皇甫謐答應(yīng)嵇康，準(zhǔn)備去做官，但其實是想出門去疫區(qū)救治百姓，香苓知道皇甫謐的心思，便決定與他同甘共苦，一起去疫區(qū)救助百姓。等李公公來到神針堂宣布圣旨，要讓皇甫謐進宮當(dāng)官時，這才知道皇甫謐已經(jīng)連夜去疫區(qū)了。布準(zhǔn)一心支持皇甫謐，打算帶著兄弟們?nèi)ヒ邊^(qū)幫忙，英慧也想跟隨，她雖然是個弱女子，但卻也心系天下。
皇上得知皇甫謐偷偷地去了疫區(qū)，不由得覺得他剛愎自用，梁柳趁機進言，讓皇甫謐立下軍令狀，如果不能再半個月之內(nèi)治好瘟疫，就封鎖疫區(qū)焚燒病原。另一邊，皇甫謐和香苓已經(jīng)到達疫區(qū)，他們發(fā)現(xiàn)百姓們?nèi)诵幕袒?，根本得不到及時的救治，看來，朝廷的救濟糧和藥材并沒有發(fā)到百姓手里，長此以往，恐怕會有更多的人染上瘟疫，皇甫謐決定向皇上稟明此事，尋求支援。
元亨自告奮勇?前去疫區(qū)救治百姓，梁柳滿口答應(yīng)，但其實卻是想讓元亨去疫區(qū)監(jiān)視皇甫謐。元亨礙于梁柳和司馬魁的勢力，不得已只能答應(yīng)下來?；矢χk和香苓在疫區(qū)遇到了春生，發(fā)現(xiàn)春生已經(jīng)感染了瘟疫?；矢χk想給春生治病，但當(dāng)百姓們得知皇甫謐是朝廷派來的人，就都充滿了懷疑，認(rèn)為皇甫謐也和司馬魁一樣，打算活埋病人。
百姓們?nèi)浩鸲ブ?，打算把皇甫謐趕出去，這時候，布準(zhǔn)帶著英慧趕了過來解圍，皇甫謐向大家保證，自己一定會治好瘟疫。百姓們對皇甫謐仍然心存疑慮，皇甫謐只好先給春生治病，通過施針，春生成功醒了過來，大家這才相信皇甫謐，準(zhǔn)備把病人都送到皇甫謐這里醫(yī)治。
元亨帶著人來到疫區(qū)，稱自己是奉了皇上的命令，皇甫謐無可奈何，只好讓元亨也給春生治病。元亨通過診治，給春生開了一個救治藥方，但是和皇甫謐所開的藥方大不相同，兩人因此產(chǎn)生分歧。皇甫謐認(rèn)為瘟疫來勢洶洶，不能采用保守治療，但元亨卻認(rèn)為皇甫謐這是在拿百姓的生命開玩笑，二人一言不合，最后決定各按自己的方法救人。
春生躺在床上虛弱地睜開眼睛，表示自己相信皇甫謐，愿意用皇甫謐的藥方?；矢χk連夜開出了一張更加完善的藥方，成功治好了春生，元亨也認(rèn)同皇甫謐的新藥方，打算正式推廣。然而，梁柳卻利用皇甫謐開的治療制造了假藥水，趁著這個機會斂財。梁柳還準(zhǔn)備給疫區(qū)送過期藥材，在臨走前，他特意來到宮中向麗妃娘娘告別。
司馬魁和梁柳在麗妃宮中密謀往疫區(qū)運送假藥材的事情，但此事被云婉隔著門聽見了，云婉不敢怠慢，趕緊告知布準(zhǔn)，讓他轉(zhuǎn)告皇甫謐，一起想辦法應(yīng)對。布準(zhǔn)十分生氣，決定去搶奪好的藥材分發(fā)給百姓。
布準(zhǔn)截獲了一批藥材，準(zhǔn)備送往疫區(qū)，誰知他在半路又被埋伏的官兵抓住了。司馬魁和梁柳趁機告訴皇上，有山賊故意劫走了藥材?；噬淆堫伌笈?，馬上命人帶布準(zhǔn)進來，布準(zhǔn)在大殿上對皇上不敬，皇上便將布準(zhǔn)打入天牢，擇日問斬。王贊在一邊想替布準(zhǔn)求情，可皇上態(tài)度堅決，王贊也無可奈何。梁柳心中竊喜，其實，他早就把藥材藏了起來據(jù)為己有。
王贊將此事告知皇甫謐，眼下最要緊的事便是趕緊找到治療瘟疫的藥材，如果皇甫謐在十五日內(nèi)還不能辦好此事，皇上就要下令屠村，杜絕瘟疫傳染?；矢χk認(rèn)為現(xiàn)在只能依靠自己，他想讓香苓的爹娘聯(lián)合藥農(nóng)一起籌集藥材，但是苦于不知如何神不知鬼不覺地下山。春生告訴香苓，后山有一條小路，無人知曉。第二天，香苓便由小路下山，誰知半路遇到了元亨。
云婉在宮里探監(jiān)布準(zhǔn)，她偷偷地給看守們下了藥，救出了布準(zhǔn)。香苓終于聯(lián)系上了爹娘，希望父母幫忙聯(lián)合藥農(nóng)。云婉帶著布準(zhǔn)來和皇甫謐匯合，皇甫謐讓好友躲在這里不要出去，以免被官兵發(fā)現(xiàn)。香苓的爹娘拿來了一些藥材，皇甫謐趕緊將它們熬成中藥，百姓們服下后，病情有所緩解，這讓大家都很歡欣鼓舞。
第二天，皇甫謐帶著大家上山采藥，英慧不小心滑了一跤，多虧布準(zhǔn)一把拽住了她，英慧對布準(zhǔn)也暗生情愫。幾人在途中見到了飛鳥，布準(zhǔn)箭法非常準(zhǔn)，一下子射中了兩只鴿子，香苓無意中在鴿子腿上發(fā)現(xiàn)了紙條，發(fā)覺內(nèi)部有內(nèi)鬼。這時，元亨走過來逼迫香苓交出紙條，香苓這才明白，元亨是梁柳安置在疫區(qū)的眼線。元亨對香苓步步緊逼，最后竟然將她推下了懸崖。
皇甫謐發(fā)覺香苓沒有回來，便與英慧和春生去懸崖下尋找，卻找到了香苓的手帕。大家經(jīng)過仔細(xì)尋找，卻根本沒有找到香苓的身影，皇甫謐正在心神不寧，卻又得知疫區(qū)里有人感染瘟疫了。皇甫謐分身乏術(shù)，不得不先為病人們醫(yī)治。另一邊，梁柳卻故意傳出消息，讓大家誤以為皇甫謐奉了皇上的命令要屠村。梁柳的心思實在壞透了，他打算一定要害死皇甫謐。
皇甫謐發(fā)現(xiàn)了病源，是村民吃了老鼠咬過的菜，才會讓疫情反復(fù)，當(dāng)務(wù)之急是趕緊找到大批糧食，才能讓村民們不再吃爛菜。春生一直帶著人尋找香苓，但始終一無所獲，皇甫謐非常著急，但他又急著治療大家的病情，真是焦頭爛額。皇甫謐被病人們傳染得了瘟疫，梁柳和司馬魁得知此事，不禁很是高興，覺得皇甫謐難逃此劫。
英慧以為皇甫謐得了瘟疫，不由得十分擔(dān)心，皇甫謐則告訴英慧，自己其實根本沒有得病，只是假裝得了瘟疫，好讓司馬魁對自己放松警惕，也只有這樣，才能潛心研究治療瘟疫的藥方?；矢χk還讓英慧和布準(zhǔn)放出風(fēng)聲，說皇甫謐已經(jīng)病入膏肓，馬上就要死了，并且要將疫區(qū)的病情傳得越嚴(yán)重越好，目的就是讓司馬魁等人著急，趕緊把好藥材送來。
果然，當(dāng)司馬魁得知瘟疫蔓延很快時，變得十分焦急，如果沒有將疫情控制住，這可是沙頭的大罪。于是，司馬魁趕緊讓梁柳把好藥材送到疫區(qū)。皇甫謐想讓梁柳拿出祖?zhèn)髅胤街斡烈?，但是梁柳卻白斑推辭，皇甫謐治好再三勸說，如果梁柳真的治好了瘟疫，那可是大功勞一件。
布準(zhǔn)告訴皇甫謐，梁柳這次送來的都是好藥材，再也沒有發(fā)霉的了，皇甫謐十分高興，讓布準(zhǔn)趕緊煎藥給百姓們服下。元亨來到香苓墜崖的地方，他也不是有心要害死香苓，只是情勢所迫。元亨問心有愧，在懸崖邊不停磕頭，希望得到香苓的寬恕?；矢χk上山尋找香苓的蹤跡，偶然遇見了元亨，他見元亨神色有異，不禁起了疑心。
此時此刻，香苓悄悄地聯(lián)系了春生，給春生送來許多好藥材，然后她讓春生對皇甫謐保密，不能透露自己平安無恙的消息?；矢χk從山上回來，開始研究穴位治療，結(jié)果忽然身體不適，原來，皇甫謐這下子真的感染了瘟疫。元亨發(fā)覺皇甫謐感染瘟疫，便急著想給他煎藥，但藥材本來就不多，皇甫謐堅持讓百姓們先吃藥，自己則一拖再拖。
皇甫謐真的感染了瘟疫，他怕怕司馬魁屠城，便讓布準(zhǔn)和英慧去找王贊保護村民。司馬魁稟報皇上，想要治療好瘟疫，眼下只有屠城一個辦法，因為皇甫謐自己都危在旦夕，而布準(zhǔn)和英慧也不知所蹤?；噬下犃怂抉R魁的建議，決定派人去抓捕布準(zhǔn)和英慧。另一邊，皇甫謐還在親自抄寫青囊經(jīng)和紅囊經(jīng)的筆記，他就算自己身死，也不能讓醫(yī)書失傳。
元亨受不了內(nèi)心的煎熬，他主動向皇甫謐承認(rèn)，是自己失手將香苓推了下去?；矢χk知道，元亨雖然一直被司馬魁和梁柳利用，但品質(zhì)還算不壞，應(yīng)該不是故意要害香苓的，況且香苓無影無蹤，也許還尚在人間。皇甫謐覺得自己時日無多，將抄錄的筆記留給元亨，令元亨大為感動。
一波未平一波又起，司馬魁欲放火燒死皇甫謐，多虧皇甫謐命不該絕，被香苓所救。原來，香苓當(dāng)日墜落山崖，是被封衡所救。如今，封衡又開始救治皇甫謐。