武藤泰山翔父子驚聞“靈魂互換”的事已經被藏本志郎及翔的同學繪理香知曉，而且，繪理香竟然是藏本的女兒。經過防衛省技術研究本部的腦電波檢查，與泰山父子被植入的芯片一樣的芯片也裝在了藏本等人的身上。
作為長年的政敵，雖然泰山和藏本互相仇視，但為了找出“靈魂互換事件”始作俑者，二人約好暫時休戰，攜手應對危機。與勁頭十足的父親們相比，兒女們則愁眉不展。
雪上加霜的是，這時南真衣忽然提出辭職，翔(外表是泰山)立刻跌入痛苦的深淵。原來，真衣與人合營的職業介紹所幫助過的一位單親媽被突然解雇，帶著三歲的兒子的她走投無路。
她辭去總理實習秘書乃是為了全力解決那位單親媽媽的事。聽說此事后，翔提出讓泰山(外表是翔)跟著真衣一起去，也許能幫上忙。泰山(外表是翔)和真衣一起造訪解雇那位女子的公司。
聽了社長桐月一郎的辯解后，泰山感到這件事十分可疑，于是提議另外給單親媽媽介紹一份工作，不料。這個輕率的提案大大惹火了真衣，真衣一怒之下要與翔絕交。
泰山認為，每次孩子有個頭疼腦熱單親媽媽都得請假，公司根本承受不了，只能解雇了事，經營事業從來都是這樣。聽了他的話，翔也是怒從心頭起，他憤然地說：“如果連單親媽媽的苦處也不明白，所謂總理就是個笑話。”
了解了翔的想法的泰山聯絡新田理，命令他調查桐月的底細。這時，網上流傳出了官房長官狩屋孝司的緋聞。與此同時，憲民黨的議員也鬧出丑聞，泰山和藏本為了平息風波一起四處奔忙。
從CIA盜取腦波替換技術的人落網，但那人也是被收買的。根據有關部門掌握的情報顯示，在武藤泰山和武藤翔體內植入芯片的丸山牙科院長曾和某人接觸過。那個人就是名為“藍花檻”的免費學校的理事長黑川正吉。
聽說過去南真衣曾邀請翔加入“藍花檻”的志愿者后，泰山以翔的名義與真衣聯絡，讓她準備武藤總理視察免費學校的事宜。
在“藍花檻”免費午餐會當天，泰山有意實施監禁并審問黑川的野蠻計劃。但是，根據新田理的調查，黑川和丸山田從小就是朋友，他和腦波互換事件并無關系。而且，“藍花檻”因為資金困難不久后即將關閉。
為了在“藍花檻”看到的孩子們，翔覺得無論如何也得讓它經營下去，去找泰山和茂平商量。但是，他們告訴翔，國家財政困難，再加上援助不固定的免費學校組織在現行法律上定位模糊，因此政府無能為力，翔對此完全不能接受。
當被翔質問“如果連眼前有困難的人一點也幫不上，那算什么政治?”時，泰山等大人無言以對。另一方面，泰山代替翔到求職的第一志愿公司“agri?fraditional”接受面試。
在得知兒子想進這家公司的動機是“聽說這是一家守護日本古老優秀的飲食文化傳統的公司”后，泰山為幫他達成心愿在面試中使出渾身解數。然而，聽面試官說出了與翔想像的一樣的公司現狀后，泰山又忍不住當場教訓起面試官來。
泰山和翔以各自的立場和方法，為了藍花檻的存續行動起來。在拯救免費學校的過程，泰山也重新體會到了自己當年投身政界的初心。然而，就是在他們看不到的地方，一個撼動世界的大陰謀正在悄然進行中。
為募捐而舉行的向著國會議事堂呼喊夢想的“黃帽子”活動在青年學生中廣為流行，藍花檻的資金困難問題也得以解決。看到武藤內閣的支持率上升，泰山總算能暫時放心了。而且，隨著調查不斷深入，新田理離找出制造腦波互換事件的真兇越來越接近了，翔也為事件向著好的方向發展而開心。
不久，網絡上突然出現了抹黑武藤內閣的輿論，惡意評論和郵件層出不窮，顯然是被人操縱了。武藤內閣的支持率直線下降，股價也隨之下跌，黨內各位大佬極為不悅。
泰山和狩屋等人為了找到惡評的幕后主使而竭盡全力，既懷疑如今休戰結盟的政敵藏本志郎，又懷疑是內部有人泄露情報，大家疑心生暗鬼，搞得人心惶惶。就在此時，泰山和翔的身體和腦波突然恢復正常，眾人欣喜若狂，新田理卻指出，這只是暫時現象，無法預測何時會再次被互換。為了找到惡意報道和泄露情報的犯人，泰山等人全力出擊。
他們把南真衣鎖定為重點懷疑對象，但翔堅持認為真衣不是犯人。在做好了以泰山的面目認真替父親完成作為總理的職責的心理準備后，翔決定與真衣聯系。泰山則將在電視直播中對全體國民發表演說，澄清謠言。正當翔向真衣說出重要的話，泰山在電視演說中向國民演講之時，二人的腦波再次互換。
因為翔的失態，電視直播草草收場。與此同時，泰山的怪異舉止把南真衣嚇得落荒而逃。通過追蹤器，真田理找到了操縱腦電波的基地。就在南真衣質問利用她抹黑總理的記者村井美雪時，二人遭到狙擊，泰山、翔、新田理等及時出現，但翔為了保護南真衣而中彈受傷。
新田理控制了操縱腦電波的技術人員，可以讓泰山和翔恢復正常，然而，翔生命垂危，如果此時換回身體泰山將有性命之憂。