距離煉獄島爆炸已過去了五個月，雖然蔡斯伏法，可大家心中仍難掩悲痛。大部分人都安全的登上天眼會的補給船，但威廉的母親薩曼莎死于非命，西婭也昏迷不醒僅靠儀器維持著生命。威廉失去了母親，奧利弗必須承擔起照顧兒子的責任。他特地請來保姆蕾莎照看威廉的飲食起居。只不過在威廉心中，奧利弗永遠是害死母親的壞人。即便如此，奧利弗還是要擔起懲惡揚善的職責，剛剛還挫敗了一起利用導彈空襲星城的恐襲事件。卓越先生巧妙的通過T形球誘使導彈偏離航向，在海面爆炸。主犯艾利克斯·浮士德也被綠箭小隊繩之以法，交給了星城警局。
剛升任為副隊長的黛娜還沒有心思審訊那個慣于敲詐各大城市的浮士德，她更擔心的是昆汀。身為副市長，昆汀卻沒有到警局來檢查即將舉行的警校畢業(yè)典禮方案，而是坐在吧臺前，呆呆的看著面前的三杯龍舌蘭。在煉獄島爆炸后，他和黛娜向東尋找補給船時遇到了黑海妖勞蕾爾。為了救黛娜，昆汀親手向勞蕾爾開了一槍。看著女兒倒下，他的心也隨之墜入深淵。黛娜趕到酒吧安慰昆汀，不想警局在此時遭到襲擊。襲擊者不僅救走了浮士德，還將警局夷為平地。
黛娜在媒體趕來前提取了警局的監(jiān)控，驚訝的發(fā)現(xiàn)闖入者竟然是勞蕾爾。親眼看到勞蕾爾死亡的昆汀和黛娜都無法解釋，更不知道她是如何離開的煉獄島。昆汀有種預感，勞蕾爾回來是為了復仇，報那一槍之仇。當天眼會查到黑海妖及其雇傭兵的線索后，昆汀毅然決定隨同綠箭小隊一起行動。
在夜晚的高架橋上，金絲雀黛娜的吼聲逼停了黑海妖的廂式貨車。其他成員隨即一擁而上，發(fā)動攻擊，擊斃雇傭兵的同時，要求務必活捉黑海妖勞蕾爾。以黛娜的戰(zhàn)斗經(jīng)驗還不足以制服勞蕾爾，一旁的昆汀卻在此時猶豫了一下，黑海妖抓住機會逃之夭夭。另一邊，斯巴達開槍營救陷入險境的野狗雷內。出乎所有人意料，斯巴達的子彈打歪了，這是從來沒有發(fā)生過的事。身后的綠箭出手補救，但雷內還是被雇傭兵射中胸口。
一場戰(zhàn)斗下來，非但沒有找到浮士德，還逃走了勞蕾爾，雷內又受重傷，唯一的收獲就是車上的GPS芯片。費利西蒂調取芯片內的信息，查到一間倉庫。金絲雀和斯巴達迅速抵達倉庫，從一堆廢棄的裝備中發(fā)現(xiàn)一張圖紙。圖紙上有詳細的市政廳結構以及周邊最佳狙擊點，想到警校畢業(yè)典禮改在市政廳舉行，很明顯勞蕾爾和浮士德在計劃下一場恐怖襲擊。
約翰心里很清楚，在煉獄島爆炸時，自己的右肩被飛來的重物擊傷，才會無法瞄準。因此這一次市政廳的保衛(wèi)工作，他主動要求留守地堡，費利西蒂則到現(xiàn)場協(xié)助柯蒂斯掃描爆炸物。奧利弗等人沒有察覺約翰的異常，全部抵達市政廳，應對即將到來的突發(fā)事件。
可整個典禮風平浪靜，直到尾聲市長奧利弗演講結束，也沒有任何情況發(fā)生。就在大家以為勞蕾爾改變計劃時，黑海妖和浮士德卻帶領雇傭兵出現(xiàn)在地堡之內。斯巴達發(fā)出警報，然后大戰(zhàn)雇傭兵。他不再使用武器，而是改用雙拳。但畢竟雙拳難敵四手，還好綠箭小隊的其他成員及時返回，殺退敵人。黑海妖勞蕾爾在撤離途中，遇到了姍姍來遲的昆汀。似曾相識的情形，昆汀顫動的手指卻無力摳動扳機，眼睜睜看著勞蕾爾得意的從身邊走過。
浮士德在地堡各處布置了炸彈，但其威力不足以摧毀地堡。如果說倉庫里的地圖只是個幌子，那這些炸彈很可能同樣是障眼法，為了掩蓋黑海妖的真實目的。清點了地堡里的所有裝備武器后，柯蒂斯發(fā)現(xiàn)，自己的T形球原型不見了。原型?T形球只是個概念產品，并沒有殺傷力，沒有人能猜出黑海妖大費周章的偷走它有何用意。
風波暫時平定，受傷的雷內馬上就能出院，斯萊德也將去尋找自己的兒子。奧利弗目前最大的心愿就是西婭能蘇醒過來，還有就是和兒子威廉解開心結。可還沒等他松口氣，又一件事情發(fā)生了。電視上播出重大新聞，有匿名者提供了一張監(jiān)控照片，能解開過去兩年來星城最大的謎題——綠箭俠的真實身份。屏幕上赫然出現(xiàn)穿著綠箭戰(zhàn)袍，退下兜帽的奧利弗。此時的奧利弗只覺得空氣瞬間凝固，他也不知道如何度過這一關。
52頻道一經(jīng)播出綠箭俠的照片后，全城的目光都集中到了市政廳。奧利弗在成群的記者面前，堅決否認自己就是照片中的綠箭俠，但仍無法消除人們的疑惑。聯(lián)邦調查局專門派來探員莎曼達·沃森調查此事，奧利弗一看她不茍言笑的態(tài)度和堅毅的眼神，就知道碰到了個難纏的家伙。此外，還令奧利弗頭痛的是，兒子威廉在學校被人毆打，只因為有些學生討厭綠箭的存在。這讓剛有所緩解的父子關系，又蒙上一層陰影。
奧利弗也在調查照片的來源。顯然提供照片的人非常謹慎，雷內根本查不出任何線索。從整件事上看，很像是蔡斯的風格，也許有同伙在他死后五個月仍想找奧利弗的麻煩。此事進而影響到了奧利弗的其他工作，在陪同馬爾科維亞商界人士參觀投資項目并接受采訪時，記者問得最多的是奧利弗的身份而不是投資項目。突然，一伙人手持機槍發(fā)動襲擊。奧利弗和昆汀趕緊讓所有人鉆進商務車，逃離現(xiàn)場。可周圍道路早已被槍手封鎖，昆汀開車左沖右突，還是被迫停了下來。
下了車，奧利弗驚訝的看到這伙襲擊者的首領居然是俄羅斯兄弟會的阿納托利，這位曾經(jīng)患難與共的好朋友已被兄弟會驅逐，原因就是他與奧利弗的關系。現(xiàn)在阿納托利要重新證明自我，向兄弟會證明自己并非軟弱到要與一個美國人聯(lián)手。所以阿納托利從奧利弗手中綁架了幾名馬爾科維亞商人，索要兩千萬美元，這恰好是保險公司用于支付重建星城警局的撥款金額。
如此看來，可能是阿納托利向媒體公布了照片，以牽制奧利弗的行動。費利西蒂和柯蒂斯通過追蹤阿納托利的資金來源，查到一家位于星城的俄國酒店。再利用熱成像技術，發(fā)現(xiàn)冷庫中有四個人，基本確定就是被劫的馬尓科維亞商人。綠箭小隊立刻行動，這次綠箭毫不客氣，就像是要把心中的煩悶全部發(fā)泄在那些看守身上。在大家的合作下，冷庫里的人質被很快救出。但只有三人，而非之前情報所說的四人。最重要的首席執(zhí)行官亞歷克·塔科夫被阿納托利帶走，不知去向。
奧利弗安排費利西蒂和柯蒂斯繼續(xù)追查亞歷克的下落，他本人則要與沃森探員見面。可這時保姆蕾莎發(fā)來短信，威廉的情緒消沉，不吃飯也不說話。奧利弗見此情況，便匆忙回家，把沃森探員丟到了腦后。這可苦了一直在幫奧利弗拖延時間的昆汀和雷內，兩人坐在沃森的辦公桌前，都已經(jīng)找不出話題。沃森也收到情報，綠箭剛才有行動，奧利弗又遲遲不到，她的疑心更盛。再這樣下去，昆汀和雷內恐怕就逃脫不了妨礙司法的罪名。
奧利弗剛安慰好威廉，就接到阿納托利的視頻通話。阿納托利已沒多少耐心，他給亞歷克注射了毒素。三小時內拿不到錢，亞歷克就會肌無力而窒息死亡。從視頻上看亞歷克臉上發(fā)出的皮疹，柯蒂斯確定是河豚毒素。黛娜和約翰以最快速度前往星城醫(yī)院，醫(yī)生在配制中和劑時還關心的問起約翰的身體情況。這就讓黛娜起了疑心，結合最近幾次行動約翰不佳的表現(xiàn)，黛娜相信約翰一定有事發(fā)生。約翰見隱瞞不下去，只能承認在煉獄島爆炸中，右臂神經(jīng)被彈片損傷，至今還沒有恢復的跡象。目前奧利弗的事情太多，約翰請求黛娜暫時保密。
可這個秘密還是到了無法隱瞞的地步。費利西蒂查到了阿納托利的藏身處，距離毒性發(fā)作還有一個小時。綠箭小隊全體出動，抵達后兩人一組分頭搜索。與金絲雀一組的斯巴達，在關鍵時刻無法開槍，險些危害到同伴的性命。這也讓約翰意識到，繼續(xù)隱瞞下去，很可能會造成無法挽回的后果。綠箭最先找到奄奄一息的亞歷克，箭頭上的解藥中和了他體內的毒素。但沒有拿到贖金的阿納托利毫不猶豫的開槍撕票，因為這就是游戲規(guī)則。不過阿納托利也是有底線的人，他不會去騷擾威廉，也沒有向媒體揭露過奧利弗的另一個身份。看到阿納托利逃走，綠箭心中不禁再次擔心起來。到底是什么人發(fā)布了照片，這個問題始終是把懸在頭頂?shù)睦麆Α?/p>
公布照片的52頻道再次收到確鑿證據(jù)，證實綠箭的照片中有數(shù)據(jù)篡改的痕跡。這還要歸功于費利西蒂和柯蒂斯聯(lián)手開發(fā)的檢測程序，讓奧利弗躲過一劫，也讓沃森探員很失望。但是奧利弗并未因此消除危機感，沃森探員仍未放棄，阿納托利虎視眈眈，兒子威廉又情緒不穩(wěn)。他決定不再披上綠箭戰(zhàn)袍，交由約翰替自己行使懲惡揚善的使命。約翰本想向奧利弗說出實情，話到嘴邊又咽了回去。他接受了奧利弗的請求，帶領綠箭小組行動。
約翰帶領下的綠箭小隊首戰(zhàn)告捷，抓獲在逃的浮士德。奧利弗退出綠箭小隊后，有了充裕的時間陪伴兒子威廉，二人的感情也有了很大的進步。不過威廉有些焦慮，轉學到星城中學，又落下部分課程，讓他很擔心即將到來的數(shù)學測驗。幸好有費利西蒂這個數(shù)學天才，有她的教導，奧利弗相信威廉能順利渡過眼前的難關。
但是沃森探員仍沒有消除對奧利弗的懷疑，整個抓捕浮士德的現(xiàn)場沒有留下一處箭支的痕跡，誰能肯定那個戴著兜頭帽的家伙就是綠箭。另外身為市長的奧利弗又要面臨另一個大麻煩，博拉德議員向國會提交了針對綠箭俠的《反治安維護者法規(guī)》議案。副市長昆汀建議奧利弗積極參與，利用自己的話語權在制訂法律時盡量減輕相關處罰力度。可奧利弗的態(tài)度很明確，他絕不會讓約翰披上綠箭戰(zhàn)袍后，又制訂法律讓約翰成為罪犯。
不久星城就發(fā)生了另一場罪案，似乎證明了博拉德議員的正確。有名神秘的女殺手潛入科爾德實業(yè)集團，殺死了保安和數(shù)名科研人員。副隊長黛娜趕到現(xiàn)場時，警員已做好相關勘驗工作。嫌犯只是侵入了科爾德實業(yè)的服務器，除此之外，未丟失任何財物。如果直接詢問科爾德實業(yè)的總裁，一定不會問出什么結果。黛娜偷偷將費利西蒂提供的U盤插到科爾德實業(yè)的服務器接口，柯蒂斯很快就發(fā)現(xiàn)科爾德實業(yè)在秘密研發(fā)大規(guī)模殺傷性武器，而嫌犯正是下載了神經(jīng)毒氣的運輸路線及時間。
綠箭小隊再次行動，保護運送神經(jīng)毒氣的卡車。在遭遇襲擊時，對方丟出閃光彈。綠箭等人猝不及防，被打得暈頭轉向。等他們恢復視力后，只看到神經(jīng)毒氣被搬上一輛貨車快速駛離，為首的女殺手則開著卡車朝相反方向疾馳而去。約翰在這個時候必須決定如何處理，他卻手足無措的呆立著。約翰還無法從慣于服從命令的斯巴達，立刻轉變?yōu)樾￡牶诵牡木G箭。野狗、金絲雀和卓越只好自行決定，擒賊先擒王。可女殺手開出一段距離后便跳車，任由卡車沖向一幢廠房。撞毀的卡車升起一團火球，綠箭小隊即沒有保住神經(jīng)毒氣，又沒有捉住首犯，還造成人員傷亡，可以說是徹徹底底的失敗。
這場失敗的行動給了博拉德議員推動議案的理由，并得到了很多議員的支持。費利西蒂利用行動中拍到的照片進行面部識別，確認首犯是原中情局秘密行動組負責人奧尼克斯·亞當。她曾帶領行動小組臥底敘利亞，卻偷走了當?shù)卣畠r值數(shù)百萬美元的黃金。此后有三名小組成員叛逃回中情局，其中有兩人死于恐怖組織的毒氣襲擊事件。但從各種跡象分析，很可能是奧尼克斯冒用恐怖組織名義實施的的殺人滅口行動。由此可見，奧尼克斯劫走科爾德實業(yè)的神經(jīng)毒氣是為了干掉那個仍活著的“叛徒”。
三人中唯一僅存的中情局特工叫羅布·雷諾茲，目前正在星城的一家酒店執(zhí)行臥底任務。如果奧尼克斯實施行動，勢必危及上百無辜民眾的生命。事關重大，雷內對約翰的領導能力有所質疑，私下請奧利弗歸隊。但奧利弗堅信約翰能擔起這個重任，成為一名合格的領導者。
正如費利西蒂所料，奧尼克斯對酒店發(fā)動了襲擊。約翰帶領小隊成員有備而來，太陽眼鏡有效的抵御了閃光彈刺眼的光線。失去先機的奧尼克斯及其手下落于下風，被綠箭小隊成員一一制服。只有奧尼克斯心有不甘，瞅見試圖逃跑的“叛徒”雷諾茲，便按下按鈕，藏在垃圾桶內的發(fā)煙棒噴出一股毒氣。約翰再次面臨抉擇，是追捕尾隨雷諾茲而去的奧尼克斯，還是解救被困在酒店的民眾。
約翰決定兵分兩路，金絲雀、野狗和卓越解救被困民眾，他自己則一路追擊，終于在停車場將奧尼克斯一舉拿下。酒店里同樣危急萬分，金絲雀用聲波將垃圾桶震到遠處，野狗將住客疏散到安全地帶，卓越在費利西蒂的指揮下用奧尼克斯的閃光彈引燃不斷噴出的毒氣，總算化險為夷。
此次行動無人員傷亡，約翰向小隊證明了自己的能力。大家在地堡中舉杯慶賀，柯蒂斯取出為約翰準備的禮物，一把結合了高科技的弓弩。有了它，就不會再有人懷疑為何沒有弓箭的痕跡。約翰試射了幾箭，箭箭命中彈射的網(wǎng)球。大家對他右手傷勢的恢復有了信心，只有約翰自己知道，右手的震顫是靠藥物抑制，這無異于飲鴆止渴。
綠箭小隊用一次完滿的解救行動證明了自己存在的意義，可博拉德議員并未因此停下腳步。奧利弗決定釜底抽薪，他出席了國會聽證會，向各位議員闡述了自己的觀點。星城警局正在重建之中，此時再調撥人力抓捕治安維護者只會削弱治安力量。因此奧利弗要求啟動憲章第九章章程，博拉德法案由議會投票轉為全市公投，將綠箭俠去留的決定權交給星城人民。