以未來決斗冠軍作為目標的九十九游馬，是個以「一飛沖天！」為口號，相信自己的可能性并對任何事都持續挑戰、精力充沛的少年。可是，在熱愛的決斗方面的水平卻是初學者等級，而且還是連敗紀錄冠軍。某一天，好朋友·武田鐵男的卡組被外號「鯊魚」學校頭號不良少年·神代凌牙給奪去了。游馬不畏強敵果敢地對抗，但不僅重要的護身符「皇之鍵」被弄壞，還要跟全國大會等級的鯊魚以決斗分個勝負！在驅使強力怪獸召喚方法「超量召喚」的鯊魚面前，游馬會…！？
決斗中，突然游馬面前出現神秘生命體。他自稱名叫「星光體」，并從旁指導決斗，但我行我素的游馬全然不聽勸告。結果敵人鯊魚的「No.」怪獸「No.17?海惡龍（No.17?リバイス?ドラゴン)」不停地猛攻，游馬越來越被逼入絕境危機之中。但是，游馬懷著不放棄勝負的堅強之心，面對敵人準備反擊。
自鯊魚戰以后，游馬和星光不能分離，勉強地開始了共同生活。就在那時，游馬的姐姐·九十九明里的電腦死機，重要的稿子全部消失了！明里陷入恐慌狀態，游馬被命令去找可用來替代的獨家新聞。上街一看，交通燈停了，自動售貨器自己飛出罐裝果汁……街上也陷入大恐慌。引發城市混亂的原因，原來是電腦病毒。這到底是誰干的好事呢！？