憲兵隊發現了張天宇的行蹤以后與之交火，蘇海龍和關玉格格趁機接近劉掌柜，劉掌柜用盡最后的力氣說出了疫苗配方藏匿的真正地點。張天宇走投無路只能與曾紹華見面，此時曾紹華還不知道張天宇的險惡用心，并且將蘇海龍和曾孝明的行動路線透漏給張天宇，命令張天宇暗中保護曾孝明的人身安全。此時張天宇得到了寶貴的消息以后，一路尾隨蘇海龍等人前往西營鎮的東平教堂尋找疫苗配方的下落。蘇海龍等在前往西營鎮的路上，與許二彪相遇。正當許二彪準備盤問蘇海龍等人的時候，遠處出現了日軍的巡邏小分隊。蘇海龍和曾孝明兩人通力合作將巡邏的日軍小隊全部消滅，許二彪暗自感嘆蘇海龍二人的實力，決心跟著蘇海龍抗日殺鬼子。劉子健利用日本軍部的觀摩團準備進入第100部隊參觀的機會，想要拿到第一手資料，在國際社會進行公布。暗中也到達了西營鎮，劉子健首先來到特高課在西營鎮的聯絡點玉衡藥店，通過與掌柜的交談了解到，蘇海龍等人的動向已經被中村太郎所掌握，未能哼保證蘇海龍等人順利完成任務找到疫苗配方，劉子健果斷出手，將玉衡藥店的聯絡點摧毀，再尋找機會通知蘇海龍等人。正當蘇海龍等人準備進入西營鎮的時候，無意間發現一支神秘的部隊在荒野中焚燒尸體。眾人向西營鎮進發，中村惠子在暗中留下標記。中村太郎得到消息以后，派出部隊秘密的跟隨著蘇海龍等人。張天宇搶先一步到達西營鎮，并且事先將復興社在西營鎮的聯絡站摧毀，等候著蘇海龍等人的到來。在西營鎮蘇海龍等人與秦牛和杜三匯合，共同前往復興社的聯絡點。張天宇在高處靜靜的注視著蘇海龍和曾孝明的一舉一動，曾孝明在聯絡點外使用暗號，見沒人應答隨即與蘇海龍進入院內，發現整個站點的人已經全部被殺，蘇海龍通過偵查發現有可能是復興社內部出現了叛徒。遠處一支日軍小分隊正在不遠處執行監事任務，張天宇在高處開槍引起了蘇海龍和日軍小分隊雙方的注意，蘇海龍等人與日軍小分隊發生槍戰，張天宇趁勢坐收漁翁之利，蘇海龍等人并不想戀戰，在撤退過程中中村惠子在墻上悄悄的留下了記號，時刻想中村太郎匯報蘇海龍的行蹤。
正當蘇海龍等人在房間內休息的時候，蘇海龍覺察到有陌生人接近，正準備動手的時候，發現出現在自己面前的正是劉子健。此時劉子健告訴蘇海龍，小分隊內部一定有特高課的潛伏人員，蘇海龍請劉子健放心，中村惠子的身份自己已經知道。蘇海龍表示只要有中村惠子在身邊，小分隊暫時還是安全的。劉子健將自己在第100部隊拍攝的膠卷轉交給蘇海龍，希望蘇海龍能夠將膠卷平安帶到新京。一直帶暗中監視蘇海龍等人的張天宇，很快就被中村太郎所抓獲。在中村太郎的嚴刑拷打下張天宇叛變。一直與蘇海龍等人失散的虎子、姜峰和小蜜蜂在西營鎮外等候著蘇海龍，在休整期間被日軍小分隊所抓獲押往西營鎮。蘇海龍等人在西營鎮發現了虎子的行蹤以后，冒險進入日軍指揮部準備進行營救。中村太郎的得知此事以后，立即命令借助此次機會，將虎子等人運往別處，并且命令特戰小分隊化裝成游擊隊在途中解救虎子等人，趁機潛伏在虎子等人身邊。蘇海龍等人一路追趕，發現日軍士兵正在為死去的游擊隊員收斂尸體，經過詢問蘇海龍等人識破了中村太郎的軌跡。
當蘇海龍等人與虎子再次匯合的時候，蘇海龍和曾孝明運用計謀，讓化裝成游擊隊的日軍特戰小隊現出原形，并且將其一網打盡。眾人趕往東平教堂，發現整個教堂已經被日軍所占領，無奈之下只能強行營救神父，然而在撤退的路上神父身負重傷不治身亡，不識字的許二彪埋葬神父的時候，在神父的鞋中找到了疫苗配方卻當成了普通的書信揣在衣服中。蘇海龍根據掌握的第100部隊的情報，決定聯絡抗聯第一軍的部隊，摧毀第100部隊，毀掉細菌武器的源頭。蘇海龍將手中的關于第100部隊的罪證的膠卷交給曾孝明，希望曾孝明能夠回到新京通過復興社的渠道將其公諸于世，曾孝明再次被蘇海龍的信任所感動，也有了加入共產黨的念頭。蘇海龍將中村惠子留在身邊，眾人分成兩隊向第100部隊進發。在行進過程中蘇海龍故意為中村惠子創造傳遞消息的時間，然后再將消息調換，徹底切斷了中村惠子與中村太郎之間的聯系。一切都在按著蘇海龍的計劃進行，姜峰等人也順利到達了東北抗日聯軍第一軍的軍部，一軍長聽說蘇海龍已經掌握了第100部隊的行蹤，隨后馬上派兵跟隨姜峰和關玉格格前往與蘇海龍匯合。蘇海龍等人在第100部隊外圍的村子中，再次詳細的掌握了100部隊的內部兵力部署，并且伏擊了運送百姓前往第100部隊的車隊，解救了眾多的百姓，帶著抗聯的隊伍偽裝成運輸隊進入第100部隊的營區，眾人按著事先的分工各自行動。蘇海龍和秦牛負責攻擊第100部隊的指揮中心，虎子等人負責進入監區營救被關押的百姓。當眾人安全撤離的時候，杜三引爆了早已經安放好的炸藥，整個第100部隊淹沒在一片火海之中。此時外圍的增援日軍涌向第100部隊，姜峰帶著抗聯的士兵接應蘇海龍等人，中村惠子感到自己已經沒有潛伏的價值以后，殺死身邊的守衛逃往西營鎮與中村太郎見面，在激烈的戰斗中小蜜蜂壯烈犧牲。