御前侍衛伊爾根、烏蘇、塔布一路追殺呂四娘、曹太虛至杭州，曹太虛身受重傷。呂、曹二人退避至呂四娘師兄白泰官的歸云莊內，被伊爾根等人發現，３人調集官兵將歸云莊團團圍住。呂四娘與曹太虛只得扮做采茶父女在龍井村安頓下來，在呂四娘追問下，曹太虛道出呂四娘之母當年與雍正之間一段情緣。曹太虛身中劇毒再次發作時日不多，只有少林寺三德和尚能有法救他，此時三德和尚為查明云明身世，已追至福建南少林。為早日抓到呂四娘，乾隆決定御駕親征趕往福建，呂四娘、曹太虛也為找三德療傷趕往福建南少林。福建總督溫榮玉得知乾隆要微服來福建，與倭寇首領宮本健二策劃驚天大陰謀。云明的突然出現，揭開了溫榮玉隱藏極深的另一層身份。
帶著玄悲大師臨終前的重托，方世玉回到南少林，并將南少林代代相傳并藏有半張藏寶圖的八寶紫金裂梁交給了方丈玄真大師。愛說夢話的云慧無意中聽到藏寶圖的秘密，在云明的威逼利誘下，他說出了所聽到的一切。三德和尚性格放蕩不羈，云明從中挑撥，加之他先棄于南少林又被北少林驅逐，這些都讓玄真大師頗為不滿。南少林三十六房主持之職選拔日期臨近，玄真大師希望方世玉和云明能加緊練功，通過比武選出主持，并將南少林武功發揚光大。卓靈跟隨方世玉來到南少林，在云慧夢語中，她也知道了藏寶圖的存在。當夜在云明的脅迫下，溫榮玉下手殺害了云慧，并嫁禍于三德和尚。在塔林，三德將自己對云明的種種懷疑告知方世玉，在選拔三十六房主持的比武中，方世玉勝出。
精靈古怪的卓靈在尋找藏寶圖中，撞到了她原本以為已不在人世的趙大宏。對趙大宏的表白，卓靈靈機一動，在她的鼓動下，趙大宏心甘情愿加入到替卓靈尋找藏寶圖的行列。呂四娘與曹太虛在去南少林尋找三德和尚的途中，巧遇遭倭寇襲擊的乾隆，關鍵時刻呂四娘與曹太虛二人出手救下乾隆，官兵的到來讓原本想從乾隆口中打探自己母親消息呂四娘不得不放棄。三德和尚的被逐讓呂四娘大失所望，情急之下向方世玉求助。正在方世玉無奈之時，三德和尚突然出現讓曹太虛的傷勢轉危為安。龍顏震怒的乾隆下旨，讓方世玉出山抓捕呂四娘，以期早日得知真相，為逃避追捕，方世玉將呂四娘與曹太虛二人安排到南少林后山靜養。方世玉和呂四娘二人惺惺相惜。為了不禍及南少林，面對前來頒旨的鄂必隆，方世玉表面上應允了抓捕呂四娘的任務。