恐龍島發生危機
在2015年侏羅紀公園發生大災難的三年后，納布拉爾島再次成為世界媒體和輿論的焦點。三年里，島上的恐龍自給自足，與人類文明世界相安無事。最近該島長期休眠的火山被重新歸為活躍，且有大規模噴發的跡象，地質學家預測將會發生滅絕事件。關于是否要保護生活在納布拉爾島上的恐龍，引發了全球媒體大討論。美國國會為此召開聽證會，聽取各方述求。
三年前大混亂讓很多人心有余悸，不采取任何預防措施，任由恐龍自生自滅的觀點逐漸占了上風。很多動物保護組織不希望恐龍滅絕事件再次上演，其中就包括了原侏羅紀主題公園的運營主管克萊爾。身為恐龍保護組織的負責人，克萊爾極力游說議員。雖取得了一些成果，但大勢所趨，國會最終決定將恐龍的命運交予上帝裁決。
國會的決議無異于宣判那些存活在小島上的史前生物死刑。就在克萊爾失望之際，接到了一通電話，對方自稱米爾斯，是本杰明·洛克伍德遺產管理人。本杰明·洛克伍德是“侏羅紀公園”的兩位創始人之一，聽到這個名字，克萊爾心中又燃起了一絲希望之火。
按照米爾斯所說的地址，克萊爾應邀來到了位于加州的洛克伍德莊園。一座上百年歷史的古城堡聳立在樹林掩映之間，克萊爾剛下車就被其氣勢所折服。就是在這里，約翰和本杰明共同從琥珀中提取出恐龍基因，讓滅絕的生物重現世間，開辟了生物學新篇章。納布拉爾島、侏羅紀公園，所有的一切都是起始于城堡下的實驗室。
步入大堂，墻壁上眾多人物油畫中，她一眼就認出另一位創始人約翰·哈蒙德的畫像。克萊爾心生崇敬之情，正欣賞著，身后傳來米爾斯的聲音。七、八年前克萊爾和米爾斯有過一面之緣，當時米爾斯剛剛大學畢業，就負責經營本杰明·洛克伍德的基金。二人邊說邊穿過大堂里擺放的恐龍化石標本，走向展示臺。展示臺上是一座環形島嶼的模型，那是米爾斯為納布拉爾島恐龍們找到的庇護所。四周有山脈形成天然屏障，其間水草豐美足夠恐龍在此繁衍生息。
年逾九十的本杰明坐著輪椅來到克萊爾面前，尋找這個庇護所是他和約翰生前的最后愿望，讓那些史前恐龍能自由、不受人類打擾的繼續生存于地球上。這個老人的內心始終充滿了愧疚，當年意氣風發的他們使用了基因技術，就如同還未學會走路就想著跑步的小孩。當意識到危險時，已為時太晚。這座庇護所建立，只能算是本杰明贖罪道路上的一站。
邀請歐文
明白了本杰明的心意后，克萊爾全力以赴要為老人實現愿望。小島上的每只恐龍都有可用于追蹤的ID晶片，如果能利用這點，米爾斯組織的抓捕小隊就可以更快速的捕獲恐龍，在火山爆發前將它們運往庇護所。但三年前的混亂讓島上的控制中心停止了工作，需要克萊爾的掌紋重新登陸，激活追蹤系統。在這些恐龍里，米爾斯更關心的是一只藍色的迅猛龍。它有著僅次于人類的智慧，是世界上獨一無二的恐龍。
克萊爾知道米爾斯所說的迅猛龍是指“小藍”，小藍能在一英里外就察覺到捕獵者的氣味，讓捕獵者永遠找不到抓住它的機會。要想安全轉移小藍，就必須得到一個人的幫助，退伍軍人歐文。歐文曾在“侏羅紀公園”以軍方訓練海豚的方法訓練過迅猛龍，在那段時間里與小藍建立起能夠相互交流的方式。要想找到小藍，非他莫屬。克萊爾馬不停蹄的趕到西雅圖，找到正在雷尼爾雪山腳下，過著悠閑生活的歐文。兩人之間一段短暫的感情史，歐文至今耿耿于懷。而且米爾斯已經聯系過歐文，被歐文回絕。既然話不投機，克萊爾也不勉強。感情的事就是這樣，心里越記恨，實際上越放不下。晚上，歐文獨自坐在電腦前，看著訓練小藍時的錄影資料，想著與克萊爾一起從暴虐霸王龍利爪下死里逃生的經歷，心中改變了主意。
清晨時分，克萊爾來到機場，要搭乘輕型飛機前往納布拉爾島。坐上飛機，她不由自主的透過舷窗望向機場外，巴望著能在最后時刻看到歐文的身影。這時，歐文伸了個懶腰，從機艙最后排座位上坐了起來。克萊爾又驚又喜，臉上卻裝出毫不在乎的表情，簡單的介紹了同行的系統分析師富蘭克林和古生物獸醫琪雅。
飛機在朝陽的照耀下起飛，經過幾小時的海上飛行，終于平穩的降落在納布拉爾島簡易跑道上。故地重游，克萊爾和歐文的心里沒有多少激動，更多的是緊張。前來迎接他們的是綽號“白人獵手”的肯·惠利特，他帶領著百來號人的遠征隊，已在島上工作了幾個月，進展并不理想。
眾人分乘幾輛裝甲車進入園地，遠處的火山冒出滾滾濃煙，發出隆隆巨響。當車隊抵達破敗的接待中心時，一只巨大的腕龍正在啃食著樹頂的枝葉。同樣是第一次見到恐龍的琪雅和富蘭克林態度迥異，琪雅迫不及待的沖出裝甲車，親眼看看這個大家伙。富蘭克林則躲在眾人身后，連大氣都不敢喘。
尋找小藍
到達了本次行程的目的地控制中心，富蘭克林接通門禁系統，打開通往地下室的大門。大地在微微顫動，必須加快速度。一行人進入地下控制室，富蘭克林重啟系統，克萊爾登入后，大屏幕上立刻顯示出每只恐龍所在的方位。除了一部分被抓的恐龍集中在東碼頭，更多的散發在小島的各個地方。
歐文最關心的還是小藍，通過定位得知小藍就在火山口附近。琪雅可不想錯過一探恐龍世界的機會，執意前往。見說服不了琪雅，肯只得指揮手下保護歐文和琪雅進入森林地區。已完成任務的克萊爾和富蘭克林留在控制室，監視小藍的動向。
距離小藍還有一英里，歐文便離開車隊徒步前進，留下其他人等待消息。找到小藍的剛開始，小藍似乎已經忘記了歐文，對他投過來的培根完全沒有興趣。慢慢的，小藍從進攻狀態中平靜下來。還沒等歐文采取進一步行動，本應等待信號的肯卻率領著小隊包抄而來，發射了兩枚麻醉彈。小藍兇性大發，撕咬起武裝人員。慌亂中有人開槍，小藍哀嚎一聲轟然倒地。這顯然不是歐文的計劃，當歐文憤怒的沖向肯時，被麻醉彈擊中，搖搖晃晃倒在了地上。琪雅急忙撲上去，拔下麻醉彈，怒斥肯的行為。
肯兇像畢露，他只要能抓到小藍就行，其他人的傷亡不在他的考慮范圍內。琪雅也在滅口之列，但小藍在麻藥的作用下昏迷不醒，傷口又在不停流血，肯需要她保證小藍平安無事。于是，肯命人將小藍裝上車，帶著琪雅向東碼頭駛去，丟下沒有知覺的歐文躺在火山腳下的泥水里。
火山開始噴發，大地劇烈震動，控制室的水泥墻出現開裂，進出通道的大門自動關閉。富蘭克林想方設法重設門禁，打開大門，可屏幕上卻顯示有只恐龍進入了通道內。是只重爪龍，那對捕食魚類的長爪足以抓斷人的筋骨。哪知禍不單行，墻壁裂縫延伸到了頭頂，巖漿從縫隙中流入控制室，就像一道燃燒的水簾。還好這道水簾擋在了二人與重爪龍之間，克萊爾急中生智，爬進豎井打開緊急出口閥門。
逃過了重爪龍的利爪，克萊爾和富蘭克林隨即要面對更大的麻煩，巖漿如火海般從火山口涌出，噴發出萬噸的火山灰遮天蔽日，還有燃燒的巖石從天而降。遠處山坡上傳來歐文的呼喊聲，原來就在剛才眼看著巖漿流到他面前，求生的強烈欲望讓他支撐著麻木的身體狂奔回來。如果不是琪雅拔出了麻醉彈，只怕他已在昏睡中被燒成灰燼。
歐文的身后就是鋪天蓋地的火山灰，還有同樣在逃命的恐龍。不用歐文出聲，克萊爾和富蘭克林拔腿就跑，向著山坡下奔去。此時再兇猛的恐龍也懼怕大自然爆發出來的威力，顧不上眼前的三個人，只顧著向前奔跑，不要被火山灰吞噬。
逃離海島
一只被遺棄的陀螺球就在前面，這種被設計成球體的雙人觀賞車用來躲避火山灰再好不過。克萊爾和富蘭克林一頭鉆進去，歐文剛想擠進去占個地方，就透過陀螺球的玻璃罩看到一只食肉牛龍沖了過來。對肉的貪婪居然讓它無視即將到來的危險，盯著歐文不放。很快，另一只體型更大的三角龍引開了食肉牛龍的注意。兩只恐龍相互攻擊，將陀螺球彈到了一邊。歐文再想進去，這才發現陀螺球的艙門已自動關閉。
一只霸王龍終結了食肉牛龍和三角龍的搏殺，可霸王龍對戰利品沒有興趣，丟下兩具尸體向山下奔去。火山徹底噴發，火球似雨點砸下。陀螺球在前面行駛，歐文緊跟其后。各種恐龍從他們身邊狂奔而過，無睱顧及其他。
時不時有恐龍被從天而降的火球砸中，讓克萊爾不由得加快了速度。等看到前方懸崖，已來不及停下，筆直墜入海中。剛才還能提供保護的陀螺球，現在卻成了棺材。水很快就從縫隙中滲了進來，克萊爾和富蘭克林拼命拍打玻璃罩卻無濟于事，陀螺球慢慢墜入漆黑的海底。
跟著跳下懸崖的歐文看到了被困的克萊爾。他游向陀螺球，掏出手槍連開兩槍。可玻璃沒有碎裂，反而多出兩個漏水點，加速下沉速度。眼見著海水注滿了整個陀螺球，歐文靈機一動。他游回海面換了口氣，然后潛入水中，從后腰刀鞘中拔出軍刀插入陀螺球艙門密封條中。內外壓力一致，沒費多大功夫就撬開了艙門。克萊爾和富蘭克林急急忙忙游出海面，深深呼吸了一口混著火山灰的空氣，發青的臉總算有了些血色。
三個人筋疲力盡的躺在海岸上，好一會才恢復點精神。克萊爾此時才知道，挽救恐龍根本是個騙局，米爾斯的目標就是小藍。但富蘭克林的平板電腦已浸了水，再想追蹤小藍和琪雅已不可能。這時，一架奇努克直升機沖破滿天火山灰飛向遠處碼頭上的大型渡船，直升機下的鐵籠里還關著一只發出怒吼的霸王龍。更多的直升機從天空掠過，一定是肯的遠征隊準備撤離。三人立刻起身，向碼頭方向跑去。
肯在碼頭上指揮著遠征隊將抓到的恐龍運上渡船，在火山灰到達前，盡快離開碼頭。歐文、克萊爾和富蘭克林躲在碼頭外，遠遠看到渡船里一排排擺放著結實的牢籠，關著不同的恐龍。牢籠不夠，連貨車都成了臨時監獄。既然肯早就捕捉了那么多恐龍，卻還要歐文提供支援，更讓歐文確信這是場騙局，肯或者說是米爾斯為得到小藍不擇手段。可他們的目的是什么，歐文和克萊爾就猜不出來了。
遠遠看到肯硬生生從一只劍龍嘴里拔下一顆牙齒，讓克萊爾著實心痛。再觀察了一會，就看到仍處于昏迷之中的小藍和嘴里不停怒罵著的琪雅被押上了船。火山灰和熔巖越來越近，遠征隊丟下輜重，急忙上船。趁著混亂，三人跑出藏身處跳上一輛卡車向碼頭疾駛。渡船正在駛離碼頭，開車的克萊爾不及細想，緊踩油門沖進了渡船的卸貨艙。
驚魂未定的遠征軍沒人發現這輛最后上船的卡車，他們都注視著遠處如同煉獄的海島。那些無處可去的恐龍在碼頭上、海岸邊悲鳴，似乎知道即將到來的命運。它們的聲音在濃霧般的火山灰中越來越輕，高大的身影消失在了陣陣火光之中。
米爾斯的計劃
運載著恐龍的渡船安全離開了納布拉爾島，讓米爾斯長舒了一口氣。他處心積慮要得到小藍，是有他不可告人的目的。米爾斯從大學畢業后就管理著洛克伍德家族的基金，三年前那場禍事讓基金會不得不支付巨額賠償以平息受害民眾的集體訴訟。為了挽回損失，他絞盡腦汁。在看到暴虐霸王龍的威力和歐文訓練小藍的視頻后，他有了靈感.......
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