善妒的皇后對于乾隆長期以來的風流韻事早有不滿，此回乾隆居然平白無故冒出了個來自民間的女兒，又被令妃所照料著，更是使她心有芥蒂，強烈排斥著小燕子。但乾隆的整顆心早己沈溺在當年和夏雨荷間山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在對質的過程中有許多敘述不清的地方，乾隆仍舊認定了小燕子就是他失散多年的女兒。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已過世的消息，更令他想藉著這個時機，好好的補償小燕子多年來所欠缺父愛。?在大臣紀曉嵐的建議下，小燕子以義女的名義，被乾隆封為“還珠格格”，并準備在祭天大典時，召告天下世人。紫薇于祭天大典時發覺小燕子竟成了格格，這使她驚訝不已，直覺認定小燕子背叛了自己，因而在街上情緒失控的大吼，卻換來了官兵們的一陣毒打。?爾康發覺事有蹊蹺，將紫薇帶回家中療養，加上紫薇對于夏雨荷之事的詳盡敘述，使得眾人對于小燕子的身份，開始起了懷疑。
小燕子為求能見紫薇一面，居然將自己化妝成了小太監，并打算趁深夜里偷溜出宮，但皇宮禁備深嚴，豈會讓她如此輕易地就離開。乾隆得知此事后，雖然原諒了小燕子，卻也堅定了乾隆要好好教導小燕子禮數的決心。?紫薇得知了小燕子偽裝出宮欲見自已之事而感動不已。在爾康及爾泰的建議下，眾人決議將事實告知永琪，透過永琪的里應外合，盡快讓紫薇及小燕子見面，好讓事情及早水落石出。?小燕子在永琪和爾泰的面前，竟然沒推托的便將事實全招了，而當她得知紫薇如今在福家之時，更是雀躍不已，不分由說的就要立即去見紫薇。?永琪適時向小燕子分析了事情的嚴重性，小燕子這才知道自己犯下了欺君大罪。此時，正巧皇后來探，小燕子不慎冒犯皇后，而被容嬤嬤打了一耳光。永琪見情勢危急，急忙請出了乾隆。
小燕子和皇后間的風波在乾隆的出面后終告平息，但皇后對小燕子的敵意卻是更加的濃厚了。小燕子漏夜寫了封信托永琪帶給紫薇，原來大字不識幾個的小燕子托人帶來的是畫不是信，正當眾人猜不透小燕子畫中之意時，紫薇竟將小燕子的畫用詩表達出來，令眾人對紫薇的才情佩服不已，尤其是爾康。?紫薇從畫中得知小燕子乃是身受重傷才得以入宮，又知道乾隆仍未忘了自己的母親。在深思之下，紫薇決定放棄認親之事，將此秘密永藏心中。正當紫薇打算離開的同時，爾康為留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，爾康此舉令紫薇震懾不已，居然點頭答應留下，也不再掩藏彼此之間早已滋長的情愫。?乾隆為調教小燕子，命令小燕子和眾阿哥等人一同上課，幸得永琪和爾泰的幫忙，才讓小燕子安然渡過此難關，也為平靜的課堂帶來了笑聲及活力。?不料，皇后此時卻降低姿態向乾隆示好，終于由乾隆口中取得了教養小燕子的權力。