唐太宗發現高士廉裝木牌的盒中空空如也，面上卻沒有半分異樣為他換了玉牌。云燁和李安瀾等在宮門口，發現其余三人都回了家，唯獨高士廉沒有出宮，心中認定他便是那個幕后兇手。唐太宗問高士廉可知為何自己要他們帶令牌入宮，高士廉無奈道自己不知，但今日家中遭賊，偏偏丟了令牌，他心中有些猜測卻也不敢肯定。
唐太宗不相信高士廉的一面之詞，直接告訴他云燁是他派去查探安陽遇害真相的人，而那枚燒焦的令牌就是罪證。高士廉還以為唐太宗時因為當年玄武門之變自己的背叛耿耿于懷，只好將當年發生的事又解釋了一遍。當年秦王被困于西內苑，高士廉以為此次兵變要失敗，為了高家與長孫家的安危，他主動到李淵的寢宮，告訴他現在三位皇子在玄武門激戰，懇請他立皇孫李承乾為新君，這樣才能保住三位皇子的子嗣。李淵自然不肯，就當高士廉要以下犯上時，侍衛來報秦王已將作亂的太子與齊王誅殺。唐太宗不明白高士廉為何會在最后關頭動搖，高士廉無奈道當時如果太子成功，他只有立保李承乾，才能保住族人的性命。
這些年，高士廉自降官職，遠離朝堂，都是在為當年的不堅定贖罪。唐太宗見他言辭懇切，敬重他的為人，將有人持燒焦令牌蠱惑安陽刺父之事告訴了他，高士廉果然心驚，如果云燁所言屬實，這背后之人一定在他們四人之中，唐太宗決定暫時將高士廉軟禁在宮中，一來讓幕后黑手放松警惕，二來也是為了保護高士廉的安全。
高士廉的侍衛一直沒有等到他歸來，決定按計劃除掉侯小妹。太子與太子妃正在宮中閑話，一名侍從突然急匆匆闖入，原來是侯小妹一直吵著要見太子，太子只好以戶部有事為由趕了過去。侯小妹正在屋內又吵又鬧，兩名黑衣刺客突然闖入，侯小妹匆匆逃跑卻還是被刺，太子趕來正好將這一幕看在眼里。他憤怒之下殺掉一名刺客，另一名刺客只好承認他們是申國公的侍衛，國公擔心這個女人毀了他的大業才派他們前來，太子心中一驚，當即了結了那人。
唐太宗正在擔心如何應對云燁的追問，內侍卻突然傳來消息說太上皇恐怕不好了。另一邊，李承乾抱著侯小妹匆匆趕到孫思邈的醫廬，侯小妹傷勢嚴重，尤其出血不止，孫思邈竭盡全力止了血卻還是不樂觀，如果能熬過今晚，便能活過來。太子將侯小妹寄放在醫廬休養，這時，內侍卻匆匆趕來宣孫思邈進宮為太上皇看診。
彌留之際，太上皇混沌間將李世民當成了李建成，反復交代他登基后要給弟弟一條活路。李世民終于明白父親心底還是惦念著他，只不過這份親情在皇家實在太過渺小。云燁聽到消息匆匆趕到宮里，悄聲告訴太上皇安瀾還活著的消息，太上皇卻微不可見地對他搖了搖頭，最終，還是離開了人世。李承乾因為侯小妹之事耽誤，竟然沒能見到太上皇最后一面。李安瀾喬裝成侍女想要再見太上皇一面，云燁只好告訴她一切已經來不及了。
辛月到藥廬，發現了重傷在床的侯小妹，她已經從孫神醫那里知道她曾經早產的消息。恰好侯小妹這時醒來了，她告訴辛月她決定等天亮，她就進宮將一切告訴皇上，得到自己應得的一切。辛月聞言勸侯小妹不能如此自私，否則會毀了李承乾，侯小妹已經瘋魔了，哪怕傷害李承乾，她也一定要留在他身邊，而且她確信李承乾心中是有她的。辛月看著侯小妹對著李承乾送她的鐲子一臉深情地樣子，心中說不清是痛是恨，一時間竟然恍神了，唯有眼淚不值錢般接連掉落。不知出于何種心思，一向善良的辛月卻沒有將侯小妹救命的藥端給她，而是放在桌上，侯小妹掙扎著下床想去拿，最終無力吐血而亡。
王孚深夜找到瞎眼老娘，將侯君集那塊燒焦過的令牌托付給她保管，老太太當著他的面，將令牌藏在了佛像下的機關里。侯君集去看望侯小妹，得知她已經一整天沒有廚房，心生疑竇，闖入房間才看到春桃躺在床上。侯君集雷霆大怒，只好悄悄派人出府暗中尋找侯小妹。
李承乾來到藥廬，得知侯小妹不治身亡的消息，他心中雖然遺憾卻并不痛苦，只是憐惜她一片癡情。辛月突然出現連聲向李承乾道歉，承認是自己沒有及時給侯小妹喂藥。兩人到郊外竹林將侯小妹下葬，李承乾向辛月解釋自己是喝醉酒才會釀成大錯，但他不明白辛月為何要殺了侯小妹，辛月只好解釋侯小妹醒后揚言要將一切告訴陛下，當時的她已經狀若瘋癲，她只能在兩人之中選擇李承乾，不能讓她毀了他。自從愛上李承乾那一刻起，她就已經走上了一條不歸路，李承乾知道她心中的苦楚，承諾她將是自己今后唯一的女人。
太上皇李淵去世，舉朝戴孝為其送行，就連遠在邊疆的魏王也趕了回來。送葬后，云燁問侯君集是否知道申國公被皇上軟禁之事，話里話外打聽如果申國公得罪了圣上，是否會受到處置。侯君集心知肚明，故意道申國公雖然隱退但在朝中威望猶存，就連圣上也讓他三分。果然，云燁聽了此言心中悶悶不樂，恐怕唐太宗知道申國公是幕后黑手，也會包庇于他。
侯君集向李承乾打聽侯小妹的下落，侯小妹已經失蹤幾日，她的身體還未康復，侯君集遍尋無果實在擔心。李承乾隱瞞了侯小妹的死訊，還主動要求幫忙尋找小妹，侯君集果然并未起疑。李承乾又談起申國公被軟禁一事，他擔心是有人在蓄意謀害長孫家，他提出讓侯君集提前起事，否則怕被對手捷足先登。侯君集認為現在并不是起事的最好時機，貿然行事恐怕會掉入對方陷阱，李承乾果然被他說服了。李承乾離開后，侯君集再次審問侯小妹的貼身婢女春桃，春桃終于道出小妹是去見太子了，宮中守衛森嚴，尋常人如何能夠進入，侯君集又急又氣一掌掐死了春桃，他派王孚去探查太子的行蹤，擔心此事會影響到他們的大計。
李泰從前線趕回參加太上皇葬禮，還帶來了最新的戰況。如今突厥軍隊圍城死守，并與關隘天險之地建筑堡壘，大唐軍隊久攻不下，傷亡慘重。而且眼下北境寒冬將至，戰士們不耐寒冷，如果不能在冬季來臨之前攻下城池，恐怕這場戰斗大唐軍隊勝算渺茫。李承乾主動請纓帶兵趕往前線支援，唐太宗并不希望他接觸軍隊，而是讓他著重做好分內之事。唐太宗想派荊州刺史常何帶兵支援，命李泰養好傷后繼續前往前線，云燁下朝后為李泰出主意攻克突厥堡壘，李承乾見兩人親近心中十分不悅。
云燁讓李安瀾召集墨家人，他想到新辦法，想利用在宮中制造攻城利器接觸高士廉。這一日，云燁準備了一口大鼎，主動為唐太宗和魏王演示炸藥的威力，炸藥炸響后，整個大鼎四分五裂，十分驚人，云燁這才說明他想到的攻城利器是火藥，唐太宗見到如此利器心中驚喜萬分，當即命令在宮中秘密開一座恪物院，讓李泰和云燁加緊制作火藥。
李承乾質問云燁為何要幫助李泰，云燁只好解釋自己只是想立功，并非偏幫李泰。李承乾察覺云燁一定是有事情瞞著自己，他并非要追問他的私事，只是不想與他日后為敵。離開之時，李承乾寫了張字條約見辛月，拜托她探查云燁到底在暗中幫李泰做些什么。
很快，恪物院召集了全城能工巧匠，其實那些都是墨家傳人，墨家人對于未李家賣命十分不滿，直到李安瀾出現說明情況，他們才心甘情愿配合。云燁一邊尋找被關禁閉的申國公，一邊安撫墨家人，教導他們制作炸藥。墨家族人大多性格古怪，因為云燁是朝廷命官，對他一直不假辭色。這日，工匠們在院子里玩魔方，大家輪流試了個遍也沒法成功，云燁這時閃亮登場，手法熟練地將魔方迅速還原，贏得了眾人的贊嘆。
魔方之后，云燁又用美食贏得了墨家眾人的尊重，李安瀾也對他收買人心的速度贊嘆不已。眾人都在加緊趕制炸藥，黃鼠卻尋機挖了一條地洞逃之夭夭了，云燁得知后并不生氣，反而高興沒花一分一毫，就得到了一條逃生通道。得了制造炸藥的差事后，云燁一直睡在宮中，三四日才能回家一趟，云奶奶對此抱怨不已，辛月趁機提出想為云燁送飯，云燁拗不過云奶奶，只好答應了。辛月為云燁送飯，墨家人聽到他已經成婚對他又開始愛答不理，辛月趁云燁不備投了一個炸藥帶給李承乾。
為了尋找被軟禁的高士廉，云燁特意制作了一個望遠鏡，很快，他們發現太倉附近一個偏遠的院子多了很多侍衛把守，認定那就是高士廉被關押的地方。李安瀾想要假扮成內侍，趁偏殿侍衛換崗之時混進去行動，云燁認為混進去容易，難的是成事只好如何逃脫，雖然后黃鼠留下的地道，但一旦事發，周圍必定會被立刻包圍，很可能趕不到恪物院李安瀾便被抓了，他決定利用炸藥引發慌亂，然后再伺機逃跑。
李泰來恪物院督查炸藥進度，得知目前只得了一百枚，他立即指責云燁進度實在太慢。云燁無奈道工匠有限，為了讓唐太宗加派更多人力和物力，他提出做一次試爆演示，陛下看到威力必定龍顏大悅，到時再提出追加物資也就水到渠成了。魏王得知可以向陛下請功掙臉，立即答應了下來。太子從辛月那里得到一枚炸藥后帶到竹林點燃，炸藥爆炸后發出耀眼火花，但威力并不明顯，李承乾立即輕視道原來只是個爆竹。他當即決定讓李泰繼續研究下去，到時候攻城不利自然會被陛下怪罪。
唐太宗帶上太子，邀請諸位武將一起去看炸藥試爆。看到眾人對李泰諸多夸贊，李承乾心中很不是滋味。次日，云燁帶眾工匠趕往試爆地點，路上卻碰到了侯君集，得知不是侯君集負責布防，而是涇州刺史常何帶兵負責，云燁十分驚訝，侯君集這才告訴他常何也是昔日玄武門的守將，雖遠在涇州，卻深得陛下信任。云燁急忙沖回恪物院，告訴李安瀾布防的并不是侯君集，恐怕今日不能行動了。
云燁將十余枚炸藥放在墻體下，讓李泰用弓箭點燃。眾目睽睽之下，炸藥轟然炸裂，墻體炸的粉碎在空中飛濺，眾人連忙大喊護駕。李泰也沒有料想到炸藥威力如此巨大，立刻向唐太宗請罪。唐太宗見了不驚反喜，對李泰大為贊賞，令他加派人馬日夜趕制炸藥，在一月之內趕制成功運往前線，李承乾不想見到李泰得意，提出炸藥雖然威力巨大但十分危險，云燁連忙保證自己能夠擔保不發生事故，唐太宗思量之下，還是覺得將制造場所改到荒郊，云燁心有不甘，卻只能答應了。
試爆后，李承乾又來找云燁，云燁知道他是擔心李泰拿到炸藥配方對他造成威脅，李承乾坦然承認，還讓云燁將配方交給自己，云燁只好道自己造炸藥是為了大唐，不是為了一己私利，李承乾見他堅持，氣憤地離開了。
眼看制造坊就要搬出皇宮，李安瀾擔心出宮后再想刺殺高士廉就更難了，云燁不明白唐太宗將高士廉軟禁在宮中是為什么，李安瀾認為他是想要包庇高士廉，云燁卻不這么認為，反而提出有可能高士廉并不是幕后兇手，但李安瀾并不相信，還是堅持是唐太宗在包庇兇手。
唐太宗選擇在京郊玉山制造炸藥，并派常何帶領四千精兵，一千入駐玉山確保炸藥制造成功，另外三千秘密駐扎在京郊隨時聽候發落，以防宮中生變。云奶奶得知唐太宗讓云燁到山溝里辦公，還想讓辛月繼續送飯，云燁還是拿她沒辦法。
有一名墨家工匠在生產炸藥時無意做出了啞彈，云燁不驚反喜，還讓他繼續制造更多啞彈。李泰又來催促云燁加快生產，云燁說自己想出新的法子增加炸藥威力，縮短生產期，只是還沒有想好怎么給它上安全栓。