距離上一季結尾(Tom登上外星入侵者的飛船)已經過去三個月時間。Weaver仍然是第二獨立團的指揮官，Anne繼續擔當隨團醫生的重任。他們經歷了更多的戰斗，也了解到更多與外星人有關的信息。Pope成了「狂暴戰士」(Berserkers)的指揮官--他們由Weaver不信任的一群人組成，但他們仍然隸屬于第二獨立團。Tom突然回到第二獨立團，所有人都對他「忠誠」感到懷疑。與此同時，Ben不斷挑戰Hal的權威，導致這兩兄弟的矛盾進一步加深。
與外星人在一起的痛苦回憶讓Tom惶恐不安，他擔心外星人對他的大腦動過手腳。負責「審訊」Tom的Pope抓住這個機會來打擊他，在第二獨立團中到處散播對他不利的言論。與此同時，Ben對突擊者越來越憎恨。敵人即將發動新一輪攻擊，第二獨立團找到一座舊橋，希望能順利渡河抵達安全地帶。
第二獨立團進駐一座機場的機庫，但糟糕的通風狀況令Anne開始擔心大家的健康問題。與此同時，「狂暴戰士」計劃除掉Tom。第二獨立團失去一名成員，但一名神秘來訪者給情緒低落的第二獨立團帶來了新的希望。