月光的禱告?鎮(zhèn)坤被殺的消息傳出，李家外頭常有特務(wù)看守著，沒人敢接近，文淑還是不顧父親反對，堅持去陪伴孤獨的陳甜。在夜裡，躲在教堂的阿煌哭著懷念鎮(zhèn)坤對他的恩情，月儒與文雄也思念父親的哭了。阿飛與國軍在山中發(fā)生槍戰(zhàn)，本來熟悉地形的原住民一路勢如破竹，不料被國軍埋伏的狙擊手將他們一一殲滅，最后還殺死了阿飛。一陣靜默后，狙擊手露出破綻，明強趁機開槍擊斃他，逃進深山裡。文雄禁不起美琴的請託，帶她上山找明強，路上碰到軍隊埋伏，文雄為了讓美琴逃走，犧牲了性命。教堂也逃不過軍隊的搜索，月儒和流氓逃離教堂，牧師隨后被殺害。阿煌在逃亡過程為了讓月儒與兄弟先離開被射殺身亡。文雄與阿煌，一個為愛人犧牲，一個為了恩人的兒子犧牲，他們活著雖然是流氓與騙子，死的卻像是英雄。
離開文雄后，美琴一個人在霧中驚慌的走著，明強聽到槍聲，也提著槍跑進霧中。在霧中兩人相遇了，美琴驚嘆這是不是夢?明強將美琴擁入懷中，兩人在霧中的大樹下抱了很久很久。月儒逃到文淑家，文淑的爸爸拿這個熱心助人的女兒沒辦法，睜一隻眼閉一隻眼。入夜，月儒與文淑坦承彼此喜歡同性的性向，文淑非常想念已逝的美云前輩，月儒則是一直很喜歡明強，兩個相知相惜的人約定替對方守住這個秘密。美琴與明強在山上的工寮生活一陣子，在天地的見證下結(jié)為夫妻。官兵進到文淑家搜查，月儒趕緊逃到后院躲藏，搜查的軍人剛好是姜鐵——月儒曾經(jīng)救過的軍人。姜鐵展現(xiàn)人性的光輝放過月儒的性命。
局勢漸趨穩(wěn)定，美琴與明強回到平地，在茶館碰到美琴父親，但他卻不愿意承認這個女兒，把他當乞丐般施捨了一點錢，但在臨走前卻不忘告誡明強要好好照顧美琴。明強與美琴躲到月儒在臺北的宿舍，他們告訴月儒結(jié)婚的喜訊，月儒悲喜交加的哭了。
時序進入1950年，特務(wù)帶著軍人把大學(xué)生押走的桉例屢見不鮮。明強在學(xué)校并沒有放棄理想的追尋，他與美琴在學(xué)校頂樓將主張自由民主的傳單撒下，他們的理念跟行動就是相信真理一定要被世人理解并實踐。月儒專心攻讀文學(xué)較少參與政治事務(wù)，因此與文學(xué)社的同學(xué)關(guān)係疏遠，朋友當中他與北上念書的文淑比較多來往。美琴發(fā)現(xiàn)自己懷孕了，這件事對這兩個年輕人造成極大的沖擊。在一次的搜查中，明強帶著美琴，在月儒爸爸的朋友——黑狗兄的幫助下逃到無人的小屋躲避，等風(fēng)頭過后，再帶他們坐船逃到日本去。文淑接到父親寄來的信，信中寫道特務(wù)每天站在餐館門口，生意每下愈況，父親決定搬回山上去。月儒陪著文淑回到餐館，文淑想到以前和爸爸在廚房搶奪小黃瓜的斗嘴時光，睹物思人，便哭了起來，月儒在一旁默默陪伴文淑。
明強替黑狗兄做一些粗活換取住宿，文淑與月儒捎來許阿豐被抓的消息，明強沖動的想要跑去救許阿豐，被月儒、文淑攔阻，美琴哭喊著要他為孩子著想，不要做傻事。在黑狗兄帶他們出港的日子，明強藉故回家拿東西，在美琴包包裡留下一張字條，寫著：「我一定會去找你的?！姑狼侔l(fā)現(xiàn)后，跑回家卻不見明強蹤影。
自從鎮(zhèn)坤與文雄相繼被殺后，陳甜整個人魂不守舍，文淑哭著來李家告訴她月儒被官兵抓走的消息。月儒在監(jiān)獄裡被灌水逼供，但他始終不愿意說出明強的下落。文淑與陳甜變賣家中名貴的物品換的月儒的平安歸來。不料，從月儒口中始終得不到明強的下落，明強卻自己找上門來，犧牲自己換得許阿豐被釋放。
孤苦無依的美琴跑回家裡尋求娘家的庇護，愛面子的父親卻不肯接受美琴懷孕的事實，把她趕了出去，美琴只好轉(zhuǎn)而求助世昌。但世昌一心只想娶美琴為妻，在美琴二度拒絕他的求婚后，世昌便通報官兵前去旅館抓走美琴。
明強與美琴，總算又在監(jiān)獄重逢了。美琴在獄中生下一名男嬰，明強收到獄卒放在便當中的滷蛋得知美琴生了一個小男孩，便將他取名為天明，是一種對未來的期盼，在天最黑的時候誕生的希望之光。不久，明強便被帶去河堤邊槍決，他離開牢房時，雙手高舉二條一的手勢，嘴裡唱著日本校歌，整棟監(jiān)獄充斥著此起彼落的歌聲。
美琴在牢中病逝后，許阿豐前去監(jiān)獄領(lǐng)回天明，他跑到林家希望美琴父親能接受他的孫子天明，不料美琴父親卻以為許阿豐是來要錢的，塞了一個紅包要他離開。許阿豐失望的歸還紅包后，決定獨力撫養(yǎng)天明。此時，月儒與文淑決定代替年邁的許阿豐照顧天明，兩人結(jié)婚為天明組織一個完整的家庭。