小燕子得知乾隆有意將塞婭許配給永琪之事氣憤不已，因而和永琪大吵一架，永琪為求安心，立即決定叁見乾隆，好了解事情的來龍去脈。不料卻得知塞婭看上的人選竟是爾康，且乾隆己在拗不過塞婭的堅持，答應了此門婚事。?永琪匆匆將此消息帶給眾人，紫薇一聽之下險些昏倒在地，而爾康也焦急萬分，堅持不愿棄紫薇而娶塞婭，眾人在無計可施的情況下，終於決定將事實真相大白，一行人立即前往叁見乾隆。?乾隆得知真相后氣憤莫名，痛斥眾人串通小燕子和紫薇兩人所犯下的欺君大罪，加上皇后在一旁扇風點火，使得乾隆著實氣昏了頭，不顧小燕子的聲淚俱下，紫薇的親情召喚及眾人的苦苦哀求，在一聲令下，將小燕子、紫薇、金瑣三人，送進了宗人府。
小燕子等人因欺君之罪被送進了形同冷宮的宗人府，里頭不但暗無天日，還得日日與蟑螂、老鼠為伍，日子已過得苦不堪言。更沒料到的是，皇后竟利用私權，在宗人府尚未接到乾隆的命令前，便先行審起了小燕子等人來，甚至還濫用私刑，希望能將三人屈打成招。紫薇不明究理，以為梁大人乃乾隆所派，因而對乾隆失望透頂，故對於梁大人的逼供態度堅硬，堅不認罪，三人也因此被梁大人折磨的傷痕累累。梁大人見逼供不成，只好將三人再度關入牢中。?另一方面，乾隆在令妃及永琪、爾康的求情下，態度已逐漸軟化。但心急如焚的永琪等人，在等不到乾隆的正面會應下，竟找來了柳青、柳紅，自宗人府中將小燕子等三人劫了出來，并打算帶著他們遠走高飛，由爾泰回去料理一切。但紫薇等人深知，爾泰這一回去，真能取得乾隆的諒解嗎？而紫薇也真的無法和乾隆相認嗎？眾人在深慮之下，竟決定驅車一同和爾泰回宮向乾隆求情，留下了驚愕不已的柳青和柳紅。
乾隆得知永琪竟率人去劫宗人府之事后暴跳如雷，立即吩咐福倫帶兵尋回眾人。不料福倫尚未出城，便見到駕著馬車準備回宮的一行人。福倫直覺其中必有隱情，因而立即帶著眾人去見乾隆。?眾人在見了乾隆後苦苦哀求，乾隆想到了這一切事物的發生起點均出於當年自己對夏雨荷的情不自禁，終於態度軟化，原諒了眾人，也認了紫薇。但當乾隆決定將濫用私刑的皇后關入宗人府時，永琪、紫薇等人竟還紛紛替皇后求情，令乾隆驚訝不已、只得作罷。?乾隆雖認了紫薇，也免了小燕子的死罪，但爾康和塞婭的婚事卻無法取消。爾泰為幫助爾康、刻意陪著塞婭游山玩水、比武論試，終使塞婭改變心意，執意非爾泰不嫁。?在眾人的期待下，乾隆下旨封紫薇為“明珠格格”，許配爾康；小燕子改封“還珠郡主”許配永琪，西藏公主塞婭則許配爾泰，“還珠格格”這件烏龍公案，終於歡喜圓滿落幕，但這群年青人們的故事，卻永遠不會輕易結束。