莫沫將于飛出事的消息告訴陸主任，陸主任本是跟徐海歐約好吃飯，可他為了于飛還是準備先出去一趟，徐海歐諒解陸主任，跟陸主任約好不見不散。小美的化驗報告已經出來，那只猴子身上攜帶著某種不知名神經毒素，莫沫本想跟陸主任一起去圣心療養院，可陸主任卻讓莫沫先行報警，如果他晚上還沒有平安回來的話就想辦法搜查圣心療養院。
陸主任在梁隊長的幫助下查出圣心療養院的院長王大維有一個弟弟王大齊，他之前留有案底入獄，還在獄中為他人注射某種不知名神經毒素。陸主任深感事情蹊蹺，他帶著花束來到圣心療養院，可前臺小吳卻一口咬定圣心療養院并沒有于飛這個人，陸主任不依不饒要求見圣心療養院的領導，王大維前來接待陸主任，他按照慣例為陸主任倒來一杯水，多次要求陸主任喝下，可陸主任卻當場將水倒掉，執意要見于飛。見陸主任不好輕易唬弄，小吳改口稱自己看錯了，圣心療養院正好有著一名叫于飛的人，王大維開口要帶陸主任見于飛，他要求陸主任先在前臺登記，小吳趁機沒收了陸主任身份證，稱離開之前才能將身份證歸還給陸主任。
陸主任在圣心療養院里見到了如機器人一般的羅玥，他篤定圣心療養院一定有問題。為怕陸主任報警，王大維數刀捅進了陸主任的身體，想將陸主任殺人滅口，陸主任已經奄奄一息，他閉上眼睛之前深深掛念著徐海歐，他應該早點回去，徐海歐還在等著他。與此同時，于飛被帶到地下室注射海葵毒素，他這時才明白圣心療養院是將這些毒素混進療養者的食物跟水中，盯著療養者吃下，致使療養者中毒。于飛并沒有中毒太深，他趁著注射者不注意時反將針筒插進對方身體里，趁機逃出了地下室，等于飛趕到陸主任身邊時，陸主任已經深受重傷，羅玥雖然失去任何意識，可她還是落下淚水，下意識地為陸主任壓住傷口。
莫沫遲遲等不到陸主任歸來，她心急地跟著梁隊長爬門進了圣心療養院。二人趕到前臺之時，梁隊長看著王大維滿手的血跡，他察覺到了事情的不正常，也認出了王大維是王大齊冒名頂替的，王大齊也察覺出梁隊長的身份，他本想撒腿就跑，還是被梁隊長當場抓住，而莫沫則整個人慌亂在現場，梁隊長匆忙讓莫沫先進去救人，叫救護車趕來圣心療養院。
救護車第一時間趕到圣心療養院，司喬于飛參與陸主任的搶救手術，可陸主任還是傷情過重無法挽救，當場死亡，徐海歐得知消息后趕來醫院，當場癱倒在手術室門口，而羅玥則被平安救出，她雖然身體無恙，可心底里的傷卻永遠好不了，如果不是因為她，陸主任也不會死在圣心療養院，是她害死了陸主任，小美看著自責愧疚的羅玥也心底難過，她出聲安慰羅玥，所有的事情都不是羅玥一人的錯，不止他們失去了陸主任，羅玥也失去了陸主任，他們都一樣難過。
下班之后，飛行醫療部的所有人員都聚在陸主任的辦公室里，徐海歐也趕了過來，她將自己還沒有來得及送出的領帶放在了陸主任的位置上，飛行醫療部所有人都為陸主任倒上了一杯紅酒，回憶起了陸主任先前跟他們所過的每一句話，共同敬陸主任最后一杯酒，也徹底地接受了陸主任離開的事實，他們所有人都深愛著陸主任。
王大齊因故意殺人被判死刑，徐海歐在聽到王大齊的判決后才終于放心，至少陸主任的死不是白死，她獨自一人來到之前陸主任約好的餐廳，餐廳服務員認出徐海歐后，將陸主任先前準備好的求婚戒指歸還給徐海歐。這枚戒指陸主任已經無法親手為徐海歐戴上，可徐海歐還是自己將戒指套進了無名指，她早已經深愛著陸主任。
陸娜前來接陸主任回家，陸主任的死令她無比難過，可她卻打從心底里為陸主任感到自豪驕傲，陸主任這一輩子救了那么多人也值了。因著陸主任離開，飛行醫療部少了一個人，晏睛想知道郭凡還愿不愿意重回飛行醫療部，郭凡搖頭拒絕，經過這么多事情，她已經放下心底執念，急診會比飛行醫療部更適合她。
飛行醫療部急需要一個人接陸主任的班，戴院長想從司喬跟于飛之間選擇一個接班人，二人都相互推讓，于飛認為司喬的沖動熱情就像年輕時候的陸主任，可司喬卻深知他不夠成熟理智，無法擔當重任，故將接班人的位置推給了于飛，于飛只稱自己需多加考慮。莫沫看到二人出來，她急切上前問二人結果，司喬想知道如果今天是莫沫來選，莫沫會選擇他還是于飛，莫沫一時語結無法應答，司喬輕笑著安慰莫沫，深知這件事情急不來。
戴院長遲遲無法從司喬跟于飛之中挑出接班人，故讓徐海歐暫時接替陸主任的位置，成為飛行醫療部的代理人，何主任從旁協助，擔任技術顧問。急診部，司喬、于飛跟莫沫都在急診幫忙，一節目舞臺坍塌導致多人受傷，受傷人員被送往急診，一名叫余天的男人重傷手術，女孩婉玲守在手術室外，另一名男人卻因吃醋而對婉玲大發脾氣，莫末出言安慰婉玲，婉玲正在兩個男人之間游離徘徊，她以自己的親身經驗告訴莫沫，如果愛一個人應該更直接，更快地將自己的心意告訴對方。莫沫心底正猶豫不決，司喬將自己對病人的判斷告訴莫沫，莫沫質疑起司喬的判斷，讓司喬先行過問于飛，司喬因此心中不快，卻還是按著莫沫的意思來。
病人的CT掃描出來，司喬先前的判斷并沒有任何失誤，可他卻因為莫沫的判斷而遭到何主任的斥責，看著司喬遭斥責，莫沫站出來為司喬辯解，何主任誤以為二人已經在談戀愛，再次對二人一通斥責。何主任離開后，莫沫給出了司喬答案，在于飛跟司喬之間，她選司喬，希望司喬接陸主任的班。莫沫深知以她跟司喬之間的感情，二人無法單獨出任務，可司喬卻誤以為莫沫是想單獨跟于飛出任務，心底失望難過。
生物學家陳弛在雪山里發現了兩名被黑豹襲擊的人，他打電話給晏睛，希望晏睛能出動直升機救援。在飛行醫療部的堅持下，徐海歐同意了雪山飛行救援。之后，飛行醫療部一同出任務，卻在途中遇到了兇猛的黑豹。黑豹虎視眈眈盯著莫沫，司喬為保護莫沫慢慢上前擋在了她的身前，自己卻遭遇黑豹侵襲，幸虧晏睛跟于飛用火把救助，陳馳朝黑豹小九開了一槍麻醉，小九安靜下來，司喬得以逃生。司喬受輕傷，于飛想要報警關于黑豹的事情，可陳弛卻阻止了于飛，在他心底里，小九就像是它的家人一樣，它獨自一人在雪山上孤零零的，他不愿意小九遭遇任何危機。
陳英琦突然暈倒，飛行醫療部進行緊急治療，可陳英琦卻心臟停止跳動，晏睛接受不了突如其來的現實，她哭著為陳英琦做心臟復蘇，懇求陳英琦能夠留下來，不要丟下她一個人，她愛陳英琦。聽到晏睛的話，陳英琦醒來，他回應著晏睛，飛行醫療部集體送上祝福。原來，這一切都陳英琦的求婚策劃，陳英琦將心底里的話都告訴晏睛，當場跪地向晏睛求婚，為晏睛戴上了戒指。
夜晚，飛行醫療部一行人共同慶祝陳英琦求婚成功，于飛當場宣布出自己的決定，他準備申請接替陸主任成為飛行醫療部的負責人，全場都為于飛的決定感到欣喜。正在這時，司喬接到福利院的電話離開，晏睛跟郭凡勸說莫沫跟上，有些人有些機會也就這么一次，如果莫沫選擇無動于衷就一輩子都錯過了。莫沫喝光眼前的這杯酒，她壯著膽子跟上了司喬。
福利院里，司喬正在哄楊若修，可楊若修卻不理司喬，唯獨認出了前來的莫沫。莫沫當著楊若修的面夸獎起了司喬，對司喬表明了愛意，她早在不知不覺中就愛上了司喬，每一次她出事的時候都是司喬像個超人一樣擋在她面前保護她，她也想當超人保護照顧著司喬。司喬十分意外莫沫的這番話，可他心底里卻沒有半分安全感，不相信莫沫的話。莫沫上前親吻起了司喬，司喬直到這時才明白莫沫的心意，熱烈地回吻著莫沫，二人終修成正果。
于飛成為了飛行醫療部的負責人，他獨擋一面，行事做風越來越像陸主任，就連訓斥司喬的口氣也一模一樣。一轉眼已經到了陳英琦跟晏睛的婚禮，二人請了徐海歐主持婚禮，由司喬跟于飛當作伴郎，可女方卻差了一個伴娘，晏睛請了羅玥前來，于飛看到羅玥心底十分意外，晏睛主動將空間讓給了二人，二人一番談話后終于走出了那段陰影，陸主任永遠活在他們心中，而他們必須繼續往前走。
陳道明陪郭凡前來參加婚禮，徐海歐為二人主持婚禮，戴東院長更是親自為二人證婚，二人在醫療行業所有人的目光下互相交換了戒指，組成一個圓滿的家庭，接受著眾人的祝福。同時，急診部的顧主任在經歷這么多的事情之后，也終于明白了自己的心意，接受了昔日愛人趙醫生。趙醫生因著顧主任的點頭而倍感欣喜，他在婚禮上喝了兩杯喝卻突然暈倒，司喬、莫沫跟郭凡緊急將趙醫生送往急診，經過司喬的判斷跟檢查報告的顯示，最終確定趙醫生安然無恙，顧主任這才放下一顆心，也真正感到了后生可畏四個字。
宴會廳上，于飛喝多了當場表演走直線，小美借著酒意向司喬表白，看到了司喬的反應，小美只好轉口稱她剛剛的話只是玩笑。這場晏會令所有人都大感歡喜，就連一向嚴肅的徐海歐都倍感興奮，她當場跟新娘子晏睛跳起舞來，其余人都進場狂歡，在場的所有人都臉上掛滿了笑容，司喬仿佛像在宴會上看到了陸主任的身影一樣，他心底里很清楚地知道，陸主任一直都活在他們的身邊，一直都活在他們的心里，從來都沒有離開，自他第一次踏進飛行醫療部開始，他就無法自拔地愛上了這個地方，他們雖然是平凡人，卻生活在不平凡的地方，譜寫著只屬于他們之間的故事。
（大結局完。）