奧利弗僥幸躲過一劫，趁這個難得的時間，與費利西蒂一起在家為威廉做頓像樣的晚餐，重新營造家庭應有的溫馨氛圍。其他人也在這段時間里，處理自己的事。萊拉陪著約翰在醫院檢查右手的康復情況，雷內和女兒佐伊在家觀看激烈的冰球直播，柯蒂斯與男友尼克的感情升溫，黛娜則獨自扮演著金絲雀追查迪亞茲的手下。他們都沒想到，平靜的水面下，一股暗流正在涌來。
正要享用晚餐的奧利弗接到阿納托利發來的消息，讓他盡快離開。短短幾個字就已經說明危險來臨，幾名武裝份子從天而降，站在陽臺上對屋內掃射。費利西蒂機警的拽著威廉躲在沙發后，還不忘向其他人發出警告。奧利弗單槍匹馬對付沖進屋里的槍手，將他們一一制服。其他人也在收到費利西蒂的警告后提高了警惕，讓迪亞茲派去的殺手沒能得逞。這次襲擊事件，只有柯蒂斯的男友尼克受傷入院，無性命之虞。
除了突然襲擊，迪亞茲還派人縱火燒毀了綠箭的地堡。將兒子威廉送去安全地點后，奧利弗只得和其他人一起來到黛娜小組的基地，商量反擊對策。奧利弗、約翰和黛娜、柯蒂斯、雷內再次聯手，是一大戰術優勢。但奧利弗相信，以迪亞茲的心機必定早已有所防備。要想出其不意，只有通過阿納托利。
阿納托利因不滿迪亞茲卑劣的行事風格，已有心將他除掉。與奧利弗秘密接觸后，兩人商定由阿納托利想辦法讓迪亞茲離開老巢，以便奧利弗等人伏擊。于是阿納托利以保護為名，建議迪亞茲前往戒備森嚴的星城警局。就在迪亞茲坐著防彈車轉移的途中，綠箭率領眾人半路攔截。迪亞茲在混戰中奪路而逃，卓越見狀奮不顧身的追了上去。
卓越因為尼克受傷對迪亞茲窮追不舍，但搏斗并不是他的長項，很快就被迪亞茲打倒在地，腹部還被捅傷。綠箭遠遠看到卻來不及救援，正焦急之時，他看到迪亞茲舍棄了受傷的卓越，抓起一副掉落在地上的項鏈后匆忙逃走。
這時，四分體領導人之一的卡薩門托和星城警察已趕來支援迪亞茲，眾人只得撤離，日后再做打算。迪亞茲雖然并沒受傷，但心中起疑。之前有人通風報信，偷襲奧利弗等人未能得手。現在奧利弗又得知他的轉移路線，分明有內奸。迪亞茲首先懷疑到阿納托利，老奸巨滑的阿納托利毫不慌張，誰都知道他早已和奧利弗反目成仇。阿納托利順水推舟把嫌疑推給了卡薩門托，如果不是卡薩門托，她又怎么可能這么快就知道迪亞茲遇襲。迪亞茲想到此前，卡薩門托的確對自己還沒能完全掌控星城頗有怨言，不由得相信了阿納托利的鬼話。既然四分體不義在先，迪亞茲便決意取而代之，將另三名領導人清除，獨占四分體的所有資源。
在黛娜小隊的基地里，費利西蒂正努力調查是什么項鏈對迪亞茲如此重要。她查到，項鏈的掛墜是枚軍事級別的加密存儲器，其中必有非常重要的資料。使用嗅探器，應當能得到存儲器中的資料。可迪亞茲躲在星城警局不現身，無法將嗅探器置于可探測的范圍內。
萊拉自告奮勇，愿以國家機構天眼會主管的身份進入星城警局，放置嗅探器。星城警局雖被迪亞茲暗中操控，表面上則仍屬于國家執法機構，不能拒絕萊拉的要求。約翰自然支持妻子的決定，奧利弗卻擔心同去的費利西蒂會有危險。但事態緊急，已容不得奧利弗猶豫不決。萊拉和費利西蒂開車到警局停車場，萊拉進入警局要求警員配合調查迪亞茲，偷偷將嗅探器放在隱蔽處。坐在車里的費利西蒂接收到信號，立刻遠程下載。
人算不如天算，在機房里命人檢查存儲器是否有損壞的迪亞茲看到屏幕上顯示資料正被復制，便猜到萊拉此行的真實目的。萊拉也從周圍警員不懷好意的眼神中知道自己已經暴露，立刻發出求救信號。潛伏在附近的綠箭、斯巴達和金絲雀沖入警局，爆發一場混戰。停車場里的費利西蒂不顧危險進入警局，拿到嗅探器便往外跑，根本沒看到身后迪亞茲舉起的手槍。綠箭急忙射出爆裂箭，把迪亞茲震倒，費利西蒂才得以安全脫身。
資料已經到手，所有成員隨即撤離。在基地里，費利西蒂看一眼文件名，就知道資料內容是迪亞茲的賬簿。只要了解迪亞茲的經濟來源，就能把他徹底擊垮。可費利西蒂急于破解，沒有注意加密程序中暗藏的木馬。一旦開始破解，木馬就會將破解地點發送出去。沒過多久，迪亞茲就率領特警隊將基地團團包圍，并施放毒氣。不愿放棄的費利西蒂堅持守在主機前等待破解完成，奧利弗只得讓其他人先行離開，自己陪在費利西蒂身邊。雷內離開前把引爆器交給了奧利弗，萬不得已時，就引爆基地里的炸彈，與迪亞茲同歸于盡。
基地內的毒氣越來越濃，費利西蒂已經無法堅持。奧利弗抱起幾近昏倒的費利西蒂向撤離地點跑去，卻意外遇到了迪亞茲。迪亞茲頭戴防毒面具，并不受毒氣影響。奧利弗無奈按下引爆器，只見爆炸沖擊波將迪亞茲高高拋起，摔下樓梯，正好讓出了撤離通道。奧利弗抱著費利西蒂安全逃出基地所在的大樓，身后騰起一片火光，大樓慢慢倒塌。
一天之后，萊拉帶來消息，法醫并沒有在大樓廢墟中找到迪亞茲的尸體。大家都很失望，迪亞茲還活著，賬簿又得而復失，可謂竹籃打水一場空。事已至此，奧利弗決定尋求幫助。他來到沃森探員的辦公室，希望聯調局能阻止迪亞茲的勢頭。沃森提出了兩個要求，第一是奧利弗親口承認自己就是綠箭，奧利弗照辦了。然后奧利弗緊張的看著沃森，不知道她會提出什么更苛刻的條件。
綠箭和黛娜小隊聯手，再加上天眼會和聯調局的協助，橫掃了迪亞茲的大本營——星城警局。可迪亞茲事先得到了消息，讓綠箭等人撲了個空。政府部門里有太多人效忠迪亞茲，除非拿到迪亞茲U盤里的名單，否則根本沒有證據對他們進行調查。奧利弗再次想到了阿納托利，不一會阿納托利就主動來警局向聯調局自首，還帶來了與迪亞茲匯合的地址信息。
要在星城展開行動，沃森探員需要代理市長昆汀的授權。在簽署授權令時，迪亞茲打來了電話，以勞蕾爾的性命威脅昆汀趕走聯調局。昆汀斷然拒絕，只要抓到了迪亞茲，勞蕾爾自然就會安全。可昆汀大錯特錯，已經對阿納托利產生懷疑的迪亞茲怎么可能給他真正的碰頭地點。綠箭、約翰和沃森各領一隊分頭搜索時，沃森一組正踏進了陷阱。幸好費利西蒂阻斷引爆信號七秒鐘，才給了沃森和雷內從大爆炸中逃命的機會。
行動失敗，讓昆汀開始擔心起勞蕾爾的安危。沃森卻只想著抓捕迪亞茲，要求昆汀以見勞蕾爾為由與迪亞茲見面。至于勞蕾爾是否會有危險，根本不在她的考慮范圍之內。奧利弗很清楚昆汀的顧慮，承諾會保護勞蕾爾。聽到這話，昆汀拍了拍自己的胸口。幾年前他植入了心臟起搏器，經受不了太大的刺激。
恰好，迪亞茲再次打來電話，讓昆汀重新考慮趕走聯調局的建議。昆汀順勢要求與勞蕾爾見面以確認其是否安全，其他人則開始著手準備抓捕迪亞茲。迪亞茲非常狡猾，昆汀預料到他不可能把勞蕾爾帶來。還沒等沃森下令行動，他就主動說出有聯調局監聽。迪亞茲立刻把他推上車，飛快駛離聯調局的包圍圈。
昆汀的做法讓沃森很憤怒，奧利弗則相信昆汀一定另有想法。突然奧利弗想到昆汀提到的心臟起搏器，看似無意，其實就是一種追蹤途徑。費利西蒂從醫療數據庫中調取編碼，遠程追蹤到昆汀就在郊外的廢棄化工廠。
各小組立即行動，打得迪亞茲及其黨羽措手不及。綠箭看到牢籠內，勞蕾爾跪在地上，懷里抱著腹部中彈的昆汀。昆汀不肯屈服于迪亞茲的淫威，奮不顧身替勞蕾爾擋下子彈，已是奄奄一息。黛娜拋棄前嫌，斷開勞蕾爾脖頸上的聲波抑制器。兩人合力將昆汀救出化工廠，送上救護車。
綠箭緊追迪亞茲來到廠房屋頂。廠房邊是河灣，無路可逃的迪亞茲還想負隅頑抗。綠箭有意與他過了幾招，隨后手持箭支扎穿他的肩頭。失去抵抗能力的迪亞茲搖搖晃晃的站在樓頂，拒不投降。不想趕來的勞蕾爾一聲怒吼，將他震出樓頂，直落百米墜入滔滔河水。
雖然奧利弗不相信迪亞茲會就此斃命，但沃森認為已經可以結案，也到了宣布協議的時候。眾人這才知道，奧利弗以投案自首為條件，換取了其他人的豁免。此時，手術室傳來令人更加悲痛的消息，昆汀的傷勢過重，沒能挺過手術。
在這個傷心的結局里，唯一讓人欣慰的是，奧利弗拿到了迪亞茲U盤里的數據。迪亞茲把它掛在胸前，時刻不離身。綠箭與他纏斗時，安裝在手套中的嗅探器有足夠的時間下載全部數據。破解了其中的資料，所有與迪亞茲有勾結的政府官員一一被聯調局逮捕調查，星城又回到了人民的手中。
當奧利弗遵守與沃森的協議，雙手被扣走出星城警局時，門外已擠滿了媒體記者。奧利弗公開承認了自己的另一個身份，為羅伊·哈珀和湯米·梅林洗清嫌疑。隨后他被押送至看管最嚴格的監獄，這里關押著很多“老熟人”，個個對綠箭恨之入骨，奧利弗將在此等待自己的最終命運。
(第六季劇終)