李斯把整理好的文學館的東西交給了趙高讓他呈給圣上看，趙高問他是不是奏明文學館的事情，李斯聽了之后想了想說他不知道趙高到底想知道什么。皇上看了奏折之后氣得不行，他說這幫儒生真是妄論朝政可惡至極，扶蘇長公子怎么能和這幫人混在一起。蒙毅看了之后說還是把李斯丞相叫過來問清楚才好。
皇上讓李斯把文學館的由來好好跟他說說清楚，蒙毅知道事情不妙之后趕緊去問扶蘇說他是不是有趣文學館了，那地方有什么好的。扶蘇聽了之后說他自己也說不清楚，李斯說皇上不必太惱火，只要教訓一下扶蘇就行了。第二天皇上親自宴請朝廷眾位大臣和學士們，不議政事只管喝酒。
皇上出來之后質問那些儒士們說自己養他們是為了讓他們為大秦的江山出謀劃策，他告訴淳于越說和眾人說自己與他們喝完了一杯酒就要宣布一個特殊的詔令，扶蘇先行告退了。隨后皇上讓李斯宣讀了詔書，焚毀了百家書籍，有人敢談古論今者滅九族，這就是有名的焚書坑儒事件。
扶蘇知道了大事不好之后讓淳于越的女兒喬女跟著自己走，他把喬女打扮成了一個軍士帶回了自己的府上面。這時候李賢剛好看到了扶蘇帶著喬女，她問扶蘇這女子是誰，扶蘇沒有解釋清楚，李賢生氣的走了。李賢在外面遇到了蒙毅，李賢求蒙毅去勸勸扶蘇，蒙毅問明白了事情的原因之后去找了扶蘇。
蒙毅去問扶蘇是不是真的要金屋藏嬌，扶蘇聽了之后說自己不是金屋藏嬌，那女的是淳于越之女，蒙毅聽了之后說他為什么要冒天下之大不為，要是皇上知道了肯定會生氣的。扶蘇找了一個安全的地方把喬女安頓了下來，扶蘇準備去找皇上說讓他停止焚書坑儒的詔令，蒙毅和靈兒沒有攔住他。
皇上聽了扶蘇的話之后十分的生氣，他給扶蘇說了一番關于治理江山的道理，還說只要是誰敢挑釁自己的天下，自己一樣不會心慈手軟。扶蘇說既然是這樣就讓他也把自己給治罪殺了，秦始皇聽了之后生氣的不行，他心力憔悴的吐了口血。皇上罰扶蘇去秦直道那里面當監軍，喬女說自己不能再連累扶蘇了，扶蘇說自己會帶她一起走的。
李斯告訴自己的女兒李賢說不管扶蘇走到哪里都讓她跟著扶蘇，這樣他才能打動扶蘇的心。皇上告訴扶蘇說自己讓他去邊關就是為了歷練他，這樣才能成熟起來，扶蘇回家之后看到李賢在整理東西，他說不讓李賢跟著自己一起去邊關，因為那里十分的疾苦。
