林濤開車帶著大寶，大寶認為秦明的案件有很大的疑點，而且兇手對秦明十分了解，并將所有的證據都指向秦明。大寶很不明白，秦明平常的生活就是工作，怎么會有仇家。林濤提議應該先從秦明偵辦過的每一起案件查起。
大寶將所有秦明偵辦過的案件檔案袋都找到，連夜在解剖室尋找疑點，堆成山的檔案袋里大寶細心的尋找著，一份花了兩年時間才結案的案件引起了她的注意。這件案子發生在2010年，一個女生躲在車里大喊救命，一個蒙面黑衣人砸碎玻璃將她帶走。后來警方抓住了犯罪嫌疑人，并在嫌疑人家里找到了贓物，但是DNA比對結果不符合，局長很是疑惑，懷疑是秦明的檢測結果出了問題，但是卻憑借自己的經驗斷定嫌疑人就是這個人，因為他有兩次前科。后來，犯罪嫌疑人也親自畫押認罪，后來秦明才明白犯罪嫌疑人因為曾經做過骨髓移植而改變了DNA。大寶受到啟發，現場遺留的DNA很可能是接受過秦明造血干細胞移植的人。
林濤和大寶去附近的所有可以做造血干細胞移植手術的醫院尋找證據，終于功夫不負有心人，在最后一家醫院找到了一個秦明曾經的捐獻者，張超，兇手果然還是留下了線索。而且主治醫師一欄是空的，更加說明有問題。局長命令林濤對犯罪嫌疑人張超進行抓捕，但是大寶卻因為在休假期間違反規定，停職查勘。
大寶很失落，一個人離開警局。此時的秦明在拘留所中有些絕望。
林濤帶隊抓捕張超，犯罪嫌疑人的家里沒有找到人，卻找到一把解剖刀，突然聽到動靜，一個男子逃跑，林濤趕忙追上，追了很遠終于追到。
張超被抓回局里，案件真相大白，秦明也可以被釋放了，大寶和林濤等在監獄門口，看到秦明很高興。秦明也很高興，向大家道謝，才得知大寶被停職查勘，大寶安慰秦明，就當你給我放個假，沒準我就相親成功了。
審訊室里，秦明見到張超，兩個人對峙，秦明問你同伙是誰？張超卻說沒有同伙。秦明質問，你的個人簡歷說明你根本沒有這樣的專業知識和經驗，尤其無法造成羅鑰身上一刀斃命的傷。張超依舊不改口，說沒有同伙，就算有也是你秦明，因為我們流著同樣的血。秦明有些發怒，惡狠狠地對張超說，那我為我的血感到惡心，你不要忘了，你就是一個傀儡。
大寶晚上一個人回家，感覺有些不對，終于安全回到家里，躺在沙發上就睡著了，秦明打來電話說要一起吃飯。大寶有些困，但是還是答應了秦明。
警局開會，即使抓住了張超，但是還有同伙在外面，所以要繼續查案，從張超身邊的人查起。
大寶在去池子廚房餐廳的路上被打了一棍暈倒。
秦明和林濤等了很久，林濤建議秦明，一會兒大寶遲到了千萬別怪她，她為了你的案子最近幾乎沒有睡覺。秦明有些無奈，問林濤自己在你們眼里就這么不通人情嗎？林濤列舉了秦明一系列奇怪的地方。秦明無奈，問自己是不是得罪了很多人？林濤說當然。
這時，秦明的手機響了，是大寶。接起來，卻是一個女人，說大寶在我手里，威脅秦明不要驚動任何人。
秦明沒有說話，聽著電話里女子的聲音，女子問你還記得四年前的水良案嗎？秦明終于想起，你是水良的妻子池子。池子發來視頻，大寶被關在一個水箱里，依據水流的數度還有一個小時水就會淹沒大寶的鼻子。
視頻里有光，是燈塔，秦明打車去燈塔集中的新龍灣。水箱里的大寶只有微弱的意識，身邊的一個女子正在拿針頭取藥，轉身，大寶認出這是池子廚房餐廳的老板娘，大寶意識到，一直在陷害秦明的就是她。池子威脅大寶，讓她打電話讓秦明來救她，大寶拒絕了池子，池子將藥注射到大寶身體里，大寶再一次暈了過去。
秦明推測著大寶的位置，他很著急，電話里，池子將這四年自己為了復仇，步步為營，辭去了醫生的工作，開了池子廚房餐廳，慢慢的接近秦明，最后終于嫁禍秦明讓他成了殺人兇手，但是大寶救了他。
秦明找到池子，大喊著，有什么事情沖我來！池子卻在暗處說，給你一個選擇，要不殺了我，要不看著大寶死。秦明質問，你想讓我干什么？池子讓他跪下，看著自己。秦明跪下，池子很得意，說自己當年在法醫辦公室門口苦苦求你，可是你卻很冷漠。秦明說，不要再為這個案子糾結，水良不值得。
池子開始回憶，那一年，自己就要嫁給水良，原本自己是一個可以得到幸福的女人，但是婚禮當場，水良卻被警察抓走，池子很難過，悲傷的喊叫著：“他是我老公，不是嫌疑犯！”池子暈倒了，自己的父親也受不了打擊，當天腦淤血死亡了。就是因為秦明，池子失去了兩個最愛的人。
秦明也很憤怒，我只是做了我職責讓我做的事，從來沒有想過破壞你的家庭和幸福。你的幸福本來就是一個虛妄的幻覺，水良是一個強奸殺人犯，五個受害者的身上都有他的NDA。真相不會因為觀察者存在而改變，你可以否認水良是一個殺人犯，但是受害者的家屬不能否認，每一個死者都擺向我的面前，我可以否認嗎？
池子完全沒有聽進去秦明的話，她說自己不介意水良是不是殺人犯，他就是自己最愛的那個人，而這一切都是秦明毀了的。
秦明看著水箱里的大寶，水已經快要淹沒她的。秦明讓池子殺了他吧，然后放了大寶。池子拿槍指著秦明，告訴他即使你死了，大寶也會被淹死，你就帶著內疚去死吧。
這時候林濤及時趕到，開槍打傷了池子，也同時被池子打傷。秦明趕忙去救大寶，但是水箱打不開，唯一的鑰匙在池子肚子里，秦明可以拿，但是那樣他就是一個殺人犯了。池子得意的笑著，秦明不知道該怎么辦，腦海里都是自己小時候看著父親死去的場景，他拿起解剖刀，走向池子，林濤試圖阻止，讓秦明不要沖動，但是秦明執意走向池子，林濤無奈拿槍指著秦明，讓他冷靜。
池子說，自己所有的幸福都在水良給她戴上戒指的那一刻停止了，這一切都是因為秦明。
戒指，秦明想到戒指上鉆石的硬度是可以割裂玻璃水箱的，他搶過池子的戒指，在水箱上劃開一道，然后用滅火器砸開水箱，救出了大寶。
在水中窒息時間超過八到十分鐘，生還的幾率就會變低，醫院里，大寶一直沒醒，秦明守了一天，回憶著這些日子和大寶的點點滴滴。林濤包扎好傷口，也一起守著。
終于大寶醒了，說自己想吃煎餅，加兩個雞蛋。秦明答應她一會兒去買，但是同時，大寶的一切的生命特征都在減弱。
解剖室里，林濤找到秦明，問大寶怎么樣了，秦明不說話。突然，腳步聲走近，誰說我呢。看到安然無恙的大寶林濤很高興，秦明也偷笑。
林濤接到電話，又有命案發生，三個人再次一起出門去案發現場，為每一個死者查出真相。