蔣介石讓盧漢指揮“整肅”，同時要求與毛人鳳采取統一行動，明示楊杰是頭號重點。盧漢回到昆明，立即通知楊杰化妝飛香港。通知楊青田、張天放等人躲避。在“九.九整肅”中被捕的有四百多人。毛澤東說，要正告盧漢，被迫無奈抓了人就先關著，不能開殺戒。盧漢命令警察局長、憲兵團長確保政治犯的安全。后來，盧漢請李宗仁批準釋放。
