鄭書鵬是第十九批到卡巴利亞援非的傳染病專家，任中國醫療隊副隊長，他們在卡巴利亞首都費爾雷恩的中卡友好醫院工作。轉眼二年期限已到，醫療隊歸國的日期悄然而至。回國之前，書鵬最放心不下蓋斯姆醫生，老蓋在中國留學多年，即將升任中卡友好醫院外科主任，他是鄭書鵬在卡巴利亞最好的朋友。看到老蓋又在診室與患者擁抱道別，書鵬忍不住強調他接診要規范化，這樣才能保證自身的安全。
下班后鄭書鵬和謝云虎外出采買，他最喜歡到舊街道逛，雖然卡巴利亞經濟并不發達，但他們生活簡單快樂，待人熱情真誠。老蓋中午親自下廚做了中國菜帶給鄭書鵬，得知老蓋在西紅柿炒雞蛋里放了醬油和老抽，鄭書鵬哭笑不得。
誰也沒想到十八床病人的到來，不僅打亂了援非醫療隊的回國計劃，還給當地帶來了更可怕的災難。
2014年7月18日，老蓋接診了十八床的患者，他初步診斷病人可能得的是瘧疾，但很快十八床一直出血發燒，老蓋安排立即轉重癥監護室。
鄭書鵬在街上接到了醫院電話。他在車上打電話向燕都省醫院馮剛院長匯報了患者癥狀，他懷疑是四級病毒，馮院長提醒他們要防止傳染，他馬上調專家過去。待書鵬趕到醫院時，十八床病人已經進了搶救室，王雯茜在擦滿地的血漬。
鄭書鵬正在看病歷時，謝云虎告訴他十八床病人沒了，書鵬馬上想到了老蓋，他要立即去趟斯賓塞。
泛非通訊組織《全球視界》記者何歡來到了聯合國難民營，正好老同學國超是志愿者前來接她。何歡看到難民營里有一對姐妹，國超介紹姐姐叫瑪雅，經歷了兩次轟炸，父母在第一次轟炸中身亡，最好的朋友在第二次轟炸中沒了，前兩天妹妹一個人在難民營里誤吃了安眠藥，幸虧搶救及時給救過來了，但從那以后，瑪雅再沒說過話，現在她們是彼此唯一的親人。
斯賓塞四級實驗室是卡巴利亞唯一一個可以檢測四級病毒的實驗室，因負責人霍蘭德博士不在，華萊士博士只接收樣本，鄭書鵬告之情況危急，并說明自己有實驗室的培訓證書，華萊士才允許他們進入。四級病毒的致死率極高，實驗員需穿全隔離防護服，一旦進入核心區，這身防護服就是實驗員和高級病毒之間的唯一防線。在非洲，因人類和野生動物距離過近，很多危險病毒都在此肆虐，鄭書鵬最擔心的是18床感染了四級病毒。
何歡看到瑪雅瘋了一樣打一個老婦人，趕緊把她拉開，國超告訴她，老婦人前天手里拿了一張兒子照片，她兒子身上穿著反叛軍的衣服，手里拿著機關槍，難民營里的人因為戰爭失去了一切，所以他們恨反判軍。何歡確認了反判軍的衣服后，想起她來時拍過那個孩子的照片，后來聽同事說那個孩子已經陣亡了，只有十九歲。何歡接到電話后即將啟程到卡巴利亞，她讓國超幫忙給營里的孩子們買點新衣服。
十八床的病毒檢測結果是陽性，鄭書鵬立即想到了他的密接者：老蓋、護士長簡妮等等人。因卡巴利亞出現首例埃博拉病毒，中卡友好醫院緊急封鎖，院內集中消殺，接診的病人被集中隔離。
晚上，王雯茜學習了埃博拉病毒癥狀后，想起自己擦拭地板血漬的場景嚇得渾身發抖，在這個異國他鄉的黑夜里，她忍不住哭了起來。
陳柏欣副院長宣布：中卡友好醫院即日起停診，所有人員不能離開駐地，接觸過十八床的醫護人員都已經隔離，還有密切接觸的要及時上報。中國醫療隊援非五十年了，已積累了豐富的經驗，沒有發生過隊員感染。隊友們和隔離的王雯茜視頻，祝她生日快樂，其間突然有人問院長：他們中如果有人感染是否意味著要客死他鄉了？氣氛頓時悲涼起來，女隊員已經有人低聲啜泣。
看到大家情緒低落，鄭書鵬鼓勵隊友們不用過度擔心，他們來自于流行病擅長的燕都省人民醫院，2003的非典都打了勝仗，埃博拉是他們研究了三十年的病毒，更不會輕易被它打倒。
2014年7月19日，老蓋隔著玻璃窗懇求書鵬放自己出去，他約了病人手術，鄭書鵬笑道給他準備了禮物，等他病好后自己來看，二人隔空擁抱。
7月28日，燕都省人民醫院院長朱永成召集醫護人員開會，通知世界衛生組織發布的公告：在西非爆發的埃博拉疫情正式確定為國際關注的公共衛生事件，呼吁各國給予合作，衛計委的領導也在日內瓦會議上表態中國將和非洲人民站在一起，積極投身到抗擊埃博拉的戰爭中去。醫護人員聽后紛紛舉手表決愿意出征非洲，重癥醫學科主任范依林提醒大家不要一拍腦門就去非洲，要充分認識風險才能正確做出決定。李院長連線援非的陳柏欣副院長，讓陳院長介紹當地疫情情況。與此同時，費爾雷恩政府和霍蘭德博士也對當地民眾通報疫情數據：截至目前死亡8例，均來自中卡友好醫院的醫護人員，他們當前要重視院內感染，防止更多人員傷亡。
鄭書鵬接到強森電話要出去，謝云虎本想一起，卻被陳柏欣拉著接待華新社記者采訪。
鄭書鵬意識到，當地人的熱情和樂觀使埃博拉疫情已經迅速蔓延，強森經營著一間酒吧，他是擁有多個博士學位的天才，也是實驗室的高級研究員，前段時間鄭書鵬讓他幫忙設計一個疫情風險系統，他現在做出來了，雖然目前這個系統實現的功能只有當初預想的10%，但至少可以幫助卡巴利亞開展疫情防御工作了，鄭書鵬非常感謝強森的幫助。
老蓋隔著圍欄要找鄭書鵬，說有禮物要送給他，謝云虎答應一定幫他轉達。老蓋被護士帶走后，謝云虎突然意識到自己的手剛才接觸了老蓋抓過的欄桿。
鄭書鵬根據強森提供的跟蹤系統，很快追查到十八號不是來自病歷上記錄的山宜村，而是來自桑宜村。他回醫院后謝云虎躲在屋里不敢見他，書鵬只好隔著窗子告訴他調查結果。之后，他在隔離病人記錄板上看到：28日老蓋已經有了發熱癥狀，書鵬心里一沉，他最擔心的事還是發生了。
燕都省人民醫院中西醫結合科主治醫師何東和腫瘤外科主治醫師羅啟晗一起在體育場鍛煉體能，何東立志要去援非，他聽說檢測隊已經出發了，判斷派醫療隊是遲早的事，羅啟晗提醒他一定做足必要的準備。
謝云虎晚上接到了妻子文燕硯的視頻電話，燕硯懷孕了，她看出云虎狀態不對，追問原因，云虎開始說可能感染了埃博拉，后來趕緊改口說只是瘧疾。掛了電話，燕硯有了分娩癥狀，立即和媽媽一起去了醫院。7月28日，所有接觸過十八床的醫護人員除了老蓋和王雯茜，其他的全部死亡。
卡巴利亞政府向公眾通報：十八床病人來自反武裝控制的桑宜村，隨著卡巴利亞首席埃博拉專家凱拉慕博士感染埃博拉身亡，卡巴利亞的醫療力量更加捉襟見肘，他們迫切希望得到國際援助，請求各國派出醫療隊支援。
何歡找到桑宜村的甘姆了解情況，甘姆介紹他們村人很多在黑石寨打工開采鉆石，好像最近那些人都沒回來。半路上，何歡碰到了同事伊莎貝拉準備假扮無國界醫生到桑宜村，她與何歡擁抱道別。
甘姆回憶那天他和往常一樣騎車送香蕉，看到了何歡讓他在村子里等的馬克（鉆石掮客），甘姆發現馬克進寨后一直沒有離開。
鉆石礦區里，馬克把介紹埃博拉病毒的書拿給反武裝首領塔巴那西看，參謀長寞塞斯過來匯報最近一個月出現疑似癥狀的工人和他們的家屬已經隔離了。馬克問起阿達瑪，寞塞斯抱歉沒及時發現阿達瑪感染，導致他趁亂逃出黑石寨求醫。馬克說一個月前，黑石寨出現不明傳染病時，吉布森就讓他們抓緊防疫，結果不但桑宜村醫生被感染死了，還白白損失了兩條走私船，寞塞斯有些惱火，質問馬克為何還不走，馬克說他在等塔巴那西降價出售鉆石。這時侍衛長烏爾曼過來服務寞塞斯。
何歡從甘姆處得知這次馬克來了后黑石寨的戒備越來越嚴，她決定親自前去一探究竟，以無國界醫生身份先進入反武裝緩沖區。路上，何歡看到一群人圍著一具尸體在親吻，甘姆告訴她這是當地的風俗。他們到達醫療點后，碰到了莫塞斯和布拉罕醫生，甘姆說布拉罕是來替換之前失蹤的醫生，何歡主動上前和布拉罕打招呼，說自己是來幫助他們的，布拉罕看了她一眼一言不發就走了。莫塞斯叫何歡過去摘下口罩檢查，還要看她的證件，沒想到何歡遞上護照后，莫塞斯開車揚長而去。何歡由此斷定這個地方已經爆發埃博拉了。
午飯時，鄭書鵬來看老蓋，看他吃得狼吞虎咽稍稍安心，他送給了老蓋一件印有中國國旗的白大褂，老蓋非常開心，回送了書鵬一個木雕石猴，還把志愿者提莫斯介紹給書鵬，他現任埃博拉調度員。書鵬離開后，老蓋馬上放下了碗筷，讓提莫斯給自己拿紙和筆。
2014年8月12日，老蓋病危，鄭書鵬沖到隔離區對昏迷的老蓋喊道：不要當逃兵！他穿手術服的同時腦海里迅速浮現出了二人曾在海邊奔跑聊天的場景，老蓋當時對著大海吶喊他有個夢想就是想回中國，書鵬笑道這很簡單，他一定能實現。鄭書鵬做好準備趕到病房時，發現渾身是血的老蓋搖搖晃晃地從病床上爬起來要出去，醫護人員呼叫了警衛，書鵬懇求警衛不要開槍，他趕緊拿了張隔離膜捂到了老蓋身上，就這樣，老蓋直挺挺地撲在鄭書鵬身上去世了。當地人說老蓋的詐尸是不想孤獨地離去，書鵬想至少在老蓋生命的最后一刻他是在朋友的懷抱里離開的。
國內，馮剛副院長做為先遣專家考察歸來，朱院長開會通知：醫院已接到上級指示，將派出醫療隊和檢測隊一起，前往卡巴利亞執行抗疫任務，院里連夜對報名人員綜合能力篩選后初選出四十位，經測試后最終將確定二十位人員，由馮剛副院長帶隊前往卡巴利亞執行援非醫療救助，院里對醫療隊的要求是：打勝仗零感染！三天準備，16號出發。有人提出：卡巴利亞已經出現院內感染，如何保證醫療隊不被感染？馮剛介紹說，衛計委領導已會同各國流行病專家以最快的迅速制定出了援非醫療隊同志的安全防護措施和操作流程，并將于15日前準備好他們在無人區生活半年的物資采購，保證安全送到卡巴利亞，他們的吃穿用度是國家任務沒有商量。他相信在國家強有力的支持下，醫療隊一定能順利完成抗疫任務。會后，馮剛即組織開始體能測試，測試不通過者直接淘汰。
卡巴利亞，黑石寨設了關卡，何歡和甘姆進不去，兩人在寨子外意外發現有一群穿防護服的人，從寨子里押出來了很多人像要掩埋，逃跑者槍斃。二人暴露后被帶到了莫寨斯面前，莫塞斯二話不說舉槍就要殺他們，何歡趕緊解釋自己是無國界醫生，可以幫助他們切斷感染源，見莫塞斯不為所動，布拉罕醫生氣憤地說這里情況復雜，只靠自己一個外科醫生根本無法有效防止疫情蔓延，把何歡留下能夠幫助他們抗擊疫情，他毫不畏懼地走到莫塞斯槍口下讓他看著辦，正在二人對峙時，塔巴那西妻子勞拉過來了，她提醒莫塞斯布拉罕現在是村里唯一的醫生，他這樣做會害死所有人，莫塞斯只好作罷。
王林的體能測試沒有過關，他生氣自己平時訓練非常努力，一腔熱血卻敗給了冰冷的數字，懇求院里再給自己一次機會。馮剛告訴大家：二十減一等于零，埃博拉通過接觸傳播，如果他們中有一個人感染，哪怕只有萬分之一的疏漏，他們所有人的骨灰就會永遠留在異國他鄉，正是為了避免這萬分之一的疏漏，他們今天才制定了非常嚴苛的體能數據指標。
8月15日，提莫斯把老蓋的遺書交給了鄭書鵬，遺書中老蓋說了兩件事：第一，請求書鵬解剖自己的尸體用以進行埃博拉病毒研究，這是他對自己國家和世界所能做的最后一點貢獻。只可惜，目前卡巴利亞的醫療條件無法滿足老蓋這個遺愿。第二，在他死后，朋友們不要難過和自責，他認為死亡是另一種存在方式，他們終將會相遇。這樣當了逃兵離開是他此生最大的遺憾。最后他懇求鄭書鵬幫自己挽救苦難的國家，幫助同胞們一起戰勝埃博拉。
鄭書鵬通過大使館向卡巴利亞政府提交了申請，希望他們批準自己留在卡巴利亞繼續抗疫，現在當地醫護人數犧牲人數已經過半，他請求進入桑宜村，在危急時刻履行醫生的職責治病救人，為此他愿承擔一切后果不計生死。
中國駐卡馬利亞大使柳蔭楠給陳柏欣打電話說，絕對不能掉以輕心，昨天從國外入境的女乘客疑似埃博拉，已經緊急隔離了，檢測結果還沒有出來，他們離疫情只有一個航班的距離。
王雯茜終于解除了隔離，陳柏欣率全體隊員歡迎她歸隊，他高興地宣布：所有隊員檢驗結果全部陰性，很快他們都可以回家了！正在這時，謝云虎跑過來匯報說鄭書鵬不見了！
卡巴利亞政府召開疫情通報會之前，向媒體公布了鄭書鵬遞交的援非申請，宣布正式聘請鄭書鵬做為外國專家進入桑宜村指導疫情防控工作。