一九三一年三月，日本駐哈爾濱生化武器研究小組成員龜井壽不慎感染了鼠疫，由于害怕遭到殺害，他悄悄地逃了出來。
日本黑龍會駐哈分會會長內田武巖，為防止日本秘密研究生化武器的事情敗露，命令特別行動組組長山口良雄率人馬上追殺龜井，并在哈爾濱市立醫院內將龜井截住，就在山口準備將龜井殺死時，被守備旅上尉軍醫冷風及其弟冷動制止，山口從手下口中得知，冷風與冷動為哈爾濱商會會長冷春秋的兒子，于是不敢正面發沖突，只得藏在醫院內，暗中尋找下手時機。
冷風經過對龜井的檢查發現其已染上鼠疫，于是迅速將情匯報給了守備旅旅長張大炮，并要求張及時向少帥張學良匯報，以及進行全城檢查。
張大炮與市長錢秉文由于害怕貪污防疫專款的事情敗露，拒絕了冷風的請求，無奈的冷風只得向好友，時任守備旅警備隊隊長的七條尋求幫助，七條決定協助冷風將事情匯報給張學良。
山口趁冷風離開之時，將龜井及接觸過龜井的醫生殺害，就在他準備將龜井的尸體帶回時，冷風返回了醫院，山口只得無奈的離開。
冷風發現龜井及醫生遇害，感到事情的嚴重，于是一方面將龜井的尸體轉移，準備進行解剖，另一方面請求七條派兵來醫院戒備。內田見山口沒有帶回龜井的尸體很是生氣，命令山口馬上去醫院搶回尸體。就在山口來到醫院尋找尸體時，七條也帶兵趕到，雙方發生激烈的交火。
七條將山口從醫院中擊退，將冷風從被困的手術室中救了出來，但冷風的助手姚玲不幸被流彈擊中，所幸被門板所擋，沒有生命危險。
守備旅在醫院發生槍戰的消息很快傳遍哈爾濱的大街小巷，張大炮率人馬上趕到醫院，同時冷春秋擔心冷風出現意外，帶人也來到了醫院。
冷風的媳婦喜妞在院看見冷風正在為姚玲療傷，醋意大生，與冷風發生爭吵。返回黑龍會的山口被內田大加訓斥，因為與守備旅的正面沖突，已導致冷家對日本人施行了經濟制裁，使得日本在哈爾濱的僑民日常生活陷入困境。
內田來到冷家，想與冷春秋講和，但被拒絕。冷風與七條分析后認為龜井有可能是從下水道中逃出，所以派兵對全市的馬葫蘆蓋進行檢查，希望能找到龜井逃出時留下的線索，以便能夠追查到鼠疫的來源。
與此同時蘇聯也發現哈爾濱出現鼠疫的情況，為了了解是否為日本的生化武器專家坂稻一所為，他們派出了一個有著東方面孔的特工來到了哈爾濱。
冷風獨自一人來到市立醫院附近的街道搜查，遭到山口的偷襲，被前來找冷風的冷動等人趕跑，原來冷動在哈爾濱有一個建筑公司，剛剛從蘇聯聘請了一位名叫科恩的建筑師，由于冷動不懂俄語，所以前來找冷風陪同到火車站接站。
火車上日本特務稚子將科恩殺害，并故意與蘇聯派來的特工何三關坐到了一起。
冷風與冷動來到車站，與冒名科恩米拉的稚子和何三關一番寒喧后，將冒充科恩的稚子接回馬迭爾旅館，山口也悄悄的尾隨趕到。
稚子為防止坂本稻一實驗室位置暴露，命令山口把通往實驗室的線索掩蓋掉。
何三關來到蘇聯駐哈的情報機關，讓情報員瓦西里幫助調查稚子的真實身份，并決定從冷家開始調查鼠疫的事情。由于冷家的經濟封鎖，使得坂本的實驗器材運不進來，這讓內田很是著急，決定再次前往冷家，與冷春秋講和。
冷風來到守備旅，向張大炮索要交火當天交給七條的皮箱，因為里面裝有龜井尸體切片，對調查鼠疫有著至關重要的意義，但是張大炮卻謊稱皮箱已被自己銷毀，冷風只得無奈的離開。
黑龍會內張大炮手下林副官將皮箱交給了內田，并把從內田那里得到的酬金交到了張大炮手上。
冷風又氣又恨的回到醫療所，對七條大發雷霆，斥責他不應該把這么重要的東西交給張大炮，七條聽后不知所措，冷風突然想起自己在醫院附近的下水道口被山口偷襲，于是七條決定先帶人過去調查，讓冷風先回家，安頓好后再去。
內田來到冷家，對冷春秋軟硬兼施，但絲毫不起作用，反被冷春秋罵得無地自容，趕了出來。
七條來到下水道口處，遇到了正在銷毀證據的日本特務，七條用計將對方打死，并立刻派兵去冷家找冷風，自己則率兵進入下水道調查。何三關回到人以寓，從懷中掏出冷家所有人的照片，似乎他與冷家之間有著一種難以言表聯系。
剛剛到家的冷風被趕來的士兵叫走，七條在下水道中發現了一處被人剛用水泥封住的管道口，于是命令士兵把水泥砸下來，不料聲音太大，驚動上面的日本人，坂本稻一讓山口找來了煤氣罐，向下水道中施放，士兵由于煤氣中毒都沒了力氣，七條不明原因，以為手下偷懶，于是讓他們回井口把守，自己一個繼續挖墻。
何三關喬裝潛入冷家，將一幅寫有“關帝顯圣，血債血還”八個字的關公畫像，掛到了大廳里，隨后趕到的冷府管家李忠信看到后，嚇的癱倒在地。