軍用帳篷里，小男孩正聚精會(huì)神地聽(tīng)著一個(gè)青年說(shuō)著盜墓筆記里的故事，他叫那個(gè)男人三叔。光怪陸離的故事，祖?zhèn)鞯谋I墓筆記，這是吳三省留給吳邪最后的印象。
二十世紀(jì)八十年代，東南亞某國(guó)一架飛機(jī)在西南邊境墜毀，撞出一個(gè)古代墓穴。兩國(guó)聯(lián)合考古隊(duì)對(duì)墓穴進(jìn)行勘查，卻在清掃主墓室之時(shí)，出現(xiàn)了意外，數(shù)名勘查隊(duì)員身亡，更有數(shù)人被困，不知生死。
吳三省身為領(lǐng)隊(duì)，親自帶隊(duì)入墓室救人。黑暗且狹長(zhǎng)的甬道，在數(shù)道手電光源襯托下，顯得更加陰森、神秘。隨著眾人深入，電子設(shè)備失去信號(hào)，奇怪的聲音、隊(duì)員的失蹤，此起彼伏地求救聲響徹洞穴。吳三省眼睜睜看著隊(duì)員逐個(gè)消失，就像是被一股神秘而強(qiáng)大力量扯入黑暗。
吳邪在帳篷中醒來(lái)，懷里緊緊抱著那本盜墓筆記，驚慌地奔跑在火光之中，入眼是無(wú)盡黑煙和隨處可見(jiàn)的尸體。
長(zhǎng)發(fā)遮眼，顯得極為頹廢的吳邪，再次從與三叔有關(guān)的噩夢(mèng)中驚醒。一直尋找無(wú)果，他也早已接受三叔死亡的猜測(cè)，每當(dāng)這時(shí)，吳邪都會(huì)反復(fù)翻閱那本盜墓筆記。
吳家依靠著祖輩身為盜墓賊所傳經(jīng)驗(yàn)，逐漸演變成優(yōu)秀的考古人員。吳邪憑借盜墓筆記再次重操祖上舊業(yè)，因此與王胖子和張起靈相識(shí)，人稱(chēng)鐵三角。自從金盆洗手后，王胖子和吳邪以古董店為生，而張起靈則隱居深林，再未露面。
不久前，吳洲一次地震，導(dǎo)致某個(gè)倉(cāng)庫(kù)被震出一個(gè)深不見(jiàn)底的洞穴。隨著一陣急切地敲門(mén)聲，大門(mén)被吳邪從院內(nèi)打開(kāi)，王胖子深夜趕回，就是希望可以說(shuō)服他一同下墓查看。生活拮據(jù)的吳邪，在現(xiàn)實(shí)的逼迫和高價(jià)的誘惑中，選擇了妥協(xié)。
倉(cāng)庫(kù)之內(nèi)，一個(gè)巨大而深幽的洞口顯現(xiàn)在他們面前。只有來(lái)回時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，盜洞才會(huì)需要水泥加固，這就說(shuō)明，他們的腳下很可能是個(gè)大墓。
不待考古隊(duì)趕到，被挑起興趣的吳邪和王胖子迫不及待，下到洞底。沒(méi)走多久，一具具懸吊在半空的棺木，隨著紅繩上的鈴鐺所發(fā)聲響，顯得尤為駭人。細(xì)看之下，每個(gè)棺木上的浮雕都刻著樂(lè)師，手中所持樂(lè)器皆不相同。保存如此完好的吊葬古棺，擁有非常高的考古價(jià)值，二人心中不免激動(dòng)。
吊葬古棺皆有棺露，可滴百年，不可落地，棺材下墓時(shí)，會(huì)以碗接露。吳邪也是在盜墓筆記中看見(jiàn)了些許的相關(guān)記載，至于棺露究竟有何作用，誰(shuí)也不知。
突如其來(lái)得“叫聲”，尖銳而凄厲，仿佛來(lái)自于地獄惡鬼，驚得吳邪和王胖子抱作一團(tuán)。回過(guò)神來(lái)才發(fā)現(xiàn)，這不過(guò)是因他們得到來(lái)，導(dǎo)致溫度變化，棺木縫隙因空氣流通產(chǎn)生的摩擦聲。
隨著王胖子泄憤地一腳，即便無(wú)邪及時(shí)阻止，仍有些許棺露震落在地，瞬間泛起層層綠霧，原來(lái)這些棺露與地面接觸，會(huì)因化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生毒氣。不過(guò)幾滴就能有如此效果，不難想象，若有人魯莽開(kāi)棺，會(huì)是如何凄慘下場(chǎng)。
吳邪與王胖子二人在起重機(jī)的幫助下，成功將其中一個(gè)棺木有驚無(wú)險(xiǎn)地吊上地面。誰(shuí)知，因工人好奇，圍觀觸摸，導(dǎo)致一滴棺露接觸地面，毒氣四散，手忙腳亂之下，整個(gè)棺材砸碎在地。
吳邪身中毒氣送往醫(yī)院搶救，怎料意外獲悉，已身患肺癌晚期，僅剩三月可活。此后一月，吳邪如同行尸走肉，萎靡不振，直至久置不用的手機(jī)收到一條署名“三叔”的短信，方才讓他恢復(fù)生氣，并且根據(jù)吳三省所授破解之法，成功解開(kāi)短信密文。
男人不懼生死，但求死而無(wú)憾，失蹤多年的吳三省，是吳邪心中永遠(yuǎn)的遺憾，如今突如其來(lái)得短信，讓本已心如死灰的他，再次找到了人生意義和圓滿的機(jī)會(huì)。
第二天一早，吳邪剪去長(zhǎng)發(fā)，一掃頹喪，往日朝氣與陽(yáng)光再次回到了這個(gè)少年的身上。根據(jù)密文所指，稍費(fèi)周折，二人竟找到吳三省將名下一塊土地?zé)o償轉(zhuǎn)讓給吳邪的聲明。
山道蜿蜒盡頭，是一處矮樓大院，鐵門(mén)銹跡斑斑，隨著吳邪的推動(dòng)，發(fā)出聲響，盡顯此處荒涼與破敗。二人來(lái)到主樓四處查看，隨著柜后密室顯現(xiàn)，一具干尸終于得見(jiàn)天日。
刻有“三”字的吳家木牌，出現(xiàn)在尸體身邊，讓吳邪一時(shí)認(rèn)定其為吳三省本人，險(xiǎn)些情緒崩潰。幸虧死者錢(qián)包內(nèi)，有一張名為楊大廣的身份證，讓吳邪逐漸冷靜。
楊大廣的工作證，與吳三省的合照，背面皆有數(shù)字零四四，除了錢(qián)包內(nèi)，這些不知是否有深意的物品，房間里還很多被編號(hào)的老舊磁帶。眼下暫無(wú)進(jìn)展，吳邪將磁帶帶回住處研究，卻只得到無(wú)盡雷聲轟隆。自此后，他日日耳機(jī)不離身，不分晝夜地聽(tīng)著磁帶里的雷聲。
某日夜晚，機(jī)緣巧合之下，突如其來(lái)地雷聲引起吳邪的注意，經(jīng)驗(yàn)證，今夜雷聲竟與其中一卷磁帶雷聲的頻率相同。同樣的雷聲，相隔十年后再次出現(xiàn)，聯(lián)想?yún)侨∷粜畔ⅲ虼藸恳龅闹i團(tuán)，讓吳邪心中一團(tuán)亂麻。
為了弄清真相，吳邪特意找到二叔——吳二白。叔侄二人不顧跪了一地的男人，興高采烈地打著游戲機(jī)，吳邪本想趁著吳二白高興，聊一聊吳三省的事情，卻因主動(dòng)登門(mén)的薛老板而打斷。
原來(lái)跪在此處的男人，皆是薛老板手下，他此前搶去了九門(mén)霍家的買(mǎi)賣(mài)，想以此換來(lái)吳二白庇護(hù)。與方才面對(duì)吳邪不同，此時(shí)的吳二白渾身散發(fā)著讓人為之膽怯的氣息。一根銅簽，簽上一杯滿茶，頭頂出門(mén)而不灑，這是吳二白同意保下薛老板的代價(jià)。
薛老板本想以金錢(qián)籠絡(luò)，免去羞辱，結(jié)果既失了錢(qián)財(cái)，也不能豁免。由此證明吳二白一言既出，無(wú)可更改，更代表其地位可見(jiàn)一斑。
此番插曲，很快被吳二白拋入腦后，恢復(fù)普通長(zhǎng)輩模樣，拿出許多美女照片，催促吳邪的終身大事。至于吳三省和聽(tīng)雷的秘密，吳邪根本不可能從吳二白處得到半點(diǎn)消息。
吳邪敗興而歸，在王胖子的咒罵聲中，收到一條短信，內(nèi)容是關(guān)于揚(yáng)大廣的資料，得知他是向南氣象站檔案室管理員。這份資料讓吳邪明白，驚雷不過(guò)是幌子，想要摸清其中真相，唯有觸及其源頭。
楊大廣早已沒(méi)有親人在世，所住房屋也被泥石流掩埋。傳說(shuō)，他所住山頭因被雷公詛咒，但凡聽(tīng)過(guò)雷公說(shuō)話之人，耳朵里皆會(huì)生出如珍珠般的東西，實(shí)則為一種疾病，奪取諸多性命，因此，原本住在山頭的人也早已相繼搬離。
吳邪與王胖子自然不會(huì)聽(tīng)從村民勸告，知難而退。爬上山頭，費(fèi)勁許久，終于找到楊家舊址，他們卻發(fā)現(xiàn)墻壁上有供人攀爬的墻磚。顯然，此處并非被泥石流掩埋，而是有人此前刻意封存。
經(jīng)查探，二人發(fā)現(xiàn)墻壁上刻有碑文，扒開(kāi)下方并不牢固的磚石，深入之后，果然是楊家祠堂。吳邪一眼便看出，祠堂年代不久，應(yīng)無(wú)任何值錢(qián)之物。
吳邪本想拋下吳二白，獨(dú)自調(diào)查真相，殊不知，他的一舉一動(dòng)皆在二叔掌握。吳二白帶著手下前往氣象站，一進(jìn)密室，便連連搖頭，意指吳邪學(xué)藝不精。原來(lái)，這密室之中，連著另一間密室，其中蛛絲馬跡顯示，原本身在此處的，是一位修復(fù)畫(huà)作的手藝人。
祠堂內(nèi)，靈位旁的壁畫(huà)引起吳邪注意，觀其表面封有一層包漿，遠(yuǎn)比楊家祠堂年代久遠(yuǎn)。吳邪推斷此壁畫(huà)，定是楊家祖先從別處轉(zhuǎn)移而來(lái)，保存如此完好，實(shí)屬不易。
細(xì)細(xì)觀察壁上所畫(huà)，天上繪有雷公，意在雷聲轟鳴，而底下的人正歪頭，似作聽(tīng)雷狀。如此之快，便能尋到與聽(tīng)雷相關(guān)線索，吳邪不免驚喜，或許這壁畫(huà)源頭就是吳三省指引的秘密所在。
見(jiàn)歡喜之物，吳邪下意識(shí)伸手觸碰，卻因愛(ài)護(hù)心，懸在半空作撫摸狀，巧感些許微風(fēng)襲來(lái)。吳邪雙眸一亮，再以燭火試探，搖曳的火苗證實(shí)著其內(nèi)確有氣流涌出。
無(wú)法破解機(jī)關(guān)暗門(mén)開(kāi)啟之法，二人唯有從壁畫(huà)底部砸開(kāi)缺口，此處原有破損，后為楊家之修補(bǔ)，倒也不算糟蹋文物。王胖子隨吳邪身后，一同從狹小的洞口鉆入，只見(jiàn)密室上方，無(wú)數(shù)繩線拴著許多銅片與銅鈴，其上貼著零四四的數(shù)字。
錯(cuò)綜交雜的銅片和銅鈴，最終匯聚一處，以中心一鼎巨大的銅鐘為主，其下方便是棺槨所在。隨著突如其來(lái)得雷聲，震耳欲聾，又仿佛是銅鐘發(fā)出，吳邪才恍然大悟，這似是某種雷聲收集器。
雷聲漸息，棺槨中，忽而傳來(lái)一陣口哨聲，引得吳邪與王胖子二人不作猶豫，合力將棺蓋打開(kāi)，其內(nèi)尸體再現(xiàn)人間。
尸體雖有七耳，唯有一個(gè)是真，其余皆是人為割出，或是當(dāng)?shù)貙?duì)聲音狂熱的追求，而衍生出得某種風(fēng)俗。在這些耳朵上，夾雜著些許如珍珠般的圓狀物，印證著雷公傳說(shuō)的真實(shí)性。
一心只想尋寶的王胖子，無(wú)意中發(fā)現(xiàn)棺底竟另有乾坤。棺底破碎，現(xiàn)出一口方形枯井，四周石壁掛滿了銅片，與棺頂銅鐘相互影響。
此時(shí)，雷聲再次響起，其中竟夾雜呼喚“吳邪”的聲響，幽怨詭異。王胖子不信鬼神，怒氣沖沖，回到地面，惹吳邪擔(dān)憂追趕，誰(shuí)知驚現(xiàn)黑影，嚇煞二人。
驚嚇變驚喜，故人十年未見(jiàn)，絲毫未有生疏，短短一句問(wèn)候，盡顯默契。一直奉命跟蹤的金萬(wàn)堂，打破了鐵三角重逢的敘舊，待再次下墓，吳邪看著輕易便能打開(kāi)機(jī)關(guān)暗門(mén)的張起靈，便如同找到了主心骨。
由金萬(wàn)堂所述，墓中尸體七耳，定是壁畫(huà)所繪，乃古國(guó)南海落云之王。據(jù)聞，南海王便是七耳人，可懂雷公語(yǔ)，與天溝通，一生癡迷逐雷、聽(tīng)雷。
種種跡象，讓吳邪明白，零四四代表著南海王墓的考古工程。吳三省和陳文錦就是在考古中失去蹤跡，而楊大廣便私吞墓中之物，開(kāi)啟了長(zhǎng)達(dá)十幾年的聽(tīng)雷生涯。
銅片相擊，本是繞梁悅耳，誰(shuí)知聲聲相傳，以銅片匯入銅鐘，惹來(lái)棺底銅片齊鳴，再遇雷聲陣陣，竟有地震塌陷之危。張起靈身在棺井，震得心神動(dòng)蕩，更因怪物突襲，九死一生。
金萬(wàn)堂一時(shí)手欠，導(dǎo)致古墓坍塌。直至毫發(fā)無(wú)損的張起靈，再次于眾人面前出現(xiàn)，王胖子才敢松開(kāi)緊緊抱著吳邪的手。
白日，凡事經(jīng)吳二白之手，消息很快得回，他帶著手下來(lái)到一處破敗房屋，找到氣象局密室內(nèi)，那位修復(fù)大師的住處。他便是和吳三省等人同為零四四考古隊(duì)員的母雪海。然此人已瘋瘋癲癲，仍能存活至今，不知得哪位神秘人照養(yǎng)。
與此同時(shí)，王胖子和張起靈，在金萬(wàn)堂搭橋牽線下，來(lái)到一處極似酒吧的古董店。老板則是個(gè)身材火辣，紋有花臂，看似高冷的少女。