電影《哥斯拉大戰金剛》結局：金剛作為島內原住民的守護神，啞巴吉婭對它十分仰慕。此時正有人密切監視著金剛，吉婭也是監視者之一。Apex組織的員工伯尼偷偷收集怪物資料，欲公布于眾，誰知基地突然遭受哥斯拉攻擊，瞬間陷入一片火海。麥迪森為能搞清楚哥斯拉襲擊的原因，便和黑客朋友喬什找到伯尼，從中獲取有關Apex組織的陰謀。
Apex領導人沃爾特闖入科學家內森的辦公室，同行者還有芹澤仁博士。兩人希望尋求內森幫助，欲得到地球中空空間的某種物質對付哥斯拉。內森抵達骷髏島，與女博士艾琳等人將金剛運上航空母艦，前往南極洲，怎料哥斯拉竟對航母發動猛烈攻擊。關鍵時刻，金剛掙脫鎖鏈，試圖還擊，奈何完全不是哥斯拉的對手。內森下令關閉所有武器以及發動機，佯裝投降，哥斯拉見狀停止攻擊，隨即潛入深海離開。麥蒂森和喬什跟著伯尼來到Apex基地，沒想到基地內的增強裝置早已不見蹤影，三人貌似發現轉移路徑，神不知鬼不覺地潛入地下建筑。在這個陰暗冰冷的地方，三人發現生物卵時，突然一同被吸進Apex搭建的超高速隧道。內森改變計劃，將金剛送往中空空間，看到超乎人類想象的新奇世界。隨處可見的龐大生物，金剛根據記憶找到祖先的棲息地，四周都是發著藍色光芒的能量。麥蒂森三人快速轉移到香港，并在香港基地內看到人造泰坦，那是一具完全由機械結構組成的哥斯拉。伯尼和喬什他們打算離開時，骷髏獸突然掙脫出來，瘋狂攻擊人類，結果遭到機械哥斯拉的反擊。由于機械哥斯拉缺少能量源，瑪雅不顧內森阻攔，堅持命令手下采集藍色能量，并以最快速度傳到香港。機器哥斯拉被激活殘存意識，不斷大肆破壞地球。麥蒂森還在尋找Apex組織的秘密，結果發現操控機器哥斯拉的人，正是芹澤仁博士。沃爾特和Apex的陰謀浮出水面，吉婭用手語告訴金剛所有真相。最終，金剛選擇與哥斯拉聯手，終將機械哥斯拉變成四分五裂。大戰結束，哥斯拉消失在大海深處，吉婭與艾琳注視著遠處的金剛，看著它站在山峰之巔。