《大明皇帝醫案》到底還是失竊了,康熙得知該書是由人市上的苦力拿來換藥的,決定一查到底。黑幫頭子牟九插柳擋道詐錢,被微服私訪的康熙看到了,即令三德子和法印去查牟九的底細和坐車人的身份,原來坐車人是大總管納嵐。牟九到南書屋見納嵐,納嵐要他幫查找醫書的下落。牟九在人市找到連鎖,詐出了醫書的下落,又碰上微服的康熙,牟九見康熙是外地人,欲詐其銀兩,法印、三德子和他打了起來,兵丁起來趕至,兩邊的人鳥獸散??滴跞搜b作和尚撞開黑窩,卻被賊人放惡狗追咬,狼狽不堪??滴鯕鈽O,令于世龍帶兵搗黑窩。
總管府內,納嵐向小妾賣弄自己的權勢,暗地里干著賣官的勾當。于世龍在順天府大堂提審犯人,康熙等人讓馬賽賽在另室認證人,但他們都不是牟九那幫黑窩的人,而是一些流氓地痞。牟九查到醫書落在李木庵手里。連鎖向老老太太坦白了自己為了給她抓藥治病,利用到總管府盤炕的機會,偷了醫書的事,老太太要把自己的房子賣了拿錢把醫書贖回來還給總管府。連鎖卻說自己去順天府投案自首。于世龍查不到醫書的下落,只好提審馬賽賽,馬賽賽給他出了兩個主意。康熙等再回到中藥鋪向李木庵打探醫書的下落,探出是連鎖所為。
老太太被強人搶去的房,在街鄰的具保下,于世龍判發老太太。老太太高高興興領著連鎖回家去,連鎖出去辦事前腳剛走,牟腳后腳便到。牟九綁了老太太,逼她說出連鎖下落。為找到李木奄,康熙等人也來到人市,被誤為是找活干的,被內務府總管府的管家看中,要康熙進府陪害花癡病的小姐說話,康熙舉薦了三德子。牟九逼老太太,危急關頭,康熙、法印趕到趕跑牟九,救下老太?太。?槽子進到總管府,意外見到了小太監偷的銅鼎被小姐丟在上,又發現納總管和牟九有不正常的交往。為了毀掉醫書,納嵐要牟九放火燒了藥鋪、李木庵也被燒死了。