皇甫謐答應嵇康，準備去做官，但其實是想出門去疫區救治百姓，香苓知道皇甫謐的心思，便決定與他同甘共苦，一起去疫區救助百姓。等李公公來到神針堂宣布圣旨，要讓皇甫謐進宮當官時，這才知道皇甫謐已經連夜去疫區了。布準一心支持皇甫謐，打算帶著兄弟們去疫區幫忙，英慧也想跟隨，她雖然是個弱女子，但卻也心系天下。
皇上得知皇甫謐偷偷地去了疫區，不由得覺得他剛愎自用，梁柳趁機進言，讓皇甫謐立下軍令狀，如果不能再半個月之內治好瘟疫，就封鎖疫區焚燒病原。另一邊，皇甫謐和香苓已經到達疫區，他們發現百姓們人心惶惶，根本得不到及時的救治，看來，朝廷的救濟糧和藥材并沒有發到百姓手里，長此以往，恐怕會有更多的人染上瘟疫，皇甫謐決定向皇上稟明此事，尋求支援。
元亨自告奮勇?前去疫區救治百姓，梁柳滿口答應，但其實卻是想讓元亨去疫區監視皇甫謐。元亨礙于梁柳和司馬魁的勢力，不得已只能答應下來?；矢χk和香苓在疫區遇到了春生，發現春生已經感染了瘟疫?；矢χk想給春生治病，但當百姓們得知皇甫謐是朝廷派來的人，就都充滿了懷疑，認為皇甫謐也和司馬魁一樣，打算活埋病人。
百姓們群起而攻之，打算把皇甫謐趕出去，這時候，布準帶著英慧趕了過來解圍，皇甫謐向大家保證，自己一定會治好瘟疫。百姓們對皇甫謐仍然心存疑慮，皇甫謐只好先給春生治病，通過施針，春生成功醒了過來，大家這才相信皇甫謐，準備把病人都送到皇甫謐這里醫治。
元亨帶著人來到疫區，稱自己是奉了皇上的命令，皇甫謐無可奈何，只好讓元亨也給春生治病。元亨通過診治，給春生開了一個救治藥方，但是和皇甫謐所開的藥方大不相同，兩人因此產生分歧?；矢χk認為瘟疫來勢洶洶，不能采用保守治療，但元亨卻認為皇甫謐這是在拿百姓的生命開玩笑，二人一言不合，最后決定各按自己的方法救人。
春生躺在床上虛弱地睜開眼睛，表示自己相信皇甫謐，愿意用皇甫謐的藥方。皇甫謐連夜開出了一張更加完善的藥方，成功治好了春生，元亨也認同皇甫謐的新藥方，打算正式推廣。然而，梁柳卻利用皇甫謐開的治療制造了假藥水，趁著這個機會斂財。梁柳還準備給疫區送過期藥材，在臨走前，他特意來到宮中向麗妃娘娘告別。
司馬魁和梁柳在麗妃宮中密謀往疫區運送假藥材的事情，但此事被云婉隔著門聽見了，云婉不敢怠慢，趕緊告知布準，讓他轉告皇甫謐，一起想辦法應對。布準十分生氣，決定去搶奪好的藥材分發給百姓。
布準截獲了一批藥材，準備送往疫區，誰知他在半路又被埋伏的官兵抓住了。司馬魁和梁柳趁機告訴皇上，有山賊故意劫走了藥材?；噬淆堫伌笈?，馬上命人帶布準進來，布準在大殿上對皇上不敬，皇上便將布準打入天牢，擇日問斬。王贊在一邊想替布準求情，可皇上態度堅決，王贊也無可奈何。梁柳心中竊喜，其實，他早就把藥材藏了起來據為己有。
王贊將此事告知皇甫謐，眼下最要緊的事便是趕緊找到治療瘟疫的藥材，如果皇甫謐在十五日內還不能辦好此事，皇上就要下令屠村，杜絕瘟疫傳染。皇甫謐認為現在只能依靠自己，他想讓香苓的爹娘聯合藥農一起籌集藥材，但是苦于不知如何神不知鬼不覺地下山。春生告訴香苓，后山有一條小路，無人知曉。第二天，香苓便由小路下山，誰知半路遇到了元亨。
云婉在宮里探監布準，她偷偷地給看守們下了藥，救出了布準。香苓終于聯系上了爹娘，希望父母幫忙聯合藥農。云婉帶著布準來和皇甫謐匯合，皇甫謐讓好友躲在這里不要出去，以免被官兵發現。香苓的爹娘拿來了一些藥材，皇甫謐趕緊將它們熬成中藥，百姓們服下后，病情有所緩解，這讓大家都很歡欣鼓舞。
第二天，皇甫謐帶著大家上山采藥，英慧不小心滑了一跤，多虧布準一把拽住了她，英慧對布準也暗生情愫。幾人在途中見到了飛鳥，布準箭法非常準，一下子射中了兩只鴿子，香苓無意中在鴿子腿上發現了紙條，發覺內部有內鬼。這時，元亨走過來逼迫香苓交出紙條，香苓這才明白，元亨是梁柳安置在疫區的眼線。元亨對香苓步步緊逼，最后竟然將她推下了懸崖。
皇甫謐發覺香苓沒有回來，便與英慧和春生去懸崖下尋找，卻找到了香苓的手帕。大家經過仔細尋找，卻根本沒有找到香苓的身影，皇甫謐正在心神不寧，卻又得知疫區里有人感染瘟疫了?；矢χk分身乏術，不得不先為病人們醫治。另一邊，梁柳卻故意傳出消息，讓大家誤以為皇甫謐奉了皇上的命令要屠村。梁柳的心思實在壞透了，他打算一定要害死皇甫謐。
皇甫謐發現了病源，是村民吃了老鼠咬過的菜，才會讓疫情反復，當務之急是趕緊找到大批糧食，才能讓村民們不再吃爛菜。春生一直帶著人尋找香苓，但始終一無所獲，皇甫謐非常著急，但他又急著治療大家的病情，真是焦頭爛額?；矢χk被病人們傳染得了瘟疫，梁柳和司馬魁得知此事，不禁很是高興，覺得皇甫謐難逃此劫。
英慧以為皇甫謐得了瘟疫，不由得十分擔心，皇甫謐則告訴英慧，自己其實根本沒有得病，只是假裝得了瘟疫，好讓司馬魁對自己放松警惕，也只有這樣，才能潛心研究治療瘟疫的藥方。皇甫謐還讓英慧和布準放出風聲，說皇甫謐已經病入膏肓，馬上就要死了，并且要將疫區的病情傳得越嚴重越好，目的就是讓司馬魁等人著急，趕緊把好藥材送來。
果然，當司馬魁得知瘟疫蔓延很快時，變得十分焦急，如果沒有將疫情控制住，這可是沙頭的大罪。于是，司馬魁趕緊讓梁柳把好藥材送到疫區?；矢χk想讓梁柳拿出祖傳秘方治愈瘟疫，但是梁柳卻白斑推辭，皇甫謐治好再三勸說，如果梁柳真的治好了瘟疫，那可是大功勞一件。
布準告訴皇甫謐，梁柳這次送來的都是好藥材，再也沒有發霉的了，皇甫謐十分高興，讓布準趕緊煎藥給百姓們服下。元亨來到香苓墜崖的地方，他也不是有心要害死香苓，只是情勢所迫。元亨問心有愧，在懸崖邊不停磕頭，希望得到香苓的寬恕?；矢χk上山尋找香苓的蹤跡，偶然遇見了元亨，他見元亨神色有異，不禁起了疑心。
此時此刻，香苓悄悄地聯系了春生，給春生送來許多好藥材，然后她讓春生對皇甫謐保密，不能透露自己平安無恙的消息?；矢χk從山上回來，開始研究穴位治療，結果忽然身體不適，原來，皇甫謐這下子真的感染了瘟疫。元亨發覺皇甫謐感染瘟疫，便急著想給他煎藥，但藥材本來就不多，皇甫謐堅持讓百姓們先吃藥，自己則一拖再拖。
皇甫謐真的感染了瘟疫，他怕怕司馬魁屠城，便讓布準和英慧去找王贊保護村民。司馬魁稟報皇上，想要治療好瘟疫，眼下只有屠城一個辦法，因為皇甫謐自己都危在旦夕，而布準和英慧也不知所蹤。皇上聽了司馬魁的建議，決定派人去抓捕布準和英慧。另一邊，皇甫謐還在親自抄寫青囊經和紅囊經的筆記，他就算自己身死，也不能讓醫書失傳。
元亨受不了內心的煎熬，他主動向皇甫謐承認，是自己失手將香苓推了下去。皇甫謐知道，元亨雖然一直被司馬魁和梁柳利用，但品質還算不壞，應該不是故意要害香苓的，況且香苓無影無蹤，也許還尚在人間?；矢χk覺得自己時日無多，將抄錄的筆記留給元亨，令元亨大為感動。
一波未平一波又起，司馬魁欲放火燒死皇甫謐，多虧皇甫謐命不該絕，被香苓所救。原來，香苓當日墜落山崖，是被封衡所救。如今，封衡又開始救治皇甫謐。