軍用帳篷里，小男孩正聚精會神地聽著一個青年說著盜墓筆記里的故事，他叫那個男人三叔。光怪陸離的故事，祖傳的盜墓筆記，這是吳三省留給吳邪最后的印象。
二十世紀八十年代，東南亞某國一架飛機在西南邊境墜毀，撞出一個古代墓穴。兩國聯合考古隊對墓穴進行勘查，卻在清掃主墓室之時，出現了意外，數名勘查隊員身亡，更有數人被困，不知生死。
吳三省身為領隊，親自帶隊入墓室救人。黑暗且狹長的甬道，在數道手電光源襯托下，顯得更加陰森、神秘。隨著眾人深入，電子設備失去信號，奇怪的聲音、隊員的失蹤，此起彼伏地求救聲響徹洞穴。吳三省眼睜睜看著隊員逐個消失，就像是被一股神秘而強大力量扯入黑暗。
吳邪在帳篷中醒來，懷里緊緊抱著那本盜墓筆記，驚慌地奔跑在火光之中，入眼是無盡黑煙和隨處可見的尸體。
長發遮眼，顯得極為頹廢的吳邪，再次從與三叔有關的噩夢中驚醒。一直尋找無果，他也早已接受三叔死亡的猜測，每當這時，吳邪都會反復翻閱那本盜墓筆記。
吳家依靠著祖輩身為盜墓賊所傳經驗，逐漸演變成優秀的考古人員。吳邪憑借盜墓筆記再次重操祖上舊業，因此與王胖子和張起靈相識，人稱鐵三角。自從金盆洗手后，王胖子和吳邪以古董店為生，而張起靈則隱居深林，再未露面。
不久前，吳洲一次地震，導致某個倉庫被震出一個深不見底的洞穴。隨著一陣急切地敲門聲，大門被吳邪從院內打開，王胖子深夜趕回，就是希望可以說服他一同下墓查看。生活拮據的吳邪，在現實的逼迫和高價的誘惑中，選擇了妥協。
倉庫之內，一個巨大而深幽的洞口顯現在他們面前。只有來回時間過長，盜洞才會需要水泥加固，這就說明，他們的腳下很可能是個大墓。
不待考古隊趕到，被挑起興趣的吳邪和王胖子迫不及待，下到洞底。沒走多久，一具具懸吊在半空的棺木，隨著紅繩上的鈴鐺所發聲響，顯得尤為駭人。細看之下，每個棺木上的浮雕都刻著樂師，手中所持樂器皆不相同。保存如此完好的吊葬古棺，擁有非常高的考古價值，二人心中不免激動。
吊葬古棺皆有棺露，可滴百年，不可落地，棺材下墓時，會以碗接露。吳邪也是在盜墓筆記中看見了些許的相關記載，至于棺露究竟有何作用，誰也不知。
突如其來得“叫聲”，尖銳而凄厲，仿佛來自于地獄惡鬼，驚得吳邪和王胖子抱作一團。回過神來才發現，這不過是因他們得到來，導致溫度變化，棺木縫隙因空氣流通產生的摩擦聲。
隨著王胖子泄憤地一腳，即便無邪及時阻止，仍有些許棺露震落在地，瞬間泛起層層綠霧，原來這些棺露與地面接觸，會因化學反應產生毒氣。不過幾滴就能有如此效果，不難想象，若有人魯莽開棺，會是如何凄慘下場。
吳邪與王胖子二人在起重機的幫助下，成功將其中一個棺木有驚無險地吊上地面。誰知，因工人好奇，圍觀觸摸，導致一滴棺露接觸地面，毒氣四散，手忙腳亂之下，整個棺材砸碎在地。
吳邪身中毒氣送往醫院搶救，怎料意外獲悉，已身患肺癌晚期，僅剩三月可活。此后一月，吳邪如同行尸走肉，萎靡不振，直至久置不用的手機收到一條署名“三叔”的短信，方才讓他恢復生氣，并且根據吳三省所授破解之法，成功解開短信密文。
男人不懼生死，但求死而無憾，失蹤多年的吳三省，是吳邪心中永遠的遺憾，如今突如其來得短信，讓本已心如死灰的他，再次找到了人生意義和圓滿的機會。
第二天一早，吳邪剪去長發，一掃頹喪，往日朝氣與陽光再次回到了這個少年的身上。根據密文所指，稍費周折，二人竟找到吳三省將名下一塊土地無償轉讓給吳邪的聲明。
山道蜿蜒盡頭，是一處矮樓大院，鐵門銹跡斑斑，隨著吳邪的推動，發出聲響，盡顯此處荒涼與破敗。二人來到主樓四處查看，隨著柜后密室顯現，一具干尸終于得見天日。
刻有“三”字的吳家木牌，出現在尸體身邊，讓吳邪一時認定其為吳三省本人，險些情緒崩潰。幸虧死者錢包內，有一張名為楊大廣的身份證，讓吳邪逐漸冷靜。
楊大廣的工作證，與吳三省的合照，背面皆有數字零四四，除了錢包內，這些不知是否有深意的物品，房間里還很多被編號的老舊磁帶。眼下暫無進展，吳邪將磁帶帶回住處研究，卻只得到無盡雷聲轟隆。自此后，他日日耳機不離身，不分晝夜地聽著磁帶里的雷聲。
某日夜晚，機緣巧合之下，突如其來地雷聲引起吳邪的注意，經驗證，今夜雷聲竟與其中一卷磁帶雷聲的頻率相同。同樣的雷聲，相隔十年后再次出現，聯想吳三省所留信息，因此牽引出的謎團，讓吳邪心中一團亂麻。
為了弄清真相，吳邪特意找到二叔——吳二白。叔侄二人不顧跪了一地的男人，興高采烈地打著游戲機，吳邪本想趁著吳二白高興，聊一聊吳三省的事情，卻因主動登門的薛老板而打斷。
原來跪在此處的男人，皆是薛老板手下，他此前搶去了九門霍家的買賣，想以此換來吳二白庇護。與方才面對吳邪不同，此時的吳二白渾身散發著讓人為之膽怯的氣息。一根銅簽，簽上一杯滿茶，頭頂出門而不灑，這是吳二白同意保下薛老板的代價。
薛老板本想以金錢籠絡，免去羞辱，結果既失了錢財，也不能豁免。由此證明吳二白一言既出，無可更改，更代表其地位可見一斑。
此番插曲，很快被吳二白拋入腦后，恢復普通長輩模樣，拿出許多美女照片，催促吳邪的終身大事。至于吳三省和聽雷的秘密，吳邪根本不可能從吳二白處得到半點消息。
吳邪敗興而歸，在王胖子的咒罵聲中，收到一條短信，內容是關于揚大廣的資料，得知他是向南氣象站檔案室管理員。這份資料讓吳邪明白，驚雷不過是幌子，想要摸清其中真相，唯有觸及其源頭。
楊大廣早已沒有親人在世，所住房屋也被泥石流掩埋。傳說，他所住山頭因被雷公詛咒，但凡聽過雷公說話之人，耳朵里皆會生出如珍珠般的東西，實則為一種疾病，奪取諸多性命，因此，原本住在山頭的人也早已相繼搬離。
吳邪與王胖子自然不會聽從村民勸告，知難而退。爬上山頭，費勁許久，終于找到楊家舊址，他們卻發現墻壁上有供人攀爬的墻磚。顯然，此處并非被泥石流掩埋，而是有人此前刻意封存。
經查探，二人發現墻壁上刻有碑文，扒開下方并不牢固的磚石，深入之后，果然是楊家祠堂。吳邪一眼便看出，祠堂年代不久，應無任何值錢之物。
吳邪本想拋下吳二白，獨自調查真相，殊不知，他的一舉一動皆在二叔掌握。吳二白帶著手下前往氣象站，一進密室，便連連搖頭，意指吳邪學藝不精。原來，這密室之中，連著另一間密室，其中蛛絲馬跡顯示，原本身在此處的，是一位修復畫作的手藝人。
祠堂內，靈位旁的壁畫引起吳邪注意，觀其表面封有一層包漿，遠比楊家祠堂年代久遠。吳邪推斷此壁畫，定是楊家祖先從別處轉移而來，保存如此完好，實屬不易。
細細觀察壁上所畫，天上繪有雷公，意在雷聲轟鳴，而底下的人正歪頭，似作聽雷狀。如此之快，便能尋到與聽雷相關線索，吳邪不免驚喜，或許這壁畫源頭就是吳三省指引的秘密所在。
見歡喜之物，吳邪下意識伸手觸碰，卻因愛護心，懸在半空作撫摸狀，巧感些許微風襲來。吳邪雙眸一亮，再以燭火試探，搖曳的火苗證實著其內確有氣流涌出。
無法破解機關暗門開啟之法，二人唯有從壁畫底部砸開缺口，此處原有破損，后為楊家之修補，倒也不算糟蹋文物。王胖子隨吳邪身后，一同從狹小的洞口鉆入，只見密室上方，無數繩線拴著許多銅片與銅鈴，其上貼著零四四的數字。
錯綜交雜的銅片和銅鈴，最終匯聚一處，以中心一鼎巨大的銅鐘為主，其下方便是棺槨所在。隨著突如其來得雷聲，震耳欲聾，又仿佛是銅鐘發出，吳邪才恍然大悟，這似是某種雷聲收集器。
雷聲漸息，棺槨中，忽而傳來一陣口哨聲，引得吳邪與王胖子二人不作猶豫，合力將棺蓋打開，其內尸體再現人間。
尸體雖有七耳，唯有一個是真，其余皆是人為割出，或是當地對聲音狂熱的追求，而衍生出得某種風俗。在這些耳朵上，夾雜著些許如珍珠般的圓狀物，印證著雷公傳說的真實性。
一心只想尋寶的王胖子，無意中發現棺底竟另有乾坤。棺底破碎，現出一口方形枯井，四周石壁掛滿了銅片，與棺頂銅鐘相互影響。
此時，雷聲再次響起，其中竟夾雜呼喚“吳邪”的聲響，幽怨詭異。王胖子不信鬼神，怒氣沖沖，回到地面，惹吳邪擔憂追趕，誰知驚現黑影，嚇煞二人。
驚嚇變驚喜，故人十年未見，絲毫未有生疏，短短一句問候，盡顯默契。一直奉命跟蹤的金萬堂，打破了鐵三角重逢的敘舊，待再次下墓，吳邪看著輕易便能打開機關暗門的張起靈，便如同找到了主心骨。
由金萬堂所述，墓中尸體七耳，定是壁畫所繪，乃古國南海落云之王。據聞，南海王便是七耳人，可懂雷公語，與天溝通，一生癡迷逐雷、聽雷。
種種跡象，讓吳邪明白，零四四代表著南海王墓的考古工程。吳三省和陳文錦就是在考古中失去蹤跡，而楊大廣便私吞墓中之物，開啟了長達十幾年的聽雷生涯。
銅片相擊，本是繞梁悅耳，誰知聲聲相傳，以銅片匯入銅鐘，惹來棺底銅片齊鳴，再遇雷聲陣陣，竟有地震塌陷之危。張起靈身在棺井，震得心神動蕩，更因怪物突襲，九死一生。
金萬堂一時手欠，導致古墓坍塌。直至毫發無損的張起靈，再次于眾人面前出現，王胖子才敢松開緊緊抱著吳邪的手。
白日，凡事經吳二白之手，消息很快得回，他帶著手下來到一處破敗房屋，找到氣象局密室內，那位修復大師的住處。他便是和吳三省等人同為零四四考古隊員的母雪海。然此人已瘋瘋癲癲，仍能存活至今，不知得哪位神秘人照養。
與此同時，王胖子和張起靈，在金萬堂搭橋牽線下，來到一處極似酒吧的古董店。老板則是個身材火辣，紋有花臂，看似高冷的少女。