秦明回到自己的舊宅，推開門，里面的蜘蛛網(wǎng)和灰塵顯示著這里已經(jīng)很久沒有人居住，邁進(jìn)屋子，回憶涌上心頭，那時(shí)候秦明過生日，家里來了很多人，媽媽準(zhǔn)備了一桌子飯，秦明嘴角帶著笑意。但是回到現(xiàn)實(shí)，破舊的房子已經(jīng)人去樓空。秦明看到兩個(gè)紙箱子，里面都是父母以前的照片，另一個(gè)箱子里有幾卷錄像帶，秦明回到家，準(zhǔn)備看在舊宅找到的錄像帶，他喝了口酒，緩緩打開。
影像里，是秦明生日那天，一桌子人為他唱生日快樂歌，十分開心，他許愿永遠(yuǎn)和爸爸媽媽在一起幸福的生活。秦明眼淚在眼眶里打轉(zhuǎn)，自己許的愿，卻沒有實(shí)現(xiàn)。父親曾經(jīng)問自己長大想干什么，他說想和爸爸一樣當(dāng)法醫(yī)，那時(shí)候，爸爸以他為驕傲。秦明哭的看完了影像。最后，大家都喝多了，趴在桌子上，有人把父親叫到陽臺，秦明反復(fù)看著這一幕，連大寶的電話都沒有接。
秦明又找到母親的舊友王阿姨，也參加了自己的生日會，而自己生日會那天晚上，正是父親墜樓的那天，他想知道父親墜樓的細(xì)節(jié)，秦明拿出照片，問當(dāng)天誰和父親去過天臺。王阿姨看了看，指著照片中秦明的母親說這件白色毛衣真好看。秦明很是疑惑，因?yàn)樵谏諘囊曨l里，王阿姨曾經(jīng)將白毛巾認(rèn)成了換毛巾。王阿姨終于想起來，那天喝酒之后自己看什么都是黃色的，喝的是桂花釀，盡管自己酒量好，但還是喝吐了，老羅就不讓喝了。而這位老羅，就是羅鑰，秦明有些慌神，想起自己也曾經(jīng)找過羅鑰。王阿姨說，想了解更多關(guān)于父母的事情，可以找自己父母的老師方教授。
秦明沒有來上班，林濤和大寶很擔(dān)心，找到秦明家，燈開著，門卻鎖著，他們有些擔(dān)心，更希望秦明是談戀愛了。
秦明來到資料室，繼續(xù)找當(dāng)年和父親秦頌案子有關(guān)的東西。
第二天，秦明找到方教授，詢問父母的情況。方教授給秦明看當(dāng)時(shí)班里的照片，感嘆優(yōu)秀的秦頌卻最后選擇了法醫(yī)這一行業(yè)，他有些惋惜，尤其是最后秦頌出了事。秦明問父親和母親當(dāng)年上學(xué)的事情，才知道當(dāng)年最先追求秦明母親葉青的是羅鑰，當(dāng)時(shí)秦明母親拒絕了，最后卻和秦頌在一起了。秦明指著照片中的一個(gè)女子問是誰？方教授說這是孟如月，是羅鑰的前妻。秦明想起父親尸檢報(bào)告上有孟如月的簽名。
秦明找到孟如月，在一家診所里，提起二十年前的事情，她說自己已經(jīng)不是法醫(yī)了。秦明質(zhì)問，秦頌的尸檢報(bào)告上心血檢測正常，但是根據(jù)目擊者的描述，當(dāng)年喝了酒，還伴有頭疼嘔吐的癥狀，心血檢測不可能正常。但是孟如月堅(jiān)定的說自己的尸檢報(bào)告沒有問題。
回到家，秦明分析著一切，到底是誰在撒謊，生日會當(dāng)天王阿姨為什么會出現(xiàn)黃視反應(yīng)？秦明想起見到孟如月時(shí)她吃了一片地高辛，一種常見的治療心臟病的藥物，但是過量使用會引起中毒。秦明仿佛想起了什么，匆忙離開。
局長找到林濤，詢問最近臼齒事件他怎么看？林濤表示這個(gè)人是在挑釁警方，但是是什么人線索還是太少。局長告訴林濤，秦明正在私下調(diào)查自己父親二十年前墜樓的事情，并且讓林濤盯緊秦明。
秦明怒氣沖沖地找到孟如月，指出當(dāng)天的人是地高辛中毒，通過血液檢測時(shí)可以檢測出來的，但是孟如月是為了包庇誰才對尸檢報(bào)告做了手腳，是不是自己的前夫羅鑰。孟如月終于說出了當(dāng)年，羅鑰還愛著秦明的母親葉青，但是秦明的母親和父親是真心相愛的，就算秦頌死了，羅鑰也沒有辦法趁虛而入。而這一切，孟如月也是事后才知道的，但是她還是包庇了自己當(dāng)時(shí)的丈夫。
秦明有些激動，你們有沒有想過我，眼看著自己父親死在血泊中，又被誣蔑成一個(gè)瀆職犯，而自己的母親也郁郁而終。自己卻天真的把殺父兇手當(dāng)老師，你們也是法醫(yī)，怎么能干出殺害朋友，栽贓嫁禍，徇私舞弊的事情。
孟如月也有些激動，自己只是愛上了一個(gè)不愛自己的人。秦明最后問，什么地方可以找到羅鑰。
又是雨天，秦明匆匆走在雨中。
新的命案發(fā)生，助手大寶和警長林濤著急的給法醫(yī)秦明打電話，卻始終沒有人接聽，無奈之下，只能由大寶和林濤兩個(gè)人勘察現(xiàn)場。
是一起屋內(nèi)命案，死者羅鑰是屋主，鄰居報(bào)的案，沒有撬鎖的痕跡，很可能是熟人作案。現(xiàn)場財(cái)務(wù)沒有丟失，死者大量出血，大寶判斷是大動脈被割傷導(dǎo)致。尸體側(cè)躺在地面，大寶翻過尸體，卻沒有發(fā)現(xiàn)大的創(chuàng)口，卻留了很多血。而現(xiàn)場有很多打斗痕跡，卻沒有留下任何血手印和指紋，很奇怪。
這時(shí)，有目擊者來提供線索，說自己看到一個(gè)神神秘秘的人，警長林濤聽著目擊者的描述，想起秦明最近奇奇怪怪的行為，以及秦明最近正在調(diào)查自己父親秦頌的案件，不禁拿出法醫(yī)秦明的照片，果然就是目擊者看到的神秘人。
回到解剖室，林濤告訴大寶目擊者看到秦明的事情，大寶給秦明打電話，還是沒有人接。林濤說自己查過死者羅鑰的社會關(guān)系，和秦明以及秦明的父親都有關(guān)系，這太巧了。大寶說自己不相信是秦明，林濤也不相信。
大寶開始解剖尸體，結(jié)合尸溫，死亡時(shí)間在兩三個(gè)小時(shí)左右。大寶開始清理滿是血跡的尸體，林濤覺得很奇怪，這么多血，卻沒有看到傷口。清洗身上的血液后，終于看到一個(gè)小傷口，是利器刺入導(dǎo)致，其他部位再沒有傷口。解剖出死者心臟，有一個(gè)很深的創(chuàng)口，應(yīng)該是一把十厘米左右的十分鋒利的細(xì)小單仁刀。大寶有些猶豫，兇手很謹(jǐn)慎，從作案手法看，很可能是學(xué)醫(yī)的人。
林濤被專案組叫去，大寶給秦明打電話，依舊沒有人接。大寶在假體上研究尸體致命傷是什么造成的，所有鋒利的刀片都試過的，卻還是與傷口創(chuàng)面不服，最后試到解剖刀，卻是吻合的。
林濤向局里描述案情，死者羅鑰，獨(dú)居，死在家中。根據(jù)現(xiàn)場調(diào)查，兇手有很強(qiáng)的反偵察能力，并且兇器是解剖刀，再根據(jù)目擊者的描述，兇手很可能是法醫(yī)科長秦明。因?yàn)榍孛鞲赣H秦頌二十年前因?yàn)闉^職自殺，秦明一直對此深表懷疑，而羅鑰很可能就是殺死秦頌的兇手。大寶也提出，很可能也是兇手利用我們的偵查手段誤導(dǎo)我們，像秦明這樣一個(gè)有經(jīng)驗(yàn)的法醫(yī)，怎么會用解剖工具這樣的證據(jù)來指向自己呢？局長表示，所有證據(jù)都指向秦明，而大寶也有必要避嫌，所以這個(gè)案子交給另一個(gè)組。
局長走后，大寶問林濤，你相信秦明嗎？林濤說相信，但是法醫(yī)和刑警都要根據(jù)證據(jù)判案，所以越相信秦明，我們就越要找出真相。
警察找到秦明時(shí)，秦明在家，頭上有個(gè)傷口導(dǎo)致秦明暈厥了很久，剛剛醒來的秦明不知道發(fā)生了什么，有些抗拒，被強(qiáng)行帶走后，警察在秦明家開始找尋證據(jù)，一把解剖刀，還有一串人體的臼齒被找到。
審訊室中，局長親自審問秦明，秦明表示，自己還沒有見到羅鑰，就被打昏了。秦明承認(rèn)，自己收到檢舉信，并且已經(jīng)確定羅鑰就是殺人兇手。局長又拿出一串臼齒，根據(jù)DNA比對，臼齒不是一個(gè)人的，而且都是受害者的。秦明說臼齒不是自己的，而且這一切都是有人陷害，一個(gè)精心策劃的陷害，用父親秦頌的死引導(dǎo)自己一步一步進(jìn)入他的圈套。
大寶要求繼續(xù)負(fù)責(zé)秦明的案子，但是局長不同意，讓大寶還是回家休息。大寶看著審訊室中的秦明，很是無奈。
林濤到大寶家里找到大寶，拿著秦明案子的檔案袋，為了還秦明一個(gè)清白。
現(xiàn)場沒有指紋痕跡，大寶猜測兇手很可能使用的是橡膠手套，如果是內(nèi)行，用解剖刀和橡膠手套很合理。死者家中有柳氮磺吡啶腸溶片，是一種止疼藥。但是根據(jù)羅鑰的病理報(bào)告顯示，羅鑰有肝病，不能吃這個(gè)藥，很可能是兇手留下的，所以要先從羅鑰的仇家算起。
根據(jù)排查，羅鑰的侄子羅敬成為嫌疑人，他曾經(jīng)公開揚(yáng)言要?dú)⒘_鑰，而且羅鑰沒有兒女，一旦羅鑰死了，他的所有財(cái)產(chǎn)都會歸侄子羅敬。林濤和大寶找到羅敬，在一個(gè)機(jī)器加工廠，羅敬對林濤很不客氣，還懷疑林濤警察的身份，林濤動手將羅敬制服，大寶檢查著羅敬的身體肌肉狀況，患有強(qiáng)制性脊柱炎，身上雖然有止疼藥，但是這樣的力氣無法造成死者身上的一刀致命的傷口，兇手應(yīng)該是一個(gè)力氣很大的人。所有證據(jù)都對秦明不利。
大寶還是不甘心，想偷偷進(jìn)入現(xiàn)場調(diào)查，被發(fā)現(xiàn)后只能隨便編個(gè)理由，說自己要復(fù)查現(xiàn)場。進(jìn)入現(xiàn)場，看著地上的血跡，大寶拉動窗簾，卻看到幾片掉下來的葉子，其中一片葉子上還有血跡。大寶偷偷交給林濤，要求進(jìn)行血液檢測。
檢測室外，林濤和大寶焦急等待著血樣檢測結(jié)果，而根據(jù)檢測，血液樣本DNA和秦明的DNA完全一致。局長表示要對秦明進(jìn)行抓捕，并且委派林濤去。又是一個(gè)雨夜，秦明家里，林濤敲開門，拿出逮捕證，說不要反抗，我不想大家難看，秦明伸出手，林濤給他戴上手銬，就這樣看著秦明被抓。
審訊室中，局長審問秦明，表示在案發(fā)現(xiàn)場有秦明的血跡，秦明很奇怪，看著檢測報(bào)告，表示兇手很高明，并且對秦明的過去十分了解。局長表示，秦明入行這么多年，看了很多案情，發(fā)現(xiàn)人與人之間沒有什么真正的情誼。加上秦明小時(shí)候親眼看到父親的死，之后母親又去世，給秦明留下了心理陰影。局長不驚訝秦明走到這一步，意圖讓秦明認(rèn)罪。秦明很無奈，兇手在你們心中埋下一顆懷疑的種子，這顆種子已經(jīng)開始發(fā)芽，我也沒有辦法。只是想提醒你們，兇手的游戲已經(jīng)開始了，他不會善罷甘休的。
走出審訊室，看到等待著的林濤和大寶，林濤表示我們一定會查清楚，大寶也很擔(dān)心，拘留所里會很涼。
大寶在家反復(fù)看著案情，毫無頭緒。秦明在拘留所里，看著墻壁，想著最近和大寶的一點(diǎn)一滴。大寶也一樣，想著和秦明在一起工作的日子，決心一定要為秦明找出真相。
大寶再次回到現(xiàn)場勘察，林濤也來了。大寶不相信這個(gè)世界上有完美沒有破綻的案子，仔細(xì)排查著現(xiàn)場的一點(diǎn)一滴，大寶想不明白為什么現(xiàn)場有秦明的血跡，而秦明當(dāng)天也受了傷。大寶發(fā)現(xiàn)一個(gè)被大幅度移動的架子，但是上面的工藝品卻完好無損，很奇怪。很可能現(xiàn)場的打斗痕跡是兇手可以偽造的，因?yàn)樗勒呱砩弦矝]有任何約束傷，兇手做這一切都是為了嫁禍秦明。