李建成又上奏李淵，調走了李世民得力的謀臣房玄齡和杜如晦，李世民的幕僚皆感自危。長孫無忌勸李世民：以社稷為重，以國家安危為重，早除禍根。李世民不忍對親兄弟下手。北胡人又復犯大唐，李建成舉薦李元吉領兵討伐，李元吉向李淵請調尉遲敬德、秦瓊、程咬金等李世民手下的猛將，李淵答應。長孫無忌警告李世民：若不早做決定，大禍降臨。李世民還是下不了決心。?東宮有人密報：李建成欲在為李元吉餞行時殺李世民，眾人嘩然，幕僚們對李世民說：若再不下決斷，將離開李世民。李世民只好痛下決心。李世民采納謀士們的主意，密奏李建成、李元吉y亂后宮，李淵召李建成、李元吉進宮詢問。李建成、李元吉在玄武門被李世民的伏兵圍住，李世民含著淚射殺了李建成。李元吉逃跑，尉遲敬德害怕李元吉借李淵皇威反撲，殺了李元吉。這一頁被記錄在史書中，后人稱之為“玄武門政變”。
