子無關，但馬克想要從樂樂的親生母親那里爭取到撫養權是不可能的，只能爭取探視。他嘆口氣說，對方的律師肯定會努力把馬克和樂樂分開，現在也只能先把馬克保釋出來。
這一天，艾真接樂樂出院，樂樂問媽媽馬克呢？艾真卻斬釘截鐵的說馬克不會來的。樂樂懇求她等馬克一會，艾真說馬克并不知道樂樂什么時候出院，樂樂天真的問沒有人告訴他嗎？艾真搖搖頭，樂樂的神情頓時失落下來，乖巧的坐上車，卻久久的看著車窗外不再言語。
艾真帶樂樂回到酒店，她給樂樂準備了很多的玩具想要討她歡心，樂樂卻絲毫沒有笑意。乖巧的她沒有哭鬧，而是向艾真請求到窗邊坐著，一個人眺望著遠處的燈塔，仿佛這樣就能看到馬克的身影。
馬克終于被保釋出來回到了深夜食堂。阿龍說雖然馬克被保出來，但艾真堅持是馬克抱走了自己的孩子，不讓馬克和樂樂見面。這件事連律師也完全沒有對策，馬玲玲安慰失魂落魄的馬克眾人一定會幫他，鼓勵他一定要堅持住。面對眾人的幫助和鼓勵，馬克忍不住淚流滿面。
艾真一覺醒來后，發現樂樂失去了蹤影。在房間里找了一圈后，她才發現樂樂竟然在浴室刷牙，失而復得的感受讓她忍不住哭了出來。艾真給樂樂點了一桌豐盛的早飯，樂樂說自己以前只會煎蛋，艾真安慰她自己以后都不會讓她做家務。樂樂發現艾真和自己都不喜歡吃蔬菜很高興，看著樂樂開心的笑臉，艾真正感到高興，卻收到嚴律師發來的消息說馬克想要和自己和解，而且想見樂樂，她毫不猶豫的拒絕了。
馬克一大早就到深夜食堂找老板學說話，老板卻猶豫的說，也許樂樂跟著媽媽會更好，馬克感受到了背叛，氣沖沖的走了。
馬克想起以前和樂樂在一起的快樂時光，他決心一定要學會說話和寫字，證明自己能夠照顧樂樂。另一邊，樂樂在艾真無微不至的照顧下，母女間的關系越來越好。
馬克和艾真帶著雙方的律師進行法庭調解。嚴律師證實樂樂出生被偷時馬克正在外海出海，不可能偷孩子。而且，五年來馬克的確非常努力在改善樂樂的生活品質。對方律師卻抓住馬克是一名不識字的聾啞人，不可能給孩子帶來好的生活環境，當孩子發生危險時，他也無法立刻做出反應。聽到律師的話，著急地馬克立刻拿出一本童話書，一字一頓的證明自己可以說話，法官和律師都不理解他的行為，場面一時無法控制。馬克哭著請求說自己可以照顧樂樂，艾真卻無視馬克的目光匆匆離開了。
經過這一番鬧劇，艾真還是沒有同意馬克見樂樂，卻不再追究馬克抱走樂樂的責任。老板安慰馬克起碼不用再擔心法律責任，但面對失去樂樂的打擊，馬克依舊十分痛苦。
寂靜的夜，空蕩蕩的深夜食堂只剩下馬克和老板。
老板對馬克說，可能這個世界上，沒有誰比自己更了解重新開始，這一切都是命中注定。五年前，老天爺將樂樂派來給大家帶來歡樂，現在，老天爺又將她媽媽派來，她也會給拼盡全力給樂樂愛，甚至給予樂樂馬克和大家不能給的。當初樂樂被偷走，艾真承受的痛苦比任何人都要多，也許現在，是時候把樂樂還回去了。
老板說，樂樂不是離開，她是回家了。馬克喃喃地重復回家兩個字，眼角的淚不自覺掉了下來。
這一天，老板到酒店等到了樂樂和艾真。樂樂看到老板立刻興奮地沖上來擁抱他，問他是不是代替馬克來接她回家的。她偷偷告訴老板，艾真也不愛吃蔬菜。她還將手里一直留著的奶黃包給老板讓他帶給馬克。老板說如果她就這樣將樂樂帶走，會留給她一輩子的痛苦和遺憾。艾真終于被打動了。
老板將樂樂和艾真帶到店里，親手為她們做了一份樂樂兩歲起，每周五都會吃的的蔬菜補充套餐。老板告訴艾真，樂樂從小就不愛吃蔬菜，自己和馬克想了各種辦法，最后把青菜混到了漢堡的肉餅里。艾真在樂樂的請求下嘗了一口，一向不吃蔬菜的她竟然感到非常好吃，這讓她非常驚訝。
老板說，這五年，大家和樂樂像是一個大家庭。阿龍教樂樂體育，小壽叔教樂樂美術，馬玲玲教樂樂跳舞，馬克是樂樂的大玩具，自己則是她勞動課的老師。正說著，馬克進來了。艾真立刻站起來想帶樂樂離開，老板卻說馬克只是想來做個道別。
樂樂看到馬克立刻興奮起來，兩人像往常一樣互相喂對方，傾訴著彼此的思念。一旁的艾真看著他們父女的樣子大受刺激，她大聲的說，難道因為馬克是聾啞人自己就要給他時間，這五年來自己過得是什么生活又何嘗有人能夠理解。她轉身沖出深夜食堂，在巷子口痛哭起來。老板跟了出來，等到艾真情緒平復，他才說不是因為馬克是聾啞人才需要理解，樂樂會跟她走，但畢竟樂樂和馬克相處了五年，他們都需要一個完整的告別才能重新開始生活。
艾真回到家，翻出自己從懷孕聽到樂樂的心跳，到每一年樂樂過生日時給她的錄像，想到這些年的喪女之痛，她不禁淚流滿面。樂樂聽到動靜走了出來，她問艾真為什么爸爸沒有和她一起來找自己，艾真說因為樂樂的爸爸以為一輩子都找不回樂樂，和她分開了。
樂樂小心翼翼的問，艾真是不是在生自己和馬克的氣，艾真沒有回答。兩人一起翻看樂樂還在媽媽肚子里的照片，艾真一邊流淚一邊說，這些年自己一直在想什么時候才能找回她。誰料樂樂說自己會和艾真回家，但希望她不要在生馬克的氣。她撫摸著艾真的頭發說，馬克還有大家，但艾真只有自己了。看著貼心的樂樂，艾真忍不住將她擁入懷中，此刻她才真正相信，這是她的小棉襖，她終于回來了。
艾真帶著樂樂到出租屋收拾行李，樂樂打著手勢交代馬克要好好照顧自己。馬克紅著眼安慰她，想自己的時候閉上眼就能看到他了。看著轎車遠去的背影，馬克再也忍不住跪倒在地，像個孩子一樣嚎啕大哭起來。
樂樂離開兩天后，馬克收到了一封信，里面裝著一張機票，他將在另一個城市與樂樂重逢。
生命中的得與失往往不在我們預期中，卻往往又因為愛而重逢。馬克在一次偶然得到了樂樂，因為愛而放手，艾真在一次意外失去了汪靖真，因為愛而獲得了另外一群同樣愛著樂樂的人。至于對錯，誰又能真的說得清呢！
晨曦的微光里，一個四十多歲的短發中年婦女抱著一個小男孩匆忙的逃亡著，她們躲到了一個破舊的棚屋里。不多時，幾個穿著黑衣的男子追了過來，聽口氣，似乎是男的欠債跑了，來追他的老婆孩子抵債的。幸運的是，黑衣人沒有發現她們。
凌晨的海邊十分寒冷，比天氣更寒冷的是人心。絕望的婦人一步步地走進海里，眼看就要被海浪淹沒，身后的孩子一聲聲稚嫩的呼喚著她，她終究沒有狠下心來，跑回海邊一把抱住了孩子。不知道剛剛母親經歷了生死抉擇，小男孩委委屈屈地說自己餓了，兩個人看到海邊不遠處有幾座棚屋，好心的當地人招待母子兩吃酒煮蛤蜊，婦人謊稱自己不餓，懂事的小男孩卻堅持讓媽媽吃一個，一旁的居民都夸他是個孝順的好孩子。
離開后，婦人背著小男孩在海邊走著，小男孩說等自己長達以后換自己來背媽媽，這讓婦人十分感動，她決心不管再苦要把孩子養大。
時光一去如流水。
這天的深夜食堂格外的吵鬧，原來是阿蓮姨正大聲敲著桌子催促老板給自己弄吃的。
深夜食堂一般不接受醉酒的客人，但阿蓮姨是個例外。她還是店里唯一可以買一送一的客人，這是她連續糾纏了老板一百多天換來的福利——買一瓶啤酒送一份酒蒸蛤蜊，也僅限如此。看見阿蓮姨酒醺醺的模樣，泡面三姐妹嘀咕著如果阿丈換一個母親，自己還考慮追他，誰料被阿蓮姨聽見了。四個女人你一言我一語的吵鬧起來，老板見怪不怪的打電話叫阿丈過來收拾殘局，不一會兒，一個二十多歲的青年跑了過來，和老板道過歉后，他像往常一樣背著自己的母親回家了。
阿丈有一個認識了七年的女朋友——小柔，最近剛晉升為他們學校新校區的副院長，連帶著阿丈也升職成為體育系主任。但一向孝順的阿丈卻對于這件事有些顧慮，學校的新校區在另一座城市，如果搬過去，他不知該如何和母親交代。眼看女朋友和母親的矛盾越來越深，阿丈也越來越為難。但是，這樣嗜酒如命，又愛鬧事的母親，如果真的離開自己，又該如何生活呢？
這一晚，阿蓮姨又在深夜食堂喝的酩酊大醉，阿丈帶著小柔過來接她，醉醺醺的阿蓮姨對食客們說小柔是管家婆，自己很煩她，這讓小柔非常尷尬。一番折騰后，阿蓮姨還是被阿丈背回家了。約會約到一半的小柔孤零零的坐在深夜食堂里，看著眾人或同情或看熱鬧的眼神，心情跌到了谷底。
小柔和阿丈攤牌說自己無法接受遠距離的戀愛，不管是為了前途還是愛情，都到了他該離開媽媽的時候了。但從小和母親相依為命的阿丈，卻遲遲無法做出決定。
不知什么時候開始，阿蓮姨從獨立拉扯兒子長大的母親，變成了一個酗酒成性，愛無理取鬧的瘋婆子。阿丈無法理解母親的轉變，但每次看到母親在眾人面前出丑的樣子，他總是無奈又心疼。終于，這天晚上，在女友和母親的雙重壓力下不堪重負的他，一反往日的溫柔，對阿蓮姨大發雷霆然后甩門而去。眾人大吃一驚，被丟下的阿蓮姨也愣愣的結束了胡鬧，黯然離去。
憤然離去的阿丈心里也并不好受。他一個人開車回家，腦海里不斷回放著小柔對自己的勸解，和小時候與母親相依為命的畫面。不管阿蓮姨再胡鬧，她都辛辛苦苦把自己帶大，是自己唯一的親人，他又如何能夠丟下她不管呢？糾結的阿丈心神不定，被一輛大貨車撞到，發生了車禍。
阿丈的病情十分不樂觀，老板從醫院打探到，他已經陷入四度昏迷。阿蓮姨失魂落魄的陪在醫院里不吃不喝，這讓深夜食堂的眾人感到十分擔憂。面臨失去兒子的阿蓮姨再次來到了海邊，十幾年前的那一幕還歷歷在目，但那時候還有兒子的陪伴，現在，她活著還有什么意思呢？阿蓮姨一步步的走進海里，卻忽然聽到了老板的呼喚聲。她轉過頭，看見老板還是那么溫柔地看著自己，手里提著一盒酒蒸蛤蜊。老板讓阿蓮姨多吃一點，阿丈還要她照顧，她還有一場硬仗要打。阿蓮姨幡然醒悟，沒錯，她不能丟下阿丈。
慶幸的是，阿蓮姨和小柔都沒有放棄，反而在照顧阿丈的這段時間，兩人漸漸開始接受彼此，和睦相處起來。也許是感受到眾人的心意，昏迷了整整兩個月后，阿丈終于醒了過來。
阿丈康復出院的那天，深夜食堂的眾人決定為他舉辦慶祝派對。阿丈告訴阿蓮姨，他已經長大了，她也應該放手去過自己想過的生活，做自己想做的事情。令阿丈驚喜的是，小柔和阿蓮姨也認可了彼此。把兒子交給小柔后，阿蓮姨開啟了環游世界的旅程。