自從成功偷來神婆的香料，黑瞎子整日教啞女模仿上了年紀的阿婆。初見成效后，啞女貼著特制面膜，偽裝皮膚發皺，跟隨黑瞎子再次來到神廟。
神廟守護者在啞女臉上不停撫摸后，假意上當同意，轉身便拿起獵槍，若非黑瞎子眼疾手快，啞女必喪命當場。一計不成，反打草驚蛇，二人只能通知其他人立刻逃走。
黑瞎子帶著任務而來，如今一無所獲，絕不會離開村子，逃至樹林后，他將唯一的手槍送給啞女，轉身回到了黑暗之中。啞女思前想后，表面是為了拿回了攝像機才選擇回到村莊，但眼神卻終究騙不了人。
等啞女與黑瞎子匯合，才發現對方竟直接背來神婆，逼迫她親自打開神廟機關。真正的神婆來此，隨著守廟人轉動某處，供桌緩緩移動，現出了通往地下的暗道。
地下空間是人為鑿出，供奉著一個巨大的雷公像，四周物品，黑瞎子在焦老板家的照片中見過。得知機關與地下情況，黑瞎子另有打算，眼下只暫時催促拿回攝像機的啞女，一同離開。
此前，為保啞女安全，其兄故意對天鳴槍，吸引村民注意，等黑瞎子出了神廟后，得知啞女兄長被抓，唯有以神婆作籌碼，換回人質。
古墓船底，藏著整整一包磁帶，吳邪逐一聽過，并無任何聲響，如同空帶。不知時間過去多久，吳邪耐心之下，忽然發現，眼前磁帶似乎在重量上有別于其他，只因這卷磁帶中纏著兩個錄音帶。吳邪雙眼不能視物，只能重感受，而非觀看，這才能察覺出旁人難以察覺的微弱不同。
吳邪在王胖子的幫助下，更換理清磁帶，放入錄音機后，終于發出了聲音。錄音者是母雪海，記錄著他和考古隊在主殿的經歷，里面所提及的事情著實讓人匪夷所思。
當年，考古隊進去墓穴主殿后，致力于聽雷的任務，而母雪海則在“神靈”的指引下，發現了壁畫的秘密。沒人相信壁畫在召喚母雪海，只當他是受了影響，出現幻覺，但只有母雪海一人深信，自己堅持得真實。
不久后，母雪海發現某些壁畫的同一處，是被鑲嵌在整個畫中，他成功找到竅門，將壁畫取下，日夜不停地研究，仿佛著魔一般。漸漸的，母雪海發現這些壁畫如同需要拼湊的地圖，地點則是雷城。
考古隊漸漸分成兩派，然而壁畫內突然涌現無數人手貝，逼迫他們不得不放棄任務，逃離主殿。原來被母雪海割下的壁畫顏料中，摻雜了某種毒素，專門用來抑制人手貝。
眾人決定暫時封閉出入口，尋找助援后，重新下墓。母雪海則憑借著對壁畫的癡迷，在最后一刻，選擇孤身回到墓穴內，繼續研究壁畫。功夫不負有心人，在他幾乎絕糧的時候，成功將地圖拼出并拓印。
無法出墓的母雪海，因楊大廣的歸來，撿回性命，二人一同致力于聽雷，研究論文，期待將成果交給國家，必將達成創舉。
無人知曉，楊大廣死在氣象站得原因，沒有去往雷成的他們，又為什么沒將成果上交。王胖子懷疑，因母雪海的瘋癲，導致楊大廣一人聽不懂雷聲，無法破解地圖，只得尋求吳三省的幫助。
三叔是吳邪的精神支柱，他無法接受王胖子疑心吳三省私吞文物，失蹤于去往雷城的推論。吳邪所剩時日不多，他迫不及待想要找到吳三省，將真相問個明白。
迫切找到三叔的心情，以及不久于人世的現狀，吳邪明白自己沒有時間了，急切希望聽雷找到原因。于是吳邪打開雷聲，經過收集器的擴音，震得他們砸飛在地。眼見吳邪不愿放棄，甚至將錄音機放在收集器的正下方，王胖子連忙阻止。誰知，恢復視力的吳邪，竟然如著魔一般，想要就此打死王胖子，幸得張起靈及時趕回。
吳邪恢復神智，眾人正準備離開主殿，劉喪忽然聽見陣陣騷動的聲音。之前的雷聲，震醒地宮所有人手貝，瞬間，大批人手貝，以及被其控制的皮俑如潮水般攻來。四人逃跑不及，只得攀上更易守備的懸吊大船上，然而數量過多的人手貝和皮俑，讓他們幾乎精疲力盡。
同時間，因地底動靜過大，導致周遭鳥兒集中墜死在主殿上方的灘涂，這給不曾放棄救援的吳二白確定方位的依據。他早已查清地底可能出現的情況，爆破后僅剩的幾十秒，就是黃金救援時間。
仍在地底拼死反抗的眾人，爬上懸吊銅鐘的鐵鏈，張起靈手起刀落，銅鐘掉落，隔絕了人手貝。但是此時地下沼氣上涌，吳邪斷定沼氣濃度很高，如果繼續上涌，他們堅持不了十分鐘。然而，眾人僅靠一根鐵鏈，根本難以支撐長久。就在這時，劉喪屏氣凝神，聽到地面以敲擊聲音的方式，告知他們地面即將進行爆破的信息。
一聲轟鳴，眾人頭頂出現巨大的圓洞，從上吊下數根繩索，給了吳邪等人一線生機。眾人被起重機逐漸吊上地面，正要逃出生天，豈料，本就身受重傷又體力不支的劉喪，雙手失力，竟直直掉了下去。吳邪眼見如此，毫不猶豫反身營救，以自身墜落為代價，換取劉喪平安回到地面。
吳邪孤身掉入皮俑堆中，根本無力反抗的他，忽然想起地宮涌出的沼氣，便想點火與皮俑同歸于盡。就在這千鈞一發之際，為吳邪指引過道路的女皮俑再次出現，抓住了他正要點火的手。
吳邪愣神的功夫，足以讓張起靈現身相救。當吳邪被張起靈抓住腰身，隨著起重機被吊上半空的瞬間，雙手同時抓住女皮俑，帶著她一同離開地宮。
快要回到地面之時，看著地宮被無數人手貝控制的皮俑，吳邪終究還是選擇丟下點著的打火機。小小火源在沼氣的影響下，瞬間蔓延成一片火海，引起爆炸，出口再次被掩埋。
被救回的吳邪清醒后詢問二叔南海宮秘密，被二叔敷衍過去。而劉喪因為被吳邪所救，心生感激想道謝，被吳邪以肉麻為由攔住。吳邪還警告不讓劉喪告訴眾人自己肺癌之事。傳聞中，南海王的女兒成了名為誒告供注的怪物，而這誒告供注在閩南語中，就是啞巴公主的意思。吳邪從劉喪的口中得知誒告供注的意義，看著站在一旁的女皮俑，只見她的手臂上有著讓人看不懂的紋身。
啞巴村內，黑瞎子與啞女研究村民舉行祭祀的意義，視頻中，神婆從尸體腦中取出的簧片，引起了他的注意。啞女曾經檢查過水源，并無任何問題，黑瞎子也并不認為，村民出生既啞是遺傳原因。如今，這尸體中取出的簧片，或許就是村民啞巴的根源。
黑瞎子在醫生的幫助下，確定簧片阻礙了人腦中的語言中樞系統，這就是村民致啞原因。每一個村民的頭頂，都有一個無法愈合的孔洞，其中就被鑲嵌這種簧片。簧片需在嬰兒時期做手術，插入腦中，因此阻礙了頭骨愈合。黑瞎子致電二叔告知啞巴村的秘密，二叔將手中雷聲發給黑瞎子，想讓神婆聽一下，看沒有什么收獲。黑瞎子進展順利，殊不知，所有行蹤，都被人暗中掌握。
二人為救啞女兄長，假裝綁架神婆，反得其信任。神婆聽了黑瞎子手機中的雷聲后，講述了關于啞巴村莊的不傳隱秘。相傳，南海王時期，村民的祖先奉命尋找雷聲密集之地，因此來到了現如今的啞巴村，在此找到地下河，并在其上修建神廟，世世代代守護于此。
為了能與天雷連接，村民的祖先在頭頂插入簧片，甘愿承受變成啞巴的代價。隨著時代變遷，打孔聽雷成了一種祖先庇佑，求得豐收的傳說，世代延續，而地下河也成了圣地，不可于外人泄露。
神婆清楚記得，當年有一個名為吳三省的人來到此地，也想進入地下河。當時，神婆身患重病，沒錢救治，吳三省以重金換取其子帶他進入地下河，這一去便再未歸來。
出生即被選為神女，看似尊貴無比，卻連最簡單的愿望都無法實現。神婆的自述讓黑瞎子和啞女心情低沉，他們都很清楚，她的兒子并非升天成神，而是死在了地下洞穴之中，卻無法做出任何安慰。通過此事，啞女也知道黑瞎子并非專欄作家，他來啞巴村是另有緣由。黑瞎子承諾會幫忙救出啞女哥哥，雷聲的事情以后有機會再和她詳談。
南海王地宮被探索，考古學家也徹底將墓地封存，此次吳邪等人有驚無險，吳二白特意布下簡易的宴席，答謝相助之人。眾人難得放下一切煩惱，相聚一堂，喝酒玩鬧。
夜深之時，眾人散去，吳邪與吳二白獨坐堂中，說起當年隱秘。原來，吳邪手中的照片只是一半，而另一半則是母雪海和齊晉。
身為主任的齊晉，是這次聽雷任務的領導，一直深愛著她的吳二白親自送其到火車站。齊晉的回眸一笑，或許就是吳二白對她最后的印象，可惜，流水有意，落花卻意在吳三省。
考古小組一路高歌，懷著激動的心情到達平霞灘涂，經過三個月的地面勘探，終于來到地宮的大門前。或許是身為主任的驕傲，又或許是因對吳三省的愛而看不慣陳文錦，總之齊晉不顧陳文錦的反對，執意打開地宮大門。
正在此時，無數海蟑螂從墻壁爬出，致使眾人傷殘，付出慘痛代價，卻也因此誤打誤撞進入了地宮內部。探索地宮期間，明明深愛著陳文錦的吳三省，卻總是給齊晉以假象，讓對方難以死心隱藏的感情。
當齊晉看著吳三省與陳文錦相處親密，那股醋勁兒，明眼人一看便知，更何況聰明如吳三省。在吳邪眼中，吳三省根本不可能故意與齊晉曖昧，與吳二白口中描述，差別如不是同一人般巨大。
眾人一路勘探，小心前行，很快便見到了佇立在兩旁的人皮俑。道路盡頭，唯一一個女皮俑的手上，放著一把丁蘭尺，引來陳文錦的好奇。
丁蘭尺，傳說是用來丈量陰冥世界的度器，也表示為墓主超度的愿望。博學多識的齊晉，獲得眾人贊嘆，也讓本就與之不合的陳文錦生出叛逆心思。
陳文錦以記錄為由，不顧齊晉阻攔，使得女皮俑的丁蘭尺離手，隨著一聲脆響，丁蘭尺落地，眾人手中燈滅，瞬間陷入黑暗。這時，仿佛活過來的皮俑也爭先恐后，向眾人逼近。
黑暗與慌亂之中，當陳文錦找到丁蘭尺，卻見女皮俑手握成拳，無法放回，吳三省與齊晉合力，在羅盤上撒了些許黑色粉末，點著后，撒于女皮俑手上，就見原本成拳的雙手竟立刻神奇般展開。丁蘭尺歸位，一切恢復原狀，眾人這才發現，原來方才不過幻覺而已。
經歷一番千辛萬苦，考古小隊終于來到主殿之中，開始聽雷任務。通過聽雷裝置翻譯的雷聲，似乎可以迷惑人的心智，吳三省不明白雷聲是否真的可以與天溝通，如若這只是謊言，其最終目的又將為何。
很快，雷聲蠱惑的力量越來越大，因母雪海割出壁畫，放出人手貝，使環境變得更加惡劣。然而，齊晉第一次帶隊，即便眼前情況不容樂觀，她也堅決不同意就此放棄。
為了保護隊員性命安危，吳三省不得不同意，將壁畫和棺材帶出地面，繼續深入研究，并申請第二次下墓，這才換來齊晉的點頭。
棺材被打開，其中滿是仙蛻化成的金水，其考古價值不言而喻，然而，想要將棺材運出地面，就不得不放掉所有金水。眼下，是否放掉金水，再次成為齊晉和陳文錦的矛盾點。